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- EMDB-53278: The structure of the COPI leaf bound to GOLPH3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53278
タイトルThe structure of the COPI leaf bound to GOLPH3
マップデータCOPI heptameric leaf bound to GOLPH3 on membranes
試料
  • 複合体: Reconstitution of COPI-coated vesicles containing the cargo adaptor protein GOLPH3
    • 複合体: Mus musculus COPI coatomer complex, recombinantly expressed in insect cells and purified
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit beta'
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit delta
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit gamma-1
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit zeta-1
    • 複合体: Homo sapiens GOLPH3, recombinantly expressed in E. coli and purified
      • タンパク質・ペプチド: Golgi phosphoprotein 3
    • 複合体: Homo sapiens Arf1, recombinantly expressed in E. coli and purified
      • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 1
キーワードCOPI coated vesicles / GOLPH3 / Golgi transport / vesicular transport / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


asymmetric Golgi ribbon formation / protein targeting to Golgi apparatus / cargo adaptor activity / cerebellar Purkinje cell layer maturation / protein localization to axon / protein localization to cell leading edge / Golgi vesicle budding / COPI-coated vesicle / pancreatic juice secretion / Golgi cisterna ...asymmetric Golgi ribbon formation / protein targeting to Golgi apparatus / cargo adaptor activity / cerebellar Purkinje cell layer maturation / protein localization to axon / protein localization to cell leading edge / Golgi vesicle budding / COPI-coated vesicle / pancreatic juice secretion / Golgi cisterna / cellular response to rapamycin / mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / glycoprotein biosynthetic process / protein retention in Golgi apparatus / Glycosphingolipid transport / Golgi vesicle transport / regulation of receptor internalization / Intra-Golgi traffic / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Golgi ribbon formation / organelle transport along microtubule / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / establishment of Golgi localization / cell adhesion molecule production / leukocyte tethering or rolling / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Golgi to plasma membrane protein transport / dendritic spine organization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / regulation of mitochondrion organization / long-term synaptic depression / lamellipodium assembly / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Golgi cisterna membrane / Lysosome Vesicle Biogenesis / pigmentation / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Golgi organization / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / cell leading edge / protein secretion / intracellular copper ion homeostasis / positive regulation of TOR signaling / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / MHC class II antigen presentation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / sarcomere / adult locomotory behavior / small monomeric GTPase / positive regulation of protein secretion / intracellular protein transport / trans-Golgi network / establishment of localization in cell / hormone activity / cellular response to virus / mitochondrial intermembrane space / cell migration / protein transport / growth cone / gene expression / neuron projection / endosome / postsynaptic density / Golgi membrane / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / mRNA binding / negative regulation of apoptotic process / GTP binding / structural molecule activity / enzyme binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Golgi phosphoprotein 3-like / Golgi phosphoprotein 3-like domain superfamily / Golgi phosphoprotein 3 (GPP34) / Coatomer beta subunit, C-terminal / Coatomer beta subunit (COPB1) / Coatomer beta subunit, appendage platform domain / Coatomer beta C-terminal region / Coatomer beta subunit appendage platform / Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit ...Golgi phosphoprotein 3-like / Golgi phosphoprotein 3-like domain superfamily / Golgi phosphoprotein 3 (GPP34) / Coatomer beta subunit, C-terminal / Coatomer beta subunit (COPB1) / Coatomer beta subunit, appendage platform domain / Coatomer beta C-terminal region / Coatomer beta subunit appendage platform / Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit / Coatomer subunit gamma, C-terminal / Coatomer, gamma subunit, appendage domain superfamily / Coatomer subunit zeta / Coatomer gamma subunit appendage platform subdomain / Coatomer subunit gamma-1 C-terminal appendage platform / Coatomer delta subunit / Coatomer, alpha subunit, C-terminal / Coatomer subunit alpha / : / Coatomer (COPI) alpha subunit C-terminus / Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / : / : / COPA/B second beta-propeller / COPA/B TPR domain / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / ADP-ribosylation factor 1-5 / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / AP complex, mu/sigma subunit / Adaptor complexes medium subunit family / Clathrin adaptor complex small chain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Longin-like domain superfamily / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / TBP domain superfamily / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit beta' / Coatomer subunit zeta-1 / ADP-ribosylation factor 1 / Coatomer subunit delta / Coatomer subunit alpha / Golgi phosphoprotein 3 / Coatomer subunit beta / Coatomer subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Taylor RJ / Tagiltsev G / Ciazynska KA / Briggs JAG
資金援助 ドイツ, 英国, European Union, 5件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105178783 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
Wellcome Trust227915/Z/23/Z 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF-383-2022European Union
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: The mechanistic basis of cargo selection during Golgi maturation.
著者: Rebecca J Taylor / Nikita Zubkov / Katarzyna A Ciazynska / Jonathan G G Kaufman / Grigory Tagiltsev / David J Owen / John A G Briggs / Sean Munro /
要旨: The multiple cisternae of the Golgi apparatus contain resident membrane proteins crucial for lipid and protein glycosylation. How Golgi residents remain in their designated compartments despite a ...The multiple cisternae of the Golgi apparatus contain resident membrane proteins crucial for lipid and protein glycosylation. How Golgi residents remain in their designated compartments despite a constant flow of secretory cargo is incompletely understood. Here, we determine the structure of the COPI vesicle coat containing GOLPH3, an adaptor protein that binds the cytosolic tails of many Golgi residents. Analysis of this structure, together with structure-guided mutagenesis and functional assays, reveals how GOLPH3 uses coincidence detection of COPI and lipids to engage Golgi residents preferentially at late cisternae. Our findings rationalize the logic of cisternal maturation and explain how COPI can engage different types of substrates in different Golgi cisternae to retrieve some proteins back to the ER while retaining others within the Golgi apparatus.
履歴
登録2025年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53278.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53278.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 95 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈COPI heptameric leaf bound to GOLPH3 on membranes
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.71 Å/pix.
x 292 pix.
= 499.32 Å		1.71 Å/pix.
x 292 pix.
= 499.32 Å		1.71 Å/pix.
x 292 pix.
= 499.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0053
最小 - 最大-0.023333697 - 0.042098027
平均 (標準偏差)0.00029214047 (±0.0015516926)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ292292292
Spacing292292292
セルA=B=C: 499.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: COPI heptameric leaf bound to GOLPH3 on membranes

ファイルemd_53278_half_map_1.map
注釈COPI heptameric leaf bound to GOLPH3 on membranes
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: COPI heptameric leaf bound to GOLPH3 on membranes

ファイルemd_53278_half_map_2.map
注釈COPI heptameric leaf bound to GOLPH3 on membranes
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Reconstitution of COPI-coated vesicles containing the cargo adapt...

全体名称: Reconstitution of COPI-coated vesicles containing the cargo adaptor protein GOLPH3
要素
  • 複合体: Reconstitution of COPI-coated vesicles containing the cargo adaptor protein GOLPH3
    • 複合体: Mus musculus COPI coatomer complex, recombinantly expressed in insect cells and purified
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit beta'
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit delta
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit gamma-1
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit zeta-1
    • 複合体: Homo sapiens GOLPH3, recombinantly expressed in E. coli and purified
      • タンパク質・ペプチド: Golgi phosphoprotein 3
    • 複合体: Homo sapiens Arf1, recombinantly expressed in E. coli and purified
      • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 1

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超分子 #1: Reconstitution of COPI-coated vesicles containing the cargo adapt...

超分子名称: Reconstitution of COPI-coated vesicles containing the cargo adaptor protein GOLPH3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #2: Mus musculus COPI coatomer complex, recombinantly expressed in in...

超分子名称: Mus musculus COPI coatomer complex, recombinantly expressed in insect cells and purified
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#7
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: Homo sapiens GOLPH3, recombinantly expressed in E. coli and purified

超分子名称: Homo sapiens GOLPH3, recombinantly expressed in E. coli and purified
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: Homo sapiens Arf1, recombinantly expressed in E. coli and purified

超分子名称: Homo sapiens Arf1, recombinantly expressed in E. coli and purified
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Golgi phosphoprotein 3

分子名称: Golgi phosphoprotein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.859555 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTSLTQRSSG LVQRRTEASR NAADKERAAG GGAGSSEDDA QSRRDEQDDD DKGDSKETRL TLMEEVLLLG LKDREGYTSF WNDCISSGL RGCMLIELAL RGRLQLEACG MRRKSLLTRK VICKSDAPTG DVLLDEALKH VKETQPPETV QNWIELLSGE T WNPLKLHY ...文字列:
MTSLTQRSSG LVQRRTEASR NAADKERAAG GGAGSSEDDA QSRRDEQDDD DKGDSKETRL TLMEEVLLLG LKDREGYTSF WNDCISSGL RGCMLIELAL RGRLQLEACG MRRKSLLTRK VICKSDAPTG DVLLDEALKH VKETQPPETV QNWIELLSGE T WNPLKLHY QLRNVRERLA KNLVEKGVLT TEKQNFLLFD MTTHPLTNNN IKQRLIKKVQ EAVLDKWVND PHRMDRRLLA LI YLAHASD VLENAFAPLL DEQYDLATKR VRQLLDLDPE VECLKANTNE VLWAVVAAFT K

UniProtKB: Golgi phosphoprotein 3

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分子 #2: Coatomer subunit alpha

分子名称: Coatomer subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 138.617672 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLTKFETKSA RVKGLSFHPK RPWILTSLHN GVIQLWDYRM CTLIDKFDEH DGPVRGIDFH KQQPLFVSGG DDYKIKVWNY KLRRCLFTL LGHLDYIRTT FFHHEYPWIL SASDDQTIRV WNWQSRTCVC VLTGHNHYVM CAQFHPSEDL VVSASLDQTV R VWDISGLR ...文字列:
MLTKFETKSA RVKGLSFHPK RPWILTSLHN GVIQLWDYRM CTLIDKFDEH DGPVRGIDFH KQQPLFVSGG DDYKIKVWNY KLRRCLFTL LGHLDYIRTT FFHHEYPWIL SASDDQTIRV WNWQSRTCVC VLTGHNHYVM CAQFHPSEDL VVSASLDQTV R VWDISGLR KKNLSPGAVE SDVRGITGVD LFGTTDAVVK HVLEGHDRGV NWAAFHPTMP LIVSGADDRQ VKIWRMNESK AW EVDTCRG HYNNVSCAVF HPRQELILSN SEDKSIRVWD MSKRTGVQTF RRDHDRFWVL AAHPNLNLFA AGHDGGMIVF KLE RERPAY AVHGNMLHYV KDRFLRQLDF NSSKDVAVMQ LRSGSKFPVF NMSYNPAENA VLLCTRASNL ENSTYDLYTI PKDA DSQNP DAPEGKRSSG LTAVWVARNR FAVLDRMHSL LIKNLKNEIT KKIQVPNCDE IFYAGTGNLL LRDADSITLF DVQQK RTLA SVKISKVKYV IWSADMSHVA LLAKHAIVIC NRKLDALCNI HENIRVKSGA WDESGVFIYT TSNHIKYAVT TGDHGI IRT LDLPIYVTRV KGNNVYCLDR ECRPRVLTID PTEFKFKLAL INRKYDEVLH MVRNAKLVGQ SIIAYLQKKG YPEVALH FV KDEKTRFSLA LECGNIEIAL EAAKALDDKN CWEKLGEVAL LQGNHQIVEM CYQRTKNFDK LSFLYLITGN LEKLRKMM K IAEIRKDMSG HYQNALYLGD VSERVRILKN CGQKSLAYLS AATHGLDEEA ESLKETFDPE KETIPDIDPN AKLLQPPAP IMPLDTNWPL LTVSKGFFEG SIASKGKGGA LAADIDIDTV GTEGWGEDAE LQLDEDGFVE APEGLGEDVL GKGQEEGGGW DVEEDLELP PELDVPSGVS GSAEDGFFVP PTKGTSPTQI WCNNSQLPVD HILAGSFETA MRLLHDQVGV IQFGPYKQLF L QTYARGRT TYQALPCLPS MYSYPNRNWK DAGLKNGVPA VGLKLNDLIQ RLQLCYQLTT VGKFEEAVEK FRSILLSVPL LV VDNKQEI AEAQQLITIC REYIVGLCME IERKKLPKET LDQQKRICEM AAYFTHSNLQ PVHMILVLRT ALNLFFKLKN FKT AATFAR RLLELGPKPE VAQQTRKILS ACEKNPTDAC QLNYDMHNPF DICAASYRPI YRGKPVEKCP LSGACYSPEF KGQI CRVTT VTEIGKDVIG LRISPLQFR

UniProtKB: Coatomer subunit alpha

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分子 #3: Coatomer subunit beta'

分子名称: Coatomer subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 102.566078 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
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MPLRLDIKRK LTARSDRVKS VDLHPTEPWM LASLYNGSVC VWNHETQTLV KTFEVCDLPV RAAKFVARKN WVVTGADDMQ IRVFNYNTL ERVHMFEAHS DYIRCIAVHP TQPFILTSSD DMLIKLWDWD KKWSCSQVFE GHTHYVMQIV INPKDNNQFA S ASLDRTIK VWQLGSSSPN FTLEGHEKGV NCIDYYSGGD KPYLISGADD RLVKIWDYQN KTCVQTLEGH AQNVSCASFH PE LPIIITG SEDGTVRIWH SSTYRLESTL NYGMERVWCV ASLRGSNNVA LGYDEGSIIV KLGREEPAMS MDANGKIIWA KHS EVQQAN LKAMGDTEIK DGERLPLAVK DMGSCEIYPQ TIQHNPNGRF VVVCGDGEYI IYTAMALRNK SFGSAQEFAW AHDS SEYAI RESNSIVKIF KNFKEKKSFK PDFGAESIYG GFLLGVRSVN GLAFYDWENT ELIRRIEIQP KHIFWSDSGE LVCIA TEES FFILKYLSEK VLAAQETHEG VTEDGIEDAF EVLGEIQEIV KTGLWVGDCF IYTSSVNRLN YYVGGEIVTI AHLDRT MYL LGYIPKDNRL YLGDKELNIV SYSLLVSVLE YQTAVMRRDF SMADKVLPTI PKEQRTRVAH FLEKQGFKQQ ALTVSTD PE HRFELALQLG ELKIAYQLAV EAESEQKWKQ LAELAISKCQ FSLAQECLHH AQDYGGLLLL ATASGNASMV NKLAEGAE R DGKNNVAFMS YFLQGKLDAC LELLIRTGRL PEAAFLARTY LPSQVSRVVK LWRENLSKVN QKAAESLADP TEYENLFPG LKEAFVVEEW VKETHADLWP AKQYPLVTPN EERNVMEEAK GFQPSRPTAQ QEPDGKPASS PVIMASQTTH KEEKSLLELE VDLDNLELE DIDTTDINLD EDILDD

UniProtKB: Coatomer subunit beta'

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分子 #4: Coatomer subunit beta

分子名称: Coatomer subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 107.197961 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTAAENVCYT LINVPMDSEP PSEISLKNDL EKGDVKSKTE ALKKVIIMIL NGEKLPGLLM TIIRFVLPLQ DHTIKKLLLV FWEIVPKTT PDGRLLHEMI LVCDAYRKDL QHPNEFIRGS TLRFLCKLKE AELLEPLMPA IRACLEHRHS YVRRNAVLAI Y TIYRNFEH ...文字列:
MTAAENVCYT LINVPMDSEP PSEISLKNDL EKGDVKSKTE ALKKVIIMIL NGEKLPGLLM TIIRFVLPLQ DHTIKKLLLV FWEIVPKTT PDGRLLHEMI LVCDAYRKDL QHPNEFIRGS TLRFLCKLKE AELLEPLMPA IRACLEHRHS YVRRNAVLAI Y TIYRNFEH LIPDAPELIH DFLVNEKDAS CKRNAFMMLI HADQDRALDY LSTCIDQVQT FGDILQLVIV ELIYKVCHAN PS ERARFIR CIYNLLQSSS PAVKYEAAGT LVTLSSAPTA IKAAAQCYID LIIKESDNNV KLIVLDRLVE LKEHPAHERV LQD LVMDIL RVLSTPDLEV RKKTLQLALD LVSSRNVEEL VIVLKKEVIK TNNVSEHEDT DKYRQLLVRT LHSCSVRFPD MAAN VIPVL MEFLSDSNEA AAADVLEFVR EAIQRFDNLR MLIVEKMLEV FHAIKSVKIY RGALWILGEY CSTKEDIQSV MTEVR RSLG EIPIVESEIK KEAGELKPEE EITVGPVQKL VTEMGTYATQ SALSSSRPTK KEEDRPPLRG FLLDGDFFVA ASLATT LTK IALRYVALVQ EKKKQNSFVA EAMLLMATIL HLGKSSLPKK PITDDDVDRI SLCLKVLSEC SPLMNDIFNK ECRQSLS QM LSAKLEEEKL SQKKESEKRN VTVQPDDPIS FMQLTAKNEM NCKEDQFQLS LLAAMGNTQR KEAADPLASK LNKVTQLT G FSDPVYAEAY VHVNQYDIVL DVLVVNQTSD TLQNCTLELA TLGDLKLVEK PSPLTLAPHD FANIKANVKV ASTENGIIF GNIVYDVSGA ASDRNCVVLS DIHIDIMDYI QPATCTDAEF RQMWAEFEWE NKVTVNTNMT DLNDYLQHIL KSTNMKCLTP EKALSGYCG FMAANLYARS IFGEDALANV SIEKPVHQGP DAAVTGHIRI RAKSQGMALS LGDKINLSQK KTSL

UniProtKB: Coatomer subunit beta

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分子 #5: Coatomer subunit delta

分子名称: Coatomer subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 57.30425 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVLLAAAVCT KAGKAIVSRQ FVEMTRTRIE GLLAAFPKLM NTGKQHTFVE TESVRYVYQP MEKLYMVLIT TKNSNILEDL ETLRLFSRV IPEYCRALEE NEISEHCFDL IFAFDEIVAL GYRENVNLAQ IRTFTEMDSH EEKVFRAVRE TQEREAKAEM R RKAKELQQ ...文字列:
MVLLAAAVCT KAGKAIVSRQ FVEMTRTRIE GLLAAFPKLM NTGKQHTFVE TESVRYVYQP MEKLYMVLIT TKNSNILEDL ETLRLFSRV IPEYCRALEE NEISEHCFDL IFAFDEIVAL GYRENVNLAQ IRTFTEMDSH EEKVFRAVRE TQEREAKAEM R RKAKELQQ ARRDAERQGK KAPGFGGFGS SAVSGGSTAA MITETIIETD KPKVAPAPAR PSGPSKALKL GAKGKEVDNF VD KLKSEGE TIMSSNMGKR TSEATKVHAP PINMESVHMK IEEKITLTCG RDGGLQNMEL HGMIMLRISD DKFGRIRLHV ENE DKKGVQ LQTHPNVDKK LFTAESLIGL KNPEKSFPVN SDVGVLKWRL QTTEESFIPL TINCWPSESG NGCDVNIEYE LQED NLELN DVVITIPLPS GVGAPVIGEI DGEYRHDSRR NTLEWCLPVI DAKNKSGSLE FSIPGQPNDF FPVQVSFISK KNYCN IQVT KVTQVDGNSP VRFSTETTFL VDKYEIL

UniProtKB: Coatomer subunit delta

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分子 #6: Coatomer subunit gamma-1

分子名称: Coatomer subunit gamma-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 97.622703 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLKKFDKKDE ESGGGSNPLQ HLEKSAVLQE ARVFNETPIN PRKCAHILTK ILYLINQGEH LGTTEATEAF FAMTKLFQSN DPTLRRMCY LTIKEMSCIA EDVIIVTSSL TKDMTGKEDN YRGPAVRALC QITDSTMLQA VERYMKQAIV DKVPSVSSSA L VSSLHLLK ...文字列:
MLKKFDKKDE ESGGGSNPLQ HLEKSAVLQE ARVFNETPIN PRKCAHILTK ILYLINQGEH LGTTEATEAF FAMTKLFQSN DPTLRRMCY LTIKEMSCIA EDVIIVTSSL TKDMTGKEDN YRGPAVRALC QITDSTMLQA VERYMKQAIV DKVPSVSSSA L VSSLHLLK CSFDVVKRWV NEAQEAASSD NIMVQYHALG LLYHVRKNDR LAVSKMISKF TRHGLKSPFA YCMMIRVASK QL EEEDGSR DSPLFDFIES CLRNKHEMVV YEAASAIVNL PGCSAKELAP AVSVLQLFCS SPKAALRYAA VRTLNKVAMK HPS AVTACN LDLENLVTDS NRSIATLAIT TLLKTGSESS IDRLMKQISS FMSEISDEFK VVVVQAISAL CQKYPRKHAV LMNF LFTML REEGGFEYKR AIVDCIISII EENSESKETG LSHLCEFIED CEFTVLATRI LHLLGQEGPK TNNPSKYIRF IYNRV VLEH EEVRAGAVSA LAKFGAQNEE MLPSILVLLK RCVMDDDNEV RDRATFYLNV LEQKQKALNA GYILNGLTVS IPGLEK ALQ QYTLEPSEKP FDLKSVPLAT TPMAEQRPES TATAAVKQPE KVAATRQEIF QEQLAAVPEF QGLGPLFKSS PEPVALT ES ETEYVIRCTK HTFSDHLVFQ FDCTNTLNDQ TLENVTVQME PTEAYEVLSY VPARSLPYNQ PGTCYTLVAL PTEDPTAV A CTFSCVMKFT VKDCDPNTGE IDEEGYEDEY VLEDLEVTVA DHIQKVMKVN FEAAWDEVGD EFEKEETFTL STIKTLEEA VGNIVKFLGM HPCERSDKVP ENKNTHTLLL AGVFRGGHDI LVRSRLLLLD TVTMQVTARS SEELPVDIIL ASVG

UniProtKB: Coatomer subunit gamma-1

+
分子 #7: Coatomer subunit zeta-1

分子名称: Coatomer subunit zeta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 20.218168 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MEALILEPSL YTVKAILILD NDGDRLFAKY YDDTYPSVKE QKAFEKNIFN KTHRTDSEIA LLEGLTVVYK SSIDLYFYVI GSSYENELM LMAVLNCLFD SLSQMLRKNV EKRALLENME GLFLAVDEIV DGGVILESDP QQVVHRVALR GEDVPLTEQT V SQVLQSAK EQIKWSLLR

UniProtKB: Coatomer subunit zeta-1

+
分子 #8: ADP-ribosylation factor 1

分子名称: ADP-ribosylation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: small monomeric GTPase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.721742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGNIFANLFK GLFGKKEMRI LMVGLDAAGK TTILYKLKLG EIVTTIPTIG FNVETVEYKN ISFTVWDVGG QDKIRPLWRH YFQNTQGLI FVVDSNDRER VNEAREELMR MLAEDELRDA VLLVFANKQD LPNAMNAAEI TDKLGLHSLR HRNWYIQATC A TSGDGLYE GLDWLSNQLR NQK

UniProtKB: ADP-ribosylation factor 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPESHEPES
125.0 mMKAcPotassium acetate
2.5 mMMgCl2Magnesium chloride
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM CPC
詳細Budded and budding COPI vesicles were reconstituted by mixing liposomes with purified COPI coat protein, Arf1, GTPgammaS, and GOLPH3.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 1 / 平均電子線量: 3.114 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 53000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. v3.0) / 使用したサブトモグラム数: 108432
抽出トモグラム数: 206 / 使用した粒子像数: 193104 / 参照モデル: EMDB-2985 / ソフトウェア - 名称: subTOM (ver. v1.1.5)
ソフトウェア - 詳細: https://github.com/DustinMorado/subTOM
詳細: A total of 4866 COPI vesicles and buds were manually picked from 206 tomograms in UCSF Chimera. The center of each coated vesicle or bud was picked and radii were assigned using a custom- ...詳細: A total of 4866 COPI vesicles and buds were manually picked from 206 tomograms in UCSF Chimera. The center of each coated vesicle or bud was picked and radii were assigned using a custom-written plugin (https://www.biochem.mpg.de/7940000/Pick-Particle). Initial coordinates for subsequent particle search were seeded with an even spacing of 10.9 nm (8 pixels in tomograms binned 8 times) perpendicular to the sphere surface, and with random in-plane rotation, yielding a total of 193104 particles (C3).
CTF補正ソフトウェア - 名称: NOVACTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. v3.0)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

cie6

residue_range: 1-824, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

5029

residue_range: 1-838, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

jif7

residue_range: 1-710, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model1-499; 536-710

xj75

residue_range: 1-247, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model1-177; 224-247

qze5

residue_range: 1-582, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

1924

residue_range: 6-150, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

4077

residue_range: 15-181, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

h4a6

residue_range: 10-290, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model10-25; 55-298
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 200
得られたモデル

PDB-9qpq:
The structure of the COPI leaf bound to GOLPH3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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