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- EMDB-53219: Focused Cryo-EM Map of the Type VIIb Core Unit (T7bCU) with an Ad... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53219
タイトルFocused Cryo-EM Map of the Type VIIb Core Unit (T7bCU) with an Additional YukB DUF and Stalk Domain
マップデータ
試料
  • 複合体: Focused Cryo-EM Map of the Type VII b Core Unity Complex with DUF Domain
    • タンパク質・ペプチド: YukD
    • タンパク質・ペプチド: YukC
    • タンパク質・ペプチド: YukB (1-962) - GFP Twin-Strep-Tag Fusion Protein
キーワードT7SS / T7bCU / Type VII Secretion System / T7SSb / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EsaB / Type VII secretion system EssB / Type VII secretion system EssB, C-terminal / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukC / Firmicutes EssC, N-terminal / Firmicutes EssC, C-terminal / DNA transporter / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / : ...EsaB / Type VII secretion system EssB / Type VII secretion system EssB, C-terminal / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukC / Firmicutes EssC, N-terminal / Firmicutes EssC, C-terminal / DNA transporter / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / : / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ESX secretion system protein YukB / ESX secretion system protein YukC / ESX secretion system protein YukD
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.12 Å
データ登録者Oka GU / Fronzes R
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: A ubiquitin-like protein controls assembly of a bacterial type VIIb secretion system.
著者: Gabriel U Oka / Nathanaël Benoit / Axel Siroy / Francesca Gubellini / Esther Marza / Rémi Fronzes /
要旨: Type VII secretion systems (T7SS) are protein translocation machines crucial for virulence and bacterial competition in Gram-positive bacteria. Despite their importance, the structural basis for ...Type VII secretion systems (T7SS) are protein translocation machines crucial for virulence and bacterial competition in Gram-positive bacteria. Despite their importance, the structural basis for assembly of type VIIb secretion systems (T7SSb), a widely distributed variant in Firmicutes, remains poorly understood. We present the cryo-electron microscopy structure of the T7SSb core complex from , revealing how the ubiquitin-like protein YukD, coordinates assembly of the secretion machinery. YukD interacts extensively with the central channel component YukB and facilitates its association with the pseudokinase YukC, forming a stable building block for channel assembly. Time-lapse microscopy and competition assays demonstrate that YukD is essential for proper T7SSb complex formation and contact-dependent bacterial killing. Our findings reveal how bacteria have adapted a ubiquitin-like protein as a structural regulator for assembling a large secretion complex.
履歴
登録2025年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月26日-
マップ公開2025年11月26日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53219.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53219.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 300 pix.
= 360. Å		1.2 Å/pix.
x 300 pix.
= 360. Å		1.2 Å/pix.
x 300 pix.
= 360. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.17372051 - 0.45703542
平均 (標準偏差)-0.00026636018 (±0.015370696)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 360.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_53219_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_53219_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Focused Cryo-EM Map of the Type VII b Core Unity Complex with DUF...

全体名称: Focused Cryo-EM Map of the Type VII b Core Unity Complex with DUF Domain
要素
  • 複合体: Focused Cryo-EM Map of the Type VII b Core Unity Complex with DUF Domain
    • タンパク質・ペプチド: YukD
    • タンパク質・ペプチド: YukC
    • タンパク質・ペプチド: YukB (1-962) - GFP Twin-Strep-Tag Fusion Protein

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超分子 #1: Focused Cryo-EM Map of the Type VII b Core Unity Complex with DUF...

超分子名称: Focused Cryo-EM Map of the Type VII b Core Unity Complex with DUF Domain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: focused map
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

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分子 #1: YukD

分子名称: YukD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGMYIDITID LKHYNGSVFD LRLSDYHPVK KVIDIAWQAQ SVSMPPREGH WIRVVNKDKV FSGECKLSDC GITNGDRLEI L

UniProtKB: ESX secretion system protein YukD

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分子 #2: YukC

分子名称: YukC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Add a Flag Tag (DYKDDDDK) at the C-terminus / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列: MSGEQKSYLE NQLEAVAEKT DAGYTFTFQR EKIKLLDGLE ANVIKDINPF FHKEIDVTDD EVIITIQPPS SYKAFRFMKA KDKKSKWQFA YQLVQAVQQH NLSRLNLIVA PENIVFDKGL TPYFLHYGVK ESIPPYERDE ERVWQELKAA AALAVDGAFA FEDYLKFNET ...文字列:
MSGEQKSYLE NQLEAVAEKT DAGYTFTFQR EKIKLLDGLE ANVIKDINPF FHKEIDVTDD EVIITIQPPS SYKAFRFMKA KDKKSKWQFA YQLVQAVQQH NLSRLNLIVA PENIVFDKGL TPYFLHYGVK ESIPPYERDE ERVWQELKAA AALAVDGAFA FEDYLKFNET LTFSAEAKAI LDAESYDDLL ELIQTHIDEL EAKAKTYIHI PRKKWNIQRY IGLGLIVLLV PALIYSMYAL FFAQPKHQAI VDSNRAFLNK QYSEVISTLS KYDAESLPES VQYQLATSYV EVENLGSAKT KNIENNLVTL QSDPQHFLYW IDYGRGEYKE AISIGRKLEY NDYIYFALAK YKQQLLSEDT NDEDIQKELD SVNSELEKAQ KERQENKQSN SETSLVDTSE EQTQTDEEKQ AEEKAAEEKA AAEEKAKKEE QKEKEDEKKE TEKKDEKKDD KDYKDDDDK

UniProtKB: ESX secretion system protein YukC

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分子 #3: YukB (1-962) - GFP Twin-Strep-Tag Fusion Protein

分子名称: YukB (1-962) - GFP Twin-Strep-Tag Fusion Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLPFGRKGVR HLSLLWVFYQ NNVQKLNLSN LPSSHPVTIG PDVKDSVTIS TIPFNSGVIS LKRKESGGQY EVFLGNDCLG TIETDISFTL QTDQQDIRLI LTGSEPEKSV YFTGNRDEIV CSSEKTNADI YLNPQDFAFA EQSTFSLLRA GGSWSVRPES GTIFLNGEKI ...文字列:
MLPFGRKGVR HLSLLWVFYQ NNVQKLNLSN LPSSHPVTIG PDVKDSVTIS TIPFNSGVIS LKRKESGGQY EVFLGNDCLG TIETDISFTL QTDQQDIRLI LTGSEPEKSV YFTGNRDEIV CSSEKTNADI YLNPQDFAFA EQSTFSLLRA GGSWSVRPES GTIFLNGEKI NANTPLKPGD EIFWNFTQMR VTEQDLLEIV HYAQFETALT ETVKPSTEMQ KKYPQYRRTP RMVYDLPDDR VSFSFPSQES DQTNRGLWLV ILPPLVMLIV MGVVAIIQPR GIFILVSLAM FMMTLITSTV QYFRDKNQRK KREEKRERVY KLYLDNKRKE LQALAEKQKQ VLEFHFPSFE QMKYLTSEIS DRIWEKSLES KDYLQLRLGT GTVPSSYEIN MSGGDLANRD IDDLMEKSQH MQRVYKDIRN APVTVDLAEG PMGLVGKSQI VKNEIHQLIG QLSFFNSYHD LRFVFIFHEE EYKDWEWMKW LPQFQMPHIY AKGFIYNEQT RDQLLSSLYE LIRERDLEDD KEKLQFKPHF VFVITNQQLI SEHVILEYLE GQHEHLGIST IVAAETKESL SENITTLVRY INEHEGDILI QKKKAVRIPF RLDHHQREDN ERFSRTLRTL NHQVGITNSI PETVSFLELF HAKEVKEIGI QQRWLTSESS KSLSVPIGYK GKDDIVYLNL HEKAHGPHGL LAGTTGSGKS EFLQTYILSL AVHFHPHEAA FLLIDYKGGG MAQPFRNIPH LLGTITNIEG SKNFSMRALA SIKSELKKRQ RLFDQYQVNH INDYTKLYKQ GKAEVAMPHL FLISDEFAEL KSEEPDFIRE LVSAARIGRS LGVHLILATQ KPGGIIDDQI WSNSRFKVAL KVQDATDSKE ILKNSDAANI TVTGRGYLQV GNNEVYELFQ SAWSGAPYLE EVYGTEDEIA IVTDTGLIPL SEVDTEDNAK KDVQTEIEAV VDEIERIQDE MGIEKLPSPW LPPGAGGLVP RGSGGSGSVD STESLFTGVV PILVELDGDV NGHKFSVRGE GEGDATNGKL TLKFICTTGK LPVPWPTLVT TLTYGVQCFS RYPDHMKQHD FFKSAMPEGY VQERTITFKD DGTYKTRAEV KFEGDTLVNR IELKGIDFKE DGNILGHKLE YNYNSHNVYI TADKQKNGIK ANFKIRHNVE DGSVQLADHY QQNTPIGDGP VLLPDNHYLS TQSKLSKDPN EKRDHMVLLE FVTAAGITGG SGGSGSRGRS GSGSAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEKKG

UniProtKB: ESX secretion system protein YukB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.66 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 134631
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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