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- EMDB-5320: Molecular structure of soluble trimeric HIV-1 glycoprotein gp140 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5320
タイトルMolecular structure of soluble trimeric HIV-1 glycoprotein gp140 KNH1144
マップデータFor unliganded gp140 maps, z-pixels were scaled to compensate for elongation arising from preferential orientation of trimers with the 3-fold axis predominantly along the direction of the incident beam. The scaling factor was derived from single particle 3D reconstruction based on projection images of each particle from different tilts, which produces a noisier envelope that provides a measure of the shape of the molecule in the absence of distortions generated by the presence of the missing wedge.
試料
  • 試料: SOSIP gp140 KNH1144
  • タンパク質・ペプチド: SOSIP gp140 KNH1144
キーワードHIV/AIDS vaccine / immunogen / HIV glycoprotein structure / gp140 trimer / cryo-electron tomography / sub-tomogram averaging / cryo-electron microscopy
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Harris A / Borgnia MJ / Shi D / Bartesaghi A / He H / Pejchal R / Kang YK / Depetris R / Marozsan AJ / Sanders RW ...Harris A / Borgnia MJ / Shi D / Bartesaghi A / He H / Pejchal R / Kang YK / Depetris R / Marozsan AJ / Sanders RW / Klasse PJ / Milne JL / Wilson IA / Olson WC / Moore JP / Subramaniam S
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011
タイトル: Trimeric HIV-1 glycoprotein gp140 immunogens and native HIV-1 envelope glycoproteins display the same closed and open quaternary molecular architectures.
著者: Audray Harris / Mario J Borgnia / Dan Shi / Alberto Bartesaghi / Haifeng He / Robert Pejchal / Yun Kenneth Kang / Rafael Depetris / Andre J Marozsan / Rogier W Sanders / Per Johan Klasse / ...著者: Audray Harris / Mario J Borgnia / Dan Shi / Alberto Bartesaghi / Haifeng He / Robert Pejchal / Yun Kenneth Kang / Rafael Depetris / Andre J Marozsan / Rogier W Sanders / Per Johan Klasse / Jacqueline L S Milne / Ian A Wilson / William C Olson / John P Moore / Sriram Subramaniam /
要旨: The initial step in HIV-1 infection occurs with the binding of cell surface CD4 to trimeric HIV-1 envelope glycoproteins (Env), a heterodimer of a transmembrane glycoprotein (gp41) and a surface ...The initial step in HIV-1 infection occurs with the binding of cell surface CD4 to trimeric HIV-1 envelope glycoproteins (Env), a heterodimer of a transmembrane glycoprotein (gp41) and a surface glycoprotein (gp120). The design of soluble versions of trimeric Env that display structural and functional properties similar to those observed on intact viruses is highly desirable from the viewpoint of designing immunogens that could be effective as vaccines against HIV/AIDS. Using cryoelectron tomography combined with subvolume averaging, we have analyzed the structure of SOSIP gp140 trimers, which are cleaved, solubilized versions of the ectodomain of trimeric HIV-1 Env. We show that unliganded gp140 trimers adopt a quaternary arrangement similar to that displayed by native unliganded trimers on the surface of intact HIV-1 virions. When complexed with soluble CD4, Fab 17b, which binds to gp120 at its chemokine coreceptor binding site, or both soluble CD4 and 17b Fab, gp140 trimers display an open conformation in which there is an outward rotation and displacement of each gp120 protomer. We demonstrate that the molecular arrangements of gp120 trimers in the closed and open conformations of the soluble trimer are the same as those observed for the closed and open states, respectively, of trimeric gp120 on intact HIV-1 BaL virions, establishing that soluble gp140 trimers can be designed to mimic the quaternary structural transitions displayed by native trimeric Env.
履歴
登録2011年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年5月31日-
マップ公開2012年5月31日-
更新2012年5月31日-
現状2012年5月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5320_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5320.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈For unliganded gp140 maps, z-pixels were scaled to compensate for elongation arising from preferential orientation of trimers with the 3-fold axis predominantly along the direction of the incident beam. The scaling factor was derived from single particle 3D reconstruction based on projection images of each particle from different tilts, which produces a noisier envelope that provides a measure of the shape of the molecule in the absence of distortions generated by the presence of the missing wedge.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 100 pix.
= 410. Å		4.1 Å/pix.
x 100 pix.
= 410. Å		4.1 Å/pix.
x 100 pix.
= 410. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-7.88708782 - 10.87692833
平均 (標準偏差)-0.01478521 (±0.60892195)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 410.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z410.000410.000410.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-7.88710.877-0.015

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SOSIP gp140 KNH1144

全体名称: SOSIP gp140 KNH1144
要素
  • 試料: SOSIP gp140 KNH1144
  • タンパク質・ペプチド: SOSIP gp140 KNH1144

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超分子 #1000: SOSIP gp140 KNH1144

超分子名称: SOSIP gp140 KNH1144 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: trimeric / Number unique components: 2

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分子 #1: SOSIP gp140 KNH1144

分子名称: SOSIP gp140 KNH1144 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3dnn

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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