[日本語] English
万見
- EMDB-53168: Lymphostatin at pH 8 in Phosphate buffer - Consensus Map -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53168
タイトルLymphostatin at pH 8 in Phosphate buffer - Consensus Map
マップデータ
試料
  • 複合体: Lymphostatin
    • タンパク質・ペプチド: Lymphostatin
キーワードLymphostatin virulence factor A/E bacteria Toxin-like / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / cysteine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3491 / Protein of unknown function (DUF3491) / Peptidase C58, YopT-type domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli O127:H6 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Griessmann M / Schneider R / Rasmussen T / Bottcher B
資金援助 ドイツ, 英国, 6件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)359471283 ドイツ
German Research Foundation (DFG)456578072 ドイツ
German Research Foundation (DFG)525040890 ドイツ
German Research Foundation (DFG)428774170 ドイツ
German Research Foundation (DFG)411346541 ドイツ
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS/E/RL/230002C 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure of lymphostatin, a large multi-functional virulence factor of pathogenic Escherichia coli.
著者: Matthias Griessmann / Tim Rasmussen / Vanessa J Flegler / Christian Kraft / Ronja Schneider / Max Hateley / Lukas Spantzel / Mark P Stevens / Michael Börsch / Bettina Böttcher /
要旨: Lymphostatin is a key virulence factor of enteropathogenic and enterohaemorrhagic Escherichia coli, playing roles in bacterial colonisation of the gut and in the inhibition of lymphocyte ...Lymphostatin is a key virulence factor of enteropathogenic and enterohaemorrhagic Escherichia coli, playing roles in bacterial colonisation of the gut and in the inhibition of lymphocyte proliferation and proinflammatory responses. The protein's glycosyltransferase and cysteine protease motifs are required for activity against lymphocytes, but high-resolution structural information has proven elusive. Here, we describe the structure of lymphostatin from enteropathogenic E. coli O127:H6, determined by electron cryo-microscopy at different pH values. We observe three conformations of a highly complex molecule with two glycosyltransferase domains, one PaToxP-like protease domain, an ADP-ribosyltransferase domain, a vertex domain and a delivery domain. Long linkers hold these domains together and occlude the catalytic sites of the N-terminal glycosyltransferase and protease domains. Lymphostatin binds to bovine T-lymphocytes and HEK-293T cells, forming clusters at the plasma membrane that are internalized. With six distinct domains, lymphostatin can be regarded as a multitool of pathogenic Escherichia coli, enabling complex interactions with host cells.
履歴
登録2025年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_53168.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53168.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 400 pix.
= 378.4 Å		0.95 Å/pix.
x 400 pix.
= 378.4 Å		0.95 Å/pix.
x 400 pix.
= 378.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.946 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.002
最小 - 最大-0.014741811 - 0.025037419
平均 (標準偏差)-0.000007172293 (±0.0003165532)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 378.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_53168_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_53168_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_53168_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Lymphostatin

全体名称: Lymphostatin
要素
  • 複合体: Lymphostatin
    • タンパク質・ペプチド: Lymphostatin

-
超分子 #1: Lymphostatin

超分子名称: Lymphostatin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 (大腸菌)
分子量理論値: 366 KDa

-
分子 #1: Lymphostatin

分子名称: Lymphostatin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRLPEKVLFP PVTSGLSGQE KQKKPKSITG FQENYQRNIR PIKTASEARL RFFDKMVSKE NSLEDVVSLG EMIQKEIYGH EQRTFSPVHH TGNWKSSLLH NALLGLANVY NGLRETEYPN TFNRDGIKST NSFRDNLLTK TRTPRDNFEE GIKHPEHATI PYDNDNESNK ...文字列:
MRLPEKVLFP PVTSGLSGQE KQKKPKSITG FQENYQRNIR PIKTASEARL RFFDKMVSKE NSLEDVVSLG EMIQKEIYGH EQRTFSPVHH TGNWKSSLLH NALLGLANVY NGLRETEYPN TFNRDGIKST NSFRDNLLTK TRTPRDNFEE GIKHPEHATI PYDNDNESNK LLKAGKIAGN NNELLMEIKK ESQSDHQIPL SDKFLKRKKR SPVAEDKVQN SLTPENFVQK ISLSDELKTK YANEIIEIKR IMGEYNLLPD KNSRNGLKLL QKQADLLKII MEDTSVTENT FKNIEIAITD IKREYYSHTV DIEKNIHAIW VAGSPPESIS DYIKTFLKTY KEFTYYLWVD EKAFGAAKFT SVLKQIAFDL ACRTIQQNTP QKNIDFINLY NEIRKKYNNN PSGQQEYLNK LRELYATYQK ISTPLKHMFN SFFLENMIKL QDNFFNYCIV KGVTEINDEL RINYLKNVIK LSDDDIGNYQ KTINDNKDRV KKLILDLQKQ FGENRISIKD VNSLTSLSKS ENNHNYQTEM LLRWNYPAAS DLLRMYILKE HGGIYTDTDM MPAYSKQVIF KIMMQTNGDN RFLEDLKLRR AISDGVLRYV NNQNIDEVNY NEISDADKNI IKKILTEISK MPEDSIFTKI NTRIPRDTMP ILRRYHLWPD GWNIRGLNGF MLSHKGSEVI DAVIAGQNQA YRELRRIRDN IHSEIYFKQT DELSSLPDTD KIGGILVKKY LSGSLFSKFR QDTIIPEALS TLQISGPDLI QRKMLQFFRS RGVLGEEFIN ERKLSDKAYI GVYKTTGTGK YDWLTPESIG VNDVTPADES TWCIGKGRCV DDFLFKDVST LKTENLPELF LTKIDTDTFF SQWSTKTKKD LQKKIQDLTV RYNELIDSST IDFKNLYEID QMLHMIMLEM NDDIAKRSLF SLQVQISEKI RRMTIPVDNI INIYPDLHKK NDNDLSMSIK GFLASNPHTK INILYSNKTE HNIFIKDLFS FAVMENELRD IINNMSKDKT PENWEGRVML QRYLELKMKD HLSLQSSQEA NEFLEISTFI YENDFLREKI EAVKNKMNSH ELYFEKIKKE QNTWQDLSTK EQKLQLIKAL KEISGNTEKD SHYDRLLDAF FKKHNENIHN KIQRIKDEFK EYSRVAIHNI DKVIFKGQTL DRLYHEGYVF SDINTLSRYT LHGLGITGVH TEENLLPAPS SSLINILKEH YNEDEISAKL PLAYDYILNK KESSSIPVEI LNKLSELPPH ELLTPVLGQS VNPLGMGYSS DNGKITEQVI VSGADGFDNP ISGLIYTYLE DLYNIHVRMR EGTLNSQNLR QLLENSVSSC FLTEQSINKL LSEAEKRPYQ SLTEIHQHLT GLPTIADATL SLLSVGLPGT GKLLRREQDY GRPPVTAIQD STFVLPYNFK GIGFNDNIIS SAPVASSLHF IAEHAKYTLL SWPEFYRHHA QRWFEMAKGY GSQNIDFHPQ SLLVTQEGRC MGLALLYLQT EDTAHYSILQ ENLMTVSALH QTSNRDKLPL SKDDNSLMTR TYSLIEMLQY QGNKYITNES LLHKTAWNQE RITLLFNEKG VKRALISTPN HTLVLQQLED IYRLTDPNFG HADFLSPIDA LKFIEAMIQL TPTLQEYYGL LNKDINKHIQ VHYAESDMVW NKLLPENDAG LSTRIQHTTT DRLANLAEPV AVAGISLPVK TLYDIGATLD GRRITSPPTS EQIPSLRLNG DVLNDYLSRT VLTPEQADNI RKILHTQGIR SGTRPIDPEM IRGTQDDLVS SQTRLQRQAT RVKQQLAGVL DTLQQHFQNI PRSSGRHLSV ENIELADIGS GRFNLQIRDG ETLHTTSVEV PEVVSRFQKL STMLSALPAS GIMDFDLGMS VVGVVQYARL LQQGHEDSTL AKINLAMDIK QLSEATLGSM IQIAGNKFLN TEGIQGFRLE SAVAEGMRSV ATRTGGTMGK ALSASARVLE LPVLETVLGT WNLYNSVIQL QQATSYSETM AARVQIAFDS ISLGLTAASV AFPPLIIATG PIAAIGMGAS SIARNVARKE ERHTQWLEYK KFLTDGSKHI VVASPERGLL DFSGNKVFGK MVLDLRQSPP LLHGESSFNA DRKIGHRPDL GDWQIREKVG YANSISPYSS LAHGYANSKW PRTIPKIPSG EYDTIILGYG HQYQANTEIE YLSNWIVWRE AVPDSTSRHK RPPLEVLNSQ CTVIAGERKT TVLPLRVLSD LTPECTEQAI SLKDYKFILR GGSGGLAVQV GGAGYYDIDA NLVAKENTLS FRGLPEEFPL TFDLSKQTQS VMLKTPDDEV PVMTITQKGI NTLVGTAAGK DRLIGNDKDN TFHTSSGGGT VISGGGNNRY IIPRDLKTPL TLTLSSNSVS HEIFLPETTL AELKPVAFEL SLIYWAGNNI NVQPEDEAKL NHFAGNFRVH TRDGMTLEAV SRENGIQLAI SLCDVQRWQA VYPEENNRPD AILDRLHDMG WSLTPEVRFQ GGETQVSYDP LTRQLVYQLQ ARYSEFQLAG SRHHTTAVTG TPGSRYIIMK PVTTQILPTQ IILAGDNDHP ETIDLLEASP VLVEGKKDKN SVILTIATIQ YSLQLTISGI EESLPETTRV AIQPQDTRLL GDVLRILPDN GNWVGIFRSG HTPTVNRLEN LMALNQVMTF LPRVSGSAEQ VLCLENLGGV RKKVEGELLS GKLKGAWKAE GEPTVPVNIS DLSIPPYSRL YLIFEGKNNV LLRSKVHAAP LKITSAGEMQ LSERQWQQQE HIIVKPDNEA PSLILSEFRR FTISSDKTFS LKLMCHQGMV RIDRRSLSVR LFYLREQPGI GSLRLTFRDF FTEVMDTTDR EILEKELRPI LIGDTHRFIN AAYKNHLNIQ LGDGVLNLAD IVAEYARIQK EETSKILYQY QGAMKKKTDG PSVVEDAIMT TTVTTDSGEL FPTFHPWYTD DLSGRYKSVP MARKADTLYH LTPKGDLQII YQVATKMVNQ AMIVSLPNYR HEWEKYNLSI LSEIPQNNNT VVHSILRVNG PTMQVRTIDY RGTDENNPIV SFSDTTFING EQMLSYDSHS SGRVYSREEY MMWELQQRVS EASSARTQDY WLMDAAVRNG EWKITPELLR HTPGYIRSTV SKWSRGWLKT GTILQTPEDR NTDVYLTTIQ NNVFSRQGGG YQVYYRIDGM AGADIADNAP GETRCTLRPG TCFEVTSVDE RHYEWNIIYV TLKTCGWSRN GQSKTPNGDN LFN

UniProtKB: Lymphostatin

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 25 mM sodium phosphate pH 8, 100 mM NaCl, 0.075 mM MnCl2, 1.5 mM TCEP
グリッドモデル: Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

19984

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用した粒子像数: 1294835
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る