[日本語] English
万見
- EMDB-5313: Structural Diversity of Bacterial Flagellar Motors: Hyphomonas ne... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5313
タイトルStructural Diversity of Bacterial Flagellar Motors: Hyphomonas neptunium
マップデータFinal map is the C16-symmetrized average calculated from 27 individual sub-tomograms of Hyphomonas neptunium flagellar motors.
試料
  • 試料: Hyphomonas neptunium flagellar motor
  • 細胞器官・細胞要素: flagellar motor
キーワードHyphomonas neptunium flagellar motor
生物種Hyphomonas neptunium (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 68.0 Å
データ登録者Chen S / Beeby M / Murphy GE / Leadbetter JR / Hendrixson DR / Briegel A / Li Z / Shi J / Tocheva EI / Muller A ...Chen S / Beeby M / Murphy GE / Leadbetter JR / Hendrixson DR / Briegel A / Li Z / Shi J / Tocheva EI / Muller A / Dobro MJ / Jensen GJ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2011
タイトル: Structural diversity of bacterial flagellar motors.
著者: Songye Chen / Morgan Beeby / Gavin E Murphy / Jared R Leadbetter / David R Hendrixson / Ariane Briegel / Zhuo Li / Jian Shi / Elitza I Tocheva / Axel Müller / Megan J Dobro / Grant J Jensen /
要旨: The bacterial flagellum is one of nature's most amazing and well-studied nanomachines. Its cell-wall-anchored motor uses chemical energy to rotate a microns-long filament and propel the bacterium ...The bacterial flagellum is one of nature's most amazing and well-studied nanomachines. Its cell-wall-anchored motor uses chemical energy to rotate a microns-long filament and propel the bacterium towards nutrients and away from toxins. While much is known about flagellar motors from certain model organisms, their diversity across the bacterial kingdom is less well characterized, allowing the occasional misrepresentation of the motor as an invariant, ideal machine. Here, we present an electron cryotomographical survey of flagellar motor architectures throughout the Bacteria. While a conserved structural core was observed in all 11 bacteria imaged, surprisingly novel and divergent structures as well as different symmetries were observed surrounding the core. Correlating the motor structures with the presence and absence of particular motor genes in each organism suggested the locations of five proteins involved in the export apparatus including FliI, whose position below the C-ring was confirmed by imaging a deletion strain. The combination of conserved and specially-adapted structures seen here sheds light on how this complex protein nanomachine has evolved to meet the needs of different species.
履歴
登録2011年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年9月22日-
マップ公開2011年9月22日-
更新2011年9月22日-
現状2011年9月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5313_1.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5313.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final map is the C16-symmetrized average calculated from 27 individual sub-tomograms of Hyphomonas neptunium flagellar motors.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
15.48 Å/pix.
x 74 pix.
= 1145.52 Å		15.48 Å/pix.
x 74 pix.
= 1145.52 Å		15.48 Å/pix.
x 74 pix.
= 1145.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 15.48 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 24.0 / ムービー #1: 24
最小 - 最大-98.191100000000006 - 146.417000000000002
平均 (標準偏差)-1.0 (±20.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ747474
Spacing747474
セルA=B=C: 1145.52 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z15.4815.4815.48
M x/y/z747474
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1145.5201145.5201145.520
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS747474
D min/max/mean-98.191146.417-1.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Hyphomonas neptunium flagellar motor

全体名称: Hyphomonas neptunium flagellar motor
要素
  • 試料: Hyphomonas neptunium flagellar motor
  • 細胞器官・細胞要素: flagellar motor

-
超分子 #1000: Hyphomonas neptunium flagellar motor

超分子名称: Hyphomonas neptunium flagellar motor / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

-
超分子 #1: flagellar motor

超分子名称: flagellar motor / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: flagellar motor / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Hyphomonas neptunium (バクテリア) / 株: ATCC 15444

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

-
試料調製

緩衝液詳細: 2216 marine broth (Difco)
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: no staining
グリッド詳細: EM R2/2 copper/rhodium Quantifoil grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度平均: 82 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GATAN GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2009年6月5日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
平均電子線量: 200 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 12.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 倍率（公称値）: 27500
試料ステージ試料ホルダー: FEI Polara / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

詳細Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 120. Average tomographic tilt angle increment: 1.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 68.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD, Bsoft
詳細: Final map is the C16-symmetrized average calculated from 27 individual sub-tomograms.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る