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- EMDB-53127: Cryo-EM structure of natively purified Rubrerythrin isolated from... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53127
タイトルCryo-EM structure of natively purified Rubrerythrin isolated from OSIT assemblies of the anaerobic extremophile P. furiosus
マップデータRubrerythrin tetramer isolated from OSIT, Symmetry expanded map
試料
  • 複合体: Natively purified rubrerythrin from Pyrococcus furiosus, assembled in OSIT
    • タンパク質・ペプチド: Rubrerythrin
  • リガンド: FE (III) ION
キーワードMetalloprotein / oxidotic stress response / ferritin-like / rubredoxin domain. / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Rubrerythrin, rubredoxin-like domain / : / Rubrerythrin, diiron-binding domain / Rubrerythrin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Skalidis I / Song W / Howes S / Foerster F
資金援助 オランダ, 1件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)741.018.201 オランダ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Structure of an oxygen-induced tubular nanocompartment in Pyrococcus furiosus
著者: Song W / Fiala J / Skalidis I / Albanese P / Patinios C / Chaillet ML / Kengen SW / Scheltema RA / Howes SC / Heck AJ / Forster F
履歴
登録2025年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53127.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53127.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Rubrerythrin tetramer isolated from OSIT, Symmetry expanded map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.04 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.04 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.708424 - 1.1591852
平均 (標準偏差)0.0033342165 (±0.033156913)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 279.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53127_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Rubrerythrin tetramer isolated from OSIT, Half-map A

ファイルemd_53127_half_map_1.map
注釈Rubrerythrin tetramer isolated from OSIT, Half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Rubrerythrin tetramer isolated from OSIT, Half-map B

ファイルemd_53127_half_map_2.map
注釈Rubrerythrin tetramer isolated from OSIT, Half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Natively purified rubrerythrin from Pyrococcus furiosus, assemble...

全体名称: Natively purified rubrerythrin from Pyrococcus furiosus, assembled in OSIT
要素
  • 複合体: Natively purified rubrerythrin from Pyrococcus furiosus, assembled in OSIT
    • タンパク質・ペプチド: Rubrerythrin
  • リガンド: FE (III) ION

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超分子 #1: Natively purified rubrerythrin from Pyrococcus furiosus, assemble...

超分子名称: Natively purified rubrerythrin from Pyrococcus furiosus, assembled in OSIT
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 312 KDa

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分子 #1: Rubrerythrin

分子名称: Rubrerythrin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 19.529537 KDa
配列文字列:
MVVKRTMTKK FLEEAFAGES MAHMRYLIFA EKAEQEGFPN IAKLFRAIAY AEFVHAKNHF IALGKLGKTP ENLQMGIEGE TFEVEEMYP VYNKAAEFQG EKEAVRTTHY ALEAEKIHAE LYRKAKEKAE KGEDIEIKKV YICPICGYTA VDEAPEYCPV C GAPKEKFV VFE

UniProtKB: Rubrerythrin

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分子 #2: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 48 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMNaClSodium Chroride
5.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 6000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 実像数: 2372 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 425731
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 250 / 平均メンバー数/クラス: 1000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3pwf


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9qg1:
Natively purified Rubrerythrin 16-mer from the anaerobic extremophile P. furiosus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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