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万見
- EMDB-53049: Membrane-distal part of extracellular domain of the Fap2 autotran... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53049
タイトルMembrane-distal part of extracellular domain of the Fap2 autotransporter adhesin from Fusobacterium nucleatum ATCC23726
マップデータMain map, sharpened with deepEMhancer
試料
  • 複合体: Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726, monomer
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane autotransporter barrel domain protein
キーワードType V secretion system / autotransporter / colorectal cancer / bacterial adhesion / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane autotransporter barrel domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Schoepf F / Marongiu GL / Milaj K / Sprink T / Kikhney J / Moter A / Roderer D
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)548509121 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of Fusobacterium nucleatum adhesin Fap2 interaction with receptors on cancer and immune cells
著者: Schoepf F / Marongiu GL / Milaj K / Sprink T / Kikhney J / Moter A / Roderer D
履歴
登録2025年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53049.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53049.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map, sharpened with deepEMhancer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 384 pix.
= 407.04 Å		1.06 Å/pix.
x 384 pix.
= 407.04 Å		1.06 Å/pix.
x 384 pix.
= 407.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.0013087961 - 1.460411
平均 (標準偏差)0.00061168964 (±0.016177451)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 407.03998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53049_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Non-sharpened main map

ファイルemd_53049_additional_1.map
注釈Non-sharpened main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_53049_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_53049_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726, monomer

全体名称: Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726, monomer
要素
  • 複合体: Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726, monomer
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane autotransporter barrel domain protein

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超分子 #1: Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726, monomer

超分子名称: Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726, monomer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
分子量理論値: 320 KDa

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分子 #1: Outer membrane autotransporter barrel domain protein

分子名称: Outer membrane autotransporter barrel domain protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Extracellular domain of F. nucleatum adhesin Fap2, membrane-distal part
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
分子量理論値: 340.269375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EEVNLENSQV ATREELKTSV GNVQTKLNIL RNENKEKIKN LRLELIQLME QGDQVVKSPW SSWQFGMNYF YENWRSTYKG SGDKSEKYV FNGIYTRGNW KVRNAMDMAE NQRVGGRPLT PGNDSLNSWK NASNSSGGGV TIDKDTSIGS STNGNKSWGL V DLRDLREP ...文字列:
EEVNLENSQV ATREELKTSV GNVQTKLNIL RNENKEKIKN LRLELIQLME QGDQVVKSPW SSWQFGMNYF YENWRSTYKG SGDKSEKYV FNGIYTRGNW KVRNAMDMAE NQRVGGRPLT PGNDSLNSWK NASNSSGGGV TIDKDTSIGS STNGNKSWGL V DLRDLREP TNEVEILAHI SPKEVTKQVI SLNITEPTVQ TLEAPDVNPQ VNEPLPAPVI ELPEVETVTI NPLSINAPSA PT APSAPTI NIAITAPSAP VPPTINVVPA SPSTPSAPTI NIGIQPPSIT PLSITTPDSV DAPNVVSPQI KPVDFTVDPG GDS NVYSSE KHNSHQGWKA TWDKTINVTE LTNRNYVSLT RDVVDSTIPD DQVINVTKPN NRAMVVDEVR KNGIKVDFKG TINL QRSQN VGIDLQGTHQ GSISTPLIAN IYNSGKIIGN AKYGSTANKE QIAFGFNNAD GSNNTTMTNM VNKGEITLNA PSSAG IQLK PEDPHDWQPG APNYWNAAPL QIGNKTPNKI KGRVLMKADN QKDINLNGSG SFGMVTVFNE GVPKRLFAPS YVANYE NLR SERTYDGERV LPGGEIGRSA LSDSKYTSGV YNTGNINING DSSIGVGLLQ EIQEVKLAGN INIGTKAVAQ ETDISNL PN AGSKTYDKNK VEEAVGVFAG VPTMPVKPGE KDTLINSSGA RNTATSLVGT ETVEINGNIS LGEHATQSIG ALVGDTEI D LNKGQLTENG VNKGSNVDRK LKRSGDITAK SNSVINVGGK KNYGFVVSNS AHSSKFGTTV DSLEYNVDKT HHGKGINEG IINIIGDESV GFAMIKGGNS KSSGTISVKD NAENSIGFYG KEDSFTNSGT IEVTSAKKKN KAVVLDGTNA SNKINFTNTG NIYVNTSDN NNTNLDGNGN IGIYAQGNYK VEHNSGIVKA GKDVIAFYVK DSTGEVNINA PIELANSSKG TTIGIYSDGN A KVKFGTGS KLKIGEKAVG LYSADPTKFN NTFKIESGKT LDVELGKNST FGLLNGNNTV TNSPLLSKYL NNNTSDKINI VS FGEGASL FYATSKAKAI LDEDYKVTNG DAISTAVLVA NNGANVEIAS GKKLETNTNA GLIAINGTVG FTSVAKNNGT LIS TRIDKG IGIYTSAANG ENSGTITMQN KNAVGILGSK DSNLKNTGKI ELEAVSSAGV YAEDSNMINS GTTSEIIVNK ETSV GIYAK ETSISSVSKN VKNEGKIEIK ADGDGKSAGI YSKKEGGAKL TIENTGNIEV AQKASAGIYA KNESTQANTQ SEVTN SGLV KMSAENSIGI MGEKSKITNT GTGTKGIEIV EKKSAGILVT NESAVINSGR ISLSNSSISA SSDGLVGISV DGSSTG END ASGEIKVDAA YSTGMLSSGG GITNAGKIAL EKKESVGMYA TNANVTNSGA TPKGIFIKDE KSVGIYSKIN SSSIANK TV TNSGTIDIAG TSKTGSAGIY SIIESGATKK LSVVNNGNIT INQKKSVGIY AKNESSHANT ESDVTNSGKI EVKNEGSA G VLAEKYKVTN TGSGTNGIIV SAKKSAGIIG KLGSEIINSG IIKTEIATPT VATDGVVGIS LNNSKATNTS GGVITLDTD YSTGMYGEAN SQLTNEGNIT GTNKEYIVGM AGDSSTVTNK NIITLNGKKA TGIFGKNSST LLNETTGKIT TKEEESVGMY SSSSLKATN KGTIITEKKT SAGMLGDKAN IENDSSITTK EEMSAGMYVK NGTSKATNKG TVTTEKKTSA GILAEIDEAN G GTVSGLNE TTGTITVSEE TSAGMLGKVK SAVTASTAKL SLTNKKDINI NTKNSAGIMV VNESTAVGKE NVLAENTGII NL TSSSATN EKNIGILANK ATGINTGNIN VNSKESIGML GQNASSITNN KTITLSGEKG IGMLSKDTSS IADNNDTINV NGK ESLGML GEDSGTVKNN KTISVTAEKG VGIFVRDNGV GKGSGTGENT STGTITLENK EAVGIFAKNN GTSDSAKNSG TINL GKADG STIKESLIGM FAQAEAGKKA NVKNTKDINV NTKKSVGIYA KNDASNITDV DLENTGDINI NSKESAGVYA PKANI SKVG TITLKNSIDS NGSSAVYVSK GGKVANTAGA KINLGTVNQN RVAYYVNGKD SALAGADIGK ITGYGVGVYL QGTSGD KAT LDKNTSKLDY TLQGTGNGII GLLLKGETDI QSYTKGIKVG NTVAATSPSD KAKYAIGIYA DAQGTAGTPY NITTPIT AG KSGVGIFADK DSNINYTGNM EIGDGTTAGT GIFITKKIGA TGGKVTLGTN TIKLKGTKGV VAIASEGTTF NGGNATIE L VGSNIQGVGV YAKKGSTVNI DHWTFNNNGN SAEEVRSEEG RVYINANKNL KPKMVLTHVI NGETSIATGK TVTSVNDGS ITAKENIGLM AEGIKNHSMT WQEGNFEAVN HGIIDFSAAE KSTAMFINSA RAKNDGTIKV GKNSIGIYGF YNKDTRKYDG ASTNPDPNK LELETTSNSK MSLGDASTGM YLTNAEKIEN KGGQITSESG ATKNVGIYAV NGQDTKVSAN NKILNMTTAT N INLGNGSV GLYSKGQSNT VRNTVTNTGD ITVGDKITGS PSVAMYAENT NLTTNSKITV GKDGIAFYGK NSDITAKGSA NF SNKGVLA YLENSKFVSH LGNLGSTQNT MLYLKNSIAQ LDGAGTKVDM DVADGYTGAY IEGNSTLTGV KTIKLGQDST GLF LKDANF VSNAESITGT KDKARGILAT NSNLTNNSKI FLSGAESIGI YSNANNTKSV VNNGELTIAG KKTLGVFLKG SQSF ENKAN INIADSANSL EPTIGIYTAE GSSNIKHTSG TIDVGQKSIG IYSTTNSNVE MNGGKIHVKD QGVGIYKQNG KATIK GELD IDTHIATTKD SEPTGVYAVN GTEINDQASK ISIGAKSYGF ILNNTDPNKT NIYTNTDAGT VSLGNDSVFL YSNGKA NII NNRTINANGA SHLIAFYIKN GGNFTNNGTI DFSTGKGNIG IYAPGGKATN KGRVYVGKTD DIDPMTGKVY SDVSKIV YG IGMAADNGGY IKNDGEIRIY NNKSIGMYGK GIGTTVENTG KIYLDGSRAT ATDKIQSMTG VYVDDGAKFI NRGEIRTT D SYAGRDGKVN ENVTGLVGVA VMNGSTLENH GKILIDADNS YGVIIRGKRD SKGNVERYAV IKNYGEIKVR GKGTWGISW KDVSQAYIDE LQKQINDKIS SDPEGQALRA GSAHHHHHHH HSAGENLYFQ

UniProtKB: Outer membrane autotransporter barrel domain protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris HCl, 200 mM NaCl, pH 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12663 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 58.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 151825
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9qe7:
Membrane-distal part of extracellular domain of the Fap2 autotransporter adhesin from Fusobacterium nucleatum ATCC23726

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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