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- EMDB-53048: Extracellular domain of the Fap2 autotransporter adhesin from Fus... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53048
タイトルExtracellular domain of the Fap2 autotransporter adhesin from Fusobacterium nucleatum ATCC23726
マップデータMain map, sharpened using deepEMhancer (tight model)
試料
  • 複合体: Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726, monomer
    • タンパク質・ペプチド: Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726
キーワードType V secretion system / autotransporter / colorectal cancer / bacterial adhesion / CELL ADHESION
生物種Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Schoepf F / Marongiu GL / Milaj K / Sprink T / Kikhney J / Moter A / Roderer D
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)548509121 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of Fusobacterium nucleatum adhesin Fap2 interaction with receptors on cancer and immune cells
著者: Schoepf F / Marongiu GL / Milaj K / Sprink T / Kikhney J / Moter A / Roderer D
履歴
登録2025年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53048.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53048.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map, sharpened using deepEMhancer (tight model)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 700 pix.
= 742. Å		1.06 Å/pix.
x 700 pix.
= 742. Å		1.06 Å/pix.
x 700 pix.
= 742. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.046
最小 - 最大-0.0017550894 - 1.8966228
平均 (標準偏差)0.000059989023 (±0.00574848)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ700700700
Spacing700700700
セルA=B=C: 741.99994 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53048_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Non-sharpened main map

ファイルemd_53048_additional_1.map
注釈Non-sharpened main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_53048_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_53048_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726, monomer

全体名称: Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726, monomer
要素
  • 複合体: Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726, monomer
    • タンパク質・ペプチド: Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726

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超分子 #1: Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726, monomer

超分子名称: Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726, monomer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
分子量理論値: 320 KDa

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分子 #1: Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726

分子名称: Fap2 extracellular domain from F. nucleatum ATCC23726
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Fap2 (1-3271) with C-terminal histag and TEV cleavage site
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EEVNLENSQV ATREELKTSV GNVQTKLNIL RNENKEKIKN LRLELIQLME QGDQVVKSPW SSWQFGMNYF YENWRSTYKG SGDKSEKYVF NGIYTRGNWK VRNAMDMAEN QRVGGRPLTP GNDSLNSWKN ASNSSGGGVT IDKDTSIGSS TNGNKSWGLV DLRDLREPTN ...文字列:
EEVNLENSQV ATREELKTSV GNVQTKLNIL RNENKEKIKN LRLELIQLME QGDQVVKSPW SSWQFGMNYF YENWRSTYKG SGDKSEKYVF NGIYTRGNWK VRNAMDMAEN QRVGGRPLTP GNDSLNSWKN ASNSSGGGVT IDKDTSIGSS TNGNKSWGLV DLRDLREPTN EVEILAHISP KEVTKQVISL NITEPTVQTL EAPDVNPQVN EPLPAPVIEL PEVETVTINP LSINAPSAPT APSAPTINIA ITAPSAPVPP TINVVPASPS TPSAPTINIG IQPPSITPLS ITTPDSVDAP NVVSPQIKPV DFTVDPGGDS NVYSSEKHNS HQGWKATWDK TINVTELTNR NYVSLTRDVV DSTIPDDQVI NVTKPNNRAM VVDEVRKNGI KVDFKGTINL QRSQNVGIDL QGTHQGSIST PLIANIYNSG KIIGNAKYGS TANKEQIAFG FNNADGSNNT TMTNMVNKGE ITLNAPSSAG IQLKPEDPHD WQPGAPNYWN AAPLQIGNKT PNKIKGRVLM KADNQKDINL NGSGSFGMVT VFNEGVPKRL FAPSYVANYE NLRSERTYDG ERVLPGGEIG RSALSDSKYT SGVYNTGNIN INGDSSIGVG LLQEIQEVKL AGNINIGTKA VAQETDISNL PNAGSKTYDK NKVEEAVGVF AGVPTMPVKP GEKDTLINSS GARNTATSLV GTETVEINGN ISLGEHATQS IGALVGDTEI DLNKGQLTEN GVNKGSNVDR KLKRSGDITA KSNSVINVGG KKNYGFVVSN SAHSSKFGTT VDSLEYNVDK THHGKGINEG IINIIGDESV GFAMIKGGNS KSSGTISVKD NAENSIGFYG KEDSFTNSGT IEVTSAKKKN KAVVLDGTNA SNKINFTNTG NIYVNTSDNN NTNLDGNGNI GIYAQGNYKV EHNSGIVKAG KDVIAFYVKD STGEVNINAP IELANSSKGT TIGIYSDGNA KVKFGTGSKL KIGEKAVGLY SADPTKFNNT FKIESGKTLD VELGKNSTFG LLNGNNTVTN SPLLSKYLNN NTSDKINIVS FGEGASLFYA TSKAKAILDE DYKVTNGDAI STAVLVANNG ANVEIASGKK LETNTNAGLI AINGTVGFTS VAKNNGTLIS TRIDKGIGIY TSAANGENSG TITMQNKNAV GILGSKDSNL KNTGKIELEA VSSAGVYAED SNMINSGTTS EIIVNKETSV GIYAKETSIS SVSKNVKNEG KIEIKADGDG KSAGIYSKKE GGAKLTIENT GNIEVAQKAS AGIYAKNEST QANTQSEVTN SGLVKMSAEN SIGIMGEKSK ITNTGTGTKG IEIVEKKSAG ILVTNESAVI NSGRISLSNS SISASSDGLV GISVDGSSTG ENDASGEIKV DAAYSTGMLS SGGGITNAGK IALEKKESVG MYATNANVTN SGATPKGIFI KDEKSVGIYS KINSSSIANK TVTNSGTIDI AGTSKTGSAG IYSIIESGAT KKLSVVNNGN ITINQKKSVG IYAKNESSHA NTESDVTNSG KIEVKNEGSA GVLAEKYKVT NTGSGTNGII VSAKKSAGII GKLGSEIINS GIIKTEIATP TVATDGVVGI SLNNSKATNT SGGVITLDTD YSTGMYGEAN SQLTNEGNIT GTNKEYIVGM AGDSSTVTNK NIITLNGKKA TGIFGKNSST LLNETTGKIT TKEEESVGMY SSSSLKATNK GTIITEKKTS AGMLGDKANI ENDSSITTKE EMSAGMYVKN GTSKATNKGT VTTEKKTSAG ILAEIDEANG GTVSGLNETT GTITVSEETS AGMLGKVKSA VTASTAKLSL TNKKDININT KNSAGIMVVN ESTAVGKENV LAENTGIINL TSSSATNEKN IGILANKATG INTGNINVNS KESIGMLGQN ASSITNNKTI TLSGEKGIGM LSKDTSSIAD NNDTINVNGK ESLGMLGEDS GTVKNNKTIS VTAEKGVGIF VRDNGVGKGS GTGENTSTGT ITLENKEAVG IFAKNNGTSD SAKNSGTINL GKADGSTIKE SLIGMFAQAE AGKKANVKNT KDINVNTKKS VGIYAKNDAS NITDVDLENT GDININSKES AGVYAPKANI SKVGTITLKN SIDSNGSSAV YVSKGGKVAN TAGAKINLGT VNQNRVAYYV NGKDSALAGA DIGKITGYGV GVYLQGTSGD KATLDKNTSK LDYTLQGTGN GIIGLLLKGE TDIQSYTKGI KVGNTVAATS PSDKAKYAIG IYADAQGTAG TPYNITTPIT AGKSGVGIFA DKDSNINYTG NMEIGDGTTA GTGIFITKKI GATGGKVTLG TNTIKLKGTK GVVAIASEGT TFNGGNATIE LVGSNIQGVG VYAKKGSTVN IDHWTFNNNG NSAEEVRSEE GRVYINANKN LKPKMVLTHV INGETSIATG KTVTSVNDGS ITAKENIGLM AEGIKNHSMT WQEGNFEAVN HGIIDFSAAE KSTAMFINSA RAKNDGTIKV GKNSIGIYGF YNKDTRKYDG ASTNPDPNKL ELETTSNSKM SLGDASTGMY LTNAEKIENK GGQITSESGA TKNVGIYAVN GQDTKVSANN KILNMTTATN INLGNGSVGL YSKGQSNTVR NTVTNTGDIT VGDKITGSPS VAMYAENTNL TTNSKITVGK DGIAFYGKNS DITAKGSANF SNKGVLAYLE NSKFVSHLGN LGSTQNTMLY LKNSIAQLDG AGTKVDMDVA DGYTGAYIEG NSTLTGVKTI KLGQDSTGLF LKDANFVSNA ESITGTKDKA RGILATNSNL TNNSKIFLSG AESIGIYSNA NNTKSVVNNG ELTIAGKKTL GVFLKGSQSF ENKANINIAD SANSLEPTIG IYTAEGSSNI KHTSGTIDVG QKSIGIYSTT NSNVEMNGGK IHVKDQGVGI YKQNGKATIK GELDIDTHIA TTKDSEPTGV YAVNGTEIND QASKISIGAK SYGFILNNTD PNKTNIYTNT DAGTVSLGND SVFLYSNGKA NIINNRTINA NGASHLIAFY IKNGGNFTNN GTIDFSTGKG NIGIYAPGGK ATNKGRVYVG KTDDIDPMTG KVYSDVSKIV YGIGMAADNG GYIKNDGEIR IYNNKSIGMY GKGIGTTVEN TGKIYLDGSR ATATDKIQSM TGVYVDDGAK FINRGEIRTT DSYAGRDGKV NENVTGLVGV AVMNGSTLEN HGKILIDADN SYGVIIRGKR DSKGNVERYA VIKNYGEIKV RGKGTWGISW KDVSQAYIDE LQKQINDKIS SDPEGQALRA GSAHHHHHHH HSAGENLYFQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris HCl, 200 mM NaCl, pH 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12663 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 58.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 265956
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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