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万見
- EMDB-5303: Trypanosoma brucei flagellum: paraflagellar rod -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5303
タイトルTrypanosoma brucei flagellum: paraflagellar rod
マップデータSub-tomogram average of the paraflagellar rod (PFR) of Trypanosoma brucei
試料
  • 試料: Trypanosoma brucei flagellum - paraflagellar rod
  • 細胞器官・細胞要素: paraflagellar rod
キーワードparaflagellar rod
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Koyfman AY / Schmid MF / Gheiratmand L / Fu CJ / Khant HA / Huang D / He CY / Chiu W
引用ジャーナル: PROC.NAT.ACAD.SCI.USA / 年: 2011
タイトル: Structure of Trypanosoma brucei flagellum accounts for its bihelical motion.
著者: Koyfman AY / Schmid MF / Gheiratmand L / Fu CJ / Khant HA / Huang D / He CY / Chiu W
履歴
登録2011年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年6月21日-
マップ公開2011年6月21日-
更新2013年6月5日-
現状2013年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5303.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 60.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram average of the paraflagellar rod (PFR) of Trypanosoma brucei
ボクセルのサイズX: 10.686 Å / Y: 10.686 Å / Z: 10.687 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-5.72570038 - 7.46955013
平均 (標準偏差)0.0104017 (±0.78655183)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin58-240-185
サイズ205270292
Spacing205270292
セルA: 2885.22 Å / B: 2190.63 Å / C: 3120.604 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z10.68610.68610.687
M x/y/z270205292
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z2885.2202190.6303120.604
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-24058-185
NC/NR/NS270205292
D min/max/mean-5.7267.4700.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Trypanosoma brucei flagellum - paraflagellar rod

全体名称: Trypanosoma brucei flagellum - paraflagellar rod
要素
  • 試料: Trypanosoma brucei flagellum - paraflagellar rod
  • 細胞器官・細胞要素: paraflagellar rod

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超分子 #1000: Trypanosoma brucei flagellum - paraflagellar rod

超分子名称: Trypanosoma brucei flagellum - paraflagellar rod / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: paraflagellar rod

超分子名称: paraflagellar rod / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: paraflagellar rod / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 別称: Trypanosome / Organelle: flagellum / 細胞中の位置: flagellum

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

緩衝液詳細: PBS
グリッド詳細: 200 mesh gold grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot III / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
日付2008年6月25日
撮影平均電子線量: 70 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 15000
試料ステージ試料ホルダー: 60 degree / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °

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画像解析

詳細Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 60. Average tomographic tilt angle increment: 2.
最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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