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- EMDB-53015: Botulinum neurotoxin type B1, 14-subunit, Large Progenitor Toxin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53015
タイトルBotulinum neurotoxin type B1, 14-subunit, Large Progenitor Toxin Complex (L-PTC)
マップデータ
試料
  • 複合体: Botulinum neurotoxin type B1 14-subunit Large Progenitor Toxin Complex (L-PTC)
    • 複合体: BoNT-NTNH complex or Minimal Progenitor Toxin Complex B1 (M-PTC)
      • タンパク質・ペプチド: Botulinum neurotoxin type B
      • タンパク質・ペプチド: Botulinum neurotoxin type B1, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH
    • 複合体: HA70 trimer
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin component HA70
    • 複合体: HA17-HA33 subcomplex (legs)
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin component HA17
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin component HA33
キーワードprogenitor-toxin complex / botulinum neurotoxin / hemagglutinin / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin component HA-17 / Clostridium botulinum HA-17 domain / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Botulinum neurotoxin, helical domain / Hemagglutinin component HA-70, C-terminal / Haemagglutinin 70 C-terminal domain / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like ...Hemagglutinin component HA-17 / Clostridium botulinum HA-17 domain / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Botulinum neurotoxin, helical domain / Hemagglutinin component HA-70, C-terminal / Haemagglutinin 70 C-terminal domain / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Ricin-type beta-trefoil / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type B / Botulinum neurotoxin type B1, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH / Hemagglutinin component HA33 / Hemagglutinin component HA17 / Hemagglutinin component HA70
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Krc A / Persson Kosenina S / Masuyer G / Stenmark P
資金援助 スウェーデン, デンマーク, 2件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2022-03681 スウェーデン
Novo Nordisk FoundationNNF20OC0064789 デンマーク
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structure of the complete 14-subunit botulinum neurotoxin B complex reveals a unique anchoring through the narrow central pore of HA70.
著者: Ajda Krč / Sara Persson Košenina / Maria B Nowakowska / Geoffrey Masuyer / Pål Stenmark /
要旨: Botulinum neurotoxin serotype B1 (BoNT/B) is a highly potent neurotoxin and therapeutic agent. Here, we present the structure of the complete 14-subunit (780 kDa) progenitor toxin complex (L-PTC) and ...Botulinum neurotoxin serotype B1 (BoNT/B) is a highly potent neurotoxin and therapeutic agent. Here, we present the structure of the complete 14-subunit (780 kDa) progenitor toxin complex (L-PTC) and of five subcomplexes. The structures show how the toxin interacts with its associated components in their role to protect and deliver BoNT/B across epithelial barriers. Each subcomplex, including the M-PTC, M-PTC-HA70, NTNH-HA70, and HA70 trimer, provides detailed understanding of the assembly mechanism, in which the NTNH-nLoop adopts a unique fold that locks the M-PTC into a central pore formed by HA70. The HA subcomplex presents a tripod architecture with flexible legs that may adapt to the rugged cell surface. Mass photometry reveals the pH dependence of BoNT/B release from the complex which is unexpectedly influenced by the presence of HA70. This study provides the complete L-PTC structure, offering insights into its assemblage and supporting the development of countermeasures and therapeutic applications.
履歴
登録2025年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53015.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53015.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.22 Å/pix.
x 540 pix.
= 659.988 Å		1.22 Å/pix.
x 540 pix.
= 659.988 Å		1.22 Å/pix.
x 540 pix.
= 659.988 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2222 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-33.058413999999999 - 74.185869999999994
平均 (標準偏差)-0.0030303295 (±1.0019809)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 659.98804 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Botulinum neurotoxin type B1 14-subunit Large Progenitor Toxin Co...

全体名称: Botulinum neurotoxin type B1 14-subunit Large Progenitor Toxin Complex (L-PTC)
要素
  • 複合体: Botulinum neurotoxin type B1 14-subunit Large Progenitor Toxin Complex (L-PTC)
    • 複合体: BoNT-NTNH complex or Minimal Progenitor Toxin Complex B1 (M-PTC)
      • タンパク質・ペプチド: Botulinum neurotoxin type B
      • タンパク質・ペプチド: Botulinum neurotoxin type B1, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH
    • 複合体: HA70 trimer
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin component HA70
    • 複合体: HA17-HA33 subcomplex (legs)
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin component HA17
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin component HA33

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超分子 #1: Botulinum neurotoxin type B1 14-subunit Large Progenitor Toxin Co...

超分子名称: Botulinum neurotoxin type B1 14-subunit Large Progenitor Toxin Complex (L-PTC)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 210 KDa

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超分子 #2: BoNT-NTNH complex or Minimal Progenitor Toxin Complex B1 (M-PTC)

超分子名称: BoNT-NTNH complex or Minimal Progenitor Toxin Complex B1 (M-PTC)
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

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超分子 #3: HA70 trimer

超分子名称: HA70 trimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

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超分子 #4: HA17-HA33 subcomplex (legs)

超分子名称: HA17-HA33 subcomplex (legs) / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

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分子 #1: Botulinum neurotoxin type B

分子名称: Botulinum neurotoxin type B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: 10x His tag on C-terminus, mutations E230Q, H233Y / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 152.427062 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGPVTINNFN YNDPIDNNNI IMMEPPFARG TGRYYKAFKI TDRIWIIPER YTFGYKPEDF NKSSGIFNRD VCEYYDPDYL NTNDKKNIF LQTMIKLFNR IKSKPLGEKL LEMIINGIPY LGDRRVPLEE FNTNIASVTV NKLISNPGEV ERKKGIFANL I IFGPGPVL ...文字列:
MGPVTINNFN YNDPIDNNNI IMMEPPFARG TGRYYKAFKI TDRIWIIPER YTFGYKPEDF NKSSGIFNRD VCEYYDPDYL NTNDKKNIF LQTMIKLFNR IKSKPLGEKL LEMIINGIPY LGDRRVPLEE FNTNIASVTV NKLISNPGEV ERKKGIFANL I IFGPGPVL NENETIDIGI QNHFASREGF GGIMQMKFCP EYVSVFNNVQ ENKGASIFNR RGYFSDPALI LMHQLIYVLH GL YGIKVDD LPIVPNEKKF FMQSTDAIQA EELYTFGGQD PSIITPSTDK SIYDKVLQNF RGIVDRLNKV LVCISDPNIN INI YKNKFK DKYKFVEDSE GKYSIDVESF DKLYKSLMFG FTETNIAENY KIKTRASYFS DSLPPVKIKN LLDNEIYTIE EGFN ISDKD MEKEYRGQNK AINKQAYEEI SKEHLAVYKI QMCKSVKAPG ICIDVDNEDL FFIADKNSFS DDLSKNERIE YNTQS NYIE NDFPINELIL DTDLISKIEL PSENTESLTD FNVDVPVYEK QPAIKKIFTD ENTIFQYLYS QTFPLDIRDI SLTSSF DDA LLFSNKVYSF FSMDYIKTAN KVVEAGLFAG WVKQIVNDFV IEANKSNTMD KIADISLIVP YIGLALNVGN ETAKGNF EN AFEIAGASIL LEFIPELLIP VVGAFLLESY IDNKNKIIKT IDNALTKRNE KWSDMYGLIV AQWLSTVNTQ FYTIKEGM Y KALNYQAQAL EEIIKYRYNI YSEKEKSNIN IDFNDINSKL NEGINQAIDN INNFINGCSV SYLMKKMIPL AVEKLLDFD NTLKKNLLNY IDENKLYLIG SAEYEKSKVN KYLKTIMPFD LSIYTNDTIL IEMFNKYNSE ILNNIILNLR YKDNNLIDLS GYGAKVEVY DGVELNDKNQ FKLTSSANSK IRVTQNQNII FNSVFLDFSV SFWIRIPKYK NDGIQNYIHN EYTIINCMKN N SGWKISIR GNRIIWTLID INGKTKSVFF EYNIREDISE YINRWFFVTI TNNLNNAKIY INGKLESNTD IKDIREVIAN GE IIFKLDG DIDRTQFIWM KYFSIFNTEL SQSNIEERYK IQSYSEYLKD FWGNPLMYNK EYYMFNAGNK NSYIKLKKDS PVG EILTRS KYNQNSKYIN YRDLYIGEKF IIRRKSNSQS INDDIVRKED YIYLDFFNLN QEWRVYTYKY FKKEEEKLFL APIS DSDEF YNTIQIKEYD EQPTYSCQLL FKKDEESTDE IGLIGIHRFY ESGIVFEEYK DYFCISKWYL KEVKRKPYNL KLGCN WQFI PKDEGWTEHH HHHHHHHH

UniProtKB: Botulinum neurotoxin type B

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分子 #2: Botulinum neurotoxin type B1, nontoxic-nonhemagglutinin component...

分子名称: Botulinum neurotoxin type B1, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: bontoxilysin
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 138.876797 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNINDNLSIN SPVDNKNVVV VRARKTDTVF KAFKVAPNIW VAPERYYGES LSIDEEYKVD GGIYDSNFLS QDSEKDKFLQ AIITLLKRI NSTNAGEKLL SLISTAIPFP YGYIGGGYYA PNMITFGSAP KSNKKLNSLI SSTIPFPYAG YRETNYLSSE D NKSFYASN ...文字列:
MNINDNLSIN SPVDNKNVVV VRARKTDTVF KAFKVAPNIW VAPERYYGES LSIDEEYKVD GGIYDSNFLS QDSEKDKFLQ AIITLLKRI NSTNAGEKLL SLISTAIPFP YGYIGGGYYA PNMITFGSAP KSNKKLNSLI SSTIPFPYAG YRETNYLSSE D NKSFYASN IVIFGPGANI VENNTVFYKK EDAENGMGTM TEIWFQPFLT YKYDEFYIDP AIELIKCLIK SLYFLYGIKP SD DLVIPYR LRSELENIEY SQLNIVDLLV SGGIDPKFIN TDPYWFTDNY FSNAKKVFED HRNIYETQIE GNNAIGNDIK LRL KQKFRI NINDIWELNL NYFSKEFSIM MPDRFNNALK HFYRKQYYKI DYPENYSING FVNGQINVQL SLSDRNQDII NKPE EIINL LNGNNVSLMR SNIYGDGLKS TVDDFYSNYK IPYNRAYEYH FNNSNDSSLD NVNIGVIDNI PEIIDVNPYK ENCDK FSPV QKITSTREIN TNIPWPINYL QAQNTNNEKF SLSSDFVEVV SSKDKSLVYS FLSNVMFYLD SIKDNSPIDT DKKYYL WLR EIFRNYSFDI TATQEINTDC GINKVVTWFG KALNILNTSD SFVEEFQNLG PISLINKKEN LSMPIIEIYG IPNDMLG LP LNDLNEKLFN IYLKNILYFK KVYFNFLDQW WTEYYSQYFD LICMAKQSIL AQEKLIKQII QNKLQDLFKA DISMDKLN L MNLATEKTFI DLSNESQIAI NNINDFLNKS AICVFDTNIY PKFISFMEQC INSVNSNVTA FIQKCTNITE DEKLQLIKL NTFMNIDFEF FDIQSIKDLI TSETDLIKEE KESDYNLFLF TLQEDNNKVI EDISGKNTLV KYSDSISLVY GVNGDALYLK EPDESVSFS NKAFENGLTN SFSICFWLRN LGEDIITSKL IENKADNCGW EIYFENNGLV FSIVDCNGNE ENIYLSDVIS K NWYYISIS IDRLRNQLLI FINDKLIANQ SIEQILNIYS SNTISLVNEN NPIYIEGLSI LNRSITSEEV VNNYFSYLNN SY IRDISGE RLEYNKTYEL YNYVFPENSL YEVTENNNIY LSIKDTNNLN IQGAKFKLIN IDANKQYVQK WDEGVVCLLG DEE KYVDIS SENNRIQLVN SKDTAKRIIF NNDIFMPNCL TFAYNNKYLS LSLRDRNYNW MICNNNDNIP KAAHLWALKG I

UniProtKB: Botulinum neurotoxin type B1, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH

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分子 #3: Hemagglutinin component HA70

分子名称: Hemagglutinin component HA70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 71.249336 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNSSIKKIYN HIQEKVINYS DTIDLADGNY VVSRGDGWIL SRQNQILGGS VISNGSTGIV GDLRVNDNAI PYYYPTPSFN EEYIKNNIQ TVFANFTEAN QIPIGFEFSK TAPSNKNLYM YLQYTYIRYE IIKVLQHEII ERAVLYVPSL GYVKSIEFNP G EKINKDFY ...文字列:
MNSSIKKIYN HIQEKVINYS DTIDLADGNY VVSRGDGWIL SRQNQILGGS VISNGSTGIV GDLRVNDNAI PYYYPTPSFN EEYIKNNIQ TVFANFTEAN QIPIGFEFSK TAPSNKNLYM YLQYTYIRYE IIKVLQHEII ERAVLYVPSL GYVKSIEFNP G EKINKDFY FLTNDKCILN EQFLYKKILE TTKNIPTNNI FNSKVSSTQR VLPYSNGLYV INKGDGYIRT NDKDLIGTLL IE AGSSGSI IQPRLRNTTR PLFTTSNDAK FSQQYTEERL KDAFNVQLFN TSTSLFKFVE EAPSNKNICI KAYNTYEKYE LID YQNGSI VNKAEYYLPS LGYCEVTNAP SPESEVVKTQ VAEDGFIQNG PEEEIVVGVI DPSENIQEIN TAISDNYTYN IPGI VNNNP FYILFTVNTT GIYKINAQNN LPSLKIYEAI GSGNRNFQSG NLCDDDIKAI NYITGFDSPN AKSYLVVLLN KDKNY YIRV PQTSSNIENQ IKFKREEGDL RNLMNSSVNI IDNLNSTGAH YYTRQSPDVH DYISYEFTIP GNFNNKDTSN IRLYTS YNQ GIGTLFRVTE TIDGYNLINI QQNLNLLNST KSIRLLNGAI YILKVEVTEL NNYNIKLHID ITN

UniProtKB: Hemagglutinin component HA70

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分子 #4: Hemagglutinin component HA17

分子名称: Hemagglutinin component HA17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 16.919018 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSAERTFLPN GNYNIKSIFS GSLYLSPVSG SLTFSNESSA NNQKWNVEYM AENRCFKISN VAEPNKYLSY DNFGFISLDS LSNRCYWFP IKIAVNTYIM LSLNKVNELD YAWDIYDTNE NILSQPLLLL PNFDIYNSNQ MFKLEKI

UniProtKB: Hemagglutinin component HA17

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分子 #5: Hemagglutinin component HA33

分子名称: Hemagglutinin component HA33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 33.687562 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEHYSTIQNS LNDKIVTISC KANTDLFFYQ VPGNGNVSLF QQTRNYLERW RIIYDSNKAA YKIKSMNIYN TNLVLTWNAP THNISAQQD SNADNQYWLL LKDIGNNSFI IASYKNPNLV LYADTVARNL KLSTLNNSSY IKFIIEDYVI SDFKNFTCRI S PILAGGKV ...文字列:
MEHYSTIQNS LNDKIVTISC KANTDLFFYQ VPGNGNVSLF QQTRNYLERW RIIYDSNKAA YKIKSMNIYN TNLVLTWNAP THNISAQQD SNADNQYWLL LKDIGNNSFI IASYKNPNLV LYADTVARNL KLSTLNNSSY IKFIIEDYVI SDFKNFTCRI S PILAGGKV VQQVSMTNLA VNLYIWNNDL NQKWTIIYNE EKAAYQFFNK ILSNGVLTWI FSDGNTVRVS SSAQNNDAQY WL INPVSDN YDRYTITNLR DKTKVLDLYG GQTADGTTIQ VFNSNGGDNQ IWTMSNP

UniProtKB: Hemagglutinin component HA33

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 139594
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-9qcm:
Botulinum neurotoxin type B1, 14-subunit, Large Progenitor Toxin Complex (L-PTC)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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