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- EMDB-52990: Lymphostatin - Conformation II - pH 8 Hepes -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52990
タイトルLymphostatin - Conformation II - pH 8 Hepes
マップデータ
試料
  • 複合体: Lymphostatin
    • タンパク質・ペプチド: Lymphostatin
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードVirulence Factor Lymphostatin LifA Conformation II / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / cysteine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3491 / Protein of unknown function (DUF3491) / Peptidase C58, YopT-type domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli O127:H6 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bottcher B / Schneider R / Griessmann M / Ramussen T
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)359471283 ドイツ
German Research Foundation (DFG)456578072 ドイツ
German Research Foundation (DFG)525040890 ドイツ
German Research Foundation (DFG)428774170 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure of lymphostatin, a large multi-functional virulence factor of pathogenic Escherichia coli.
著者: Matthias Griessmann / Tim Rasmussen / Vanessa J Flegler / Christian Kraft / Ronja Schneider / Max Hateley / Lukas Spantzel / Mark P Stevens / Michael Börsch / Bettina Böttcher /
要旨: Lymphostatin is a key virulence factor of enteropathogenic and enterohaemorrhagic Escherichia coli, playing roles in bacterial colonisation of the gut and in the inhibition of lymphocyte ...Lymphostatin is a key virulence factor of enteropathogenic and enterohaemorrhagic Escherichia coli, playing roles in bacterial colonisation of the gut and in the inhibition of lymphocyte proliferation and proinflammatory responses. The protein's glycosyltransferase and cysteine protease motifs are required for activity against lymphocytes, but high-resolution structural information has proven elusive. Here, we describe the structure of lymphostatin from enteropathogenic E. coli O127:H6, determined by electron cryo-microscopy at different pH values. We observe three conformations of a highly complex molecule with two glycosyltransferase domains, one PaToxP-like protease domain, an ADP-ribosyltransferase domain, a vertex domain and a delivery domain. Long linkers hold these domains together and occlude the catalytic sites of the N-terminal glycosyltransferase and protease domains. Lymphostatin binds to bovine T-lymphocytes and HEK-293T cells, forming clusters at the plasma membrane that are internalized. With six distinct domains, lymphostatin can be regarded as a multitool of pathogenic Escherichia coli, enabling complex interactions with host cells.
履歴
登録2025年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52990.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52990.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.95 Å/pix.
x 400 pix.
= 378.4 Å		0.95 Å/pix.
x 400 pix.
= 378.4 Å		0.95 Å/pix.
x 400 pix.
= 378.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.946 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-17.598686000000001 - 43.995964000000001
平均 (標準偏差)-0.0046782186 (±0.91563094)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 378.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lymphostatin

全体名称: Lymphostatin
要素
  • 複合体: Lymphostatin
    • タンパク質・ペプチド: Lymphostatin
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

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超分子 #1: Lymphostatin

超分子名称: Lymphostatin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 (大腸菌)
分子量理論値: 366 KDa

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分子 #1: Lymphostatin

分子名称: Lymphostatin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 (大腸菌)
分子量理論値: 366.421219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRLPEKVLFP PVTSGLSGQE KQKKPKSITG FQENYQRNIR PIKTASEARL RFFDKMVSKE NSLEDVVSLG EMIQKEIYGH EQRTFSPVH HTGNWKSSLL HNALLGLANV YNGLRETEYP NTFNRDGIKS TNSFRDNLLT KTRTPRDNFE EGIKHPEHAT I PYDNDNES ...文字列:
MRLPEKVLFP PVTSGLSGQE KQKKPKSITG FQENYQRNIR PIKTASEARL RFFDKMVSKE NSLEDVVSLG EMIQKEIYGH EQRTFSPVH HTGNWKSSLL HNALLGLANV YNGLRETEYP NTFNRDGIKS TNSFRDNLLT KTRTPRDNFE EGIKHPEHAT I PYDNDNES NKLLKAGKIA GNNNELLMEI KKESQSDHQI PLSDKFLKRK KRSPVAEDKV QNSLTPENFV QKISLSDELK TK YANEIIE IKRIMGEYNL LPDKNSRNGL KLLQKQADLL KIIMEDTSVT ENTFKNIEIA ITDIKREYYS HTVDIEKNIH AIW VAGSPP ESISDYIKTF LKTYKEFTYY LWVDEKAFGA AKFTSVLKQI AFDLACRTIQ QNTPQKNIDF INLYNEIRKK YNNN PSGQQ EYLNKLRELY ATYQKISTPL KHMFNSFFLE NMIKLQDNFF NYCIVKGVTE INDELRINYL KNVIKLSDDD IGNYQ KTIN DNKDRVKKLI LDLQKQFGEN RISIKDVNSL TSLSKSENNH NYQTEMLLRW NYPAASDLLR MYILKEHGGI YTDTDM MPA YSKQVIFKIM MQTNGDNRFL EDLKLRRAIS DGVLRYVNNQ NIDEVNYNEI SDADKNIIKK ILTEISKMPE DSIFTKI NT RIPRDTMPIL RRYHLWPDGW NIRGLNGFML SHKGSEVIDA VIAGQNQAYR ELRRIRDNIH SEIYFKQTDE LSSLPDTD K IGGILVKKYL SGSLFSKFRQ DTIIPEALST LQISGPDLIQ RKMLQFFRSR GVLGEEFINE RKLSDKAYIG VYKTTGTGK YDWLTPESIG VNDVTPADES TWCIGKGRCV DDFLFKDVST LKTENLPELF LTKIDTDTFF SQWSTKTKKD LQKKIQDLTV RYNELIDSS TIDFKNLYEI DQMLHMIMLE MNDDIAKRSL FSLQVQISEK IRRMTIPVDN IINIYPDLHK KNDNDLSMSI K GFLASNPH TKINILYSNK TEHNIFIKDL FSFAVMENEL RDIINNMSKD KTPENWEGRV MLQRYLELKM KDHLSLQSSQ EA NEFLEIS TFIYENDFLR EKIEAVKNKM NSHELYFEKI KKEQNTWQDL STKEQKLQLI KALKEISGNT EKDSHYDRLL DAF FKKHNE NIHNKIQRIK DEFKEYSRVA IHNIDKVIFK GQTLDRLYHE GYVFSDINTL SRYTLHGLGI TGVHTEENLL PAPS SSLIN ILKEHYNEDE ISAKLPLAYD YILNKKESSS IPVEILNKLS ELPPHELLTP VLGQSVNPLG MGYSSDNGKI TEQVI VSGA DGFDNPISGL IYTYLEDLYN IHVRMREGTL NSQNLRQLLE NSVSSCFLTE QSINKLLSEA EKRPYQSLTE IHQHLT GLP TIADATLSLL SVGLPGTGKL LRREQDYGRP PVTAIQDSTF VLPYNFKGIG FNDNIISSAP VASSLHFIAE HAKYTLL SW PEFYRHHAQR WFEMAKGYGS QNIDFHPQSL LVTQEGRCMG LALLYLQTED TAHYSILQEN LMTVSALHQT SNRDKLPL S KDDNSLMTRT YSLIEMLQYQ GNKYITNESL LHKTAWNQER ITLLFNEKGV KRALISTPNH TLVLQQLEDI YRLTDPNFG HADFLSPIDA LKFIEAMIQL TPTLQEYYGL LNKDINKHIQ VHYAESDMVW NKLLPENDAG LSTRIQHTTT DRLANLAEPV AVAGISLPV KTLYDIGATL DGRRITSPPT SEQIPSLRLN GDVLNDYLSR TVLTPEQADN IRKILHTQGI RSGTRPIDPE M IRGTQDDL VSSQTRLQRQ ATRVKQQLAG VLDTLQQHFQ NIPRSSGRHL SVENIELADI GSGRFNLQIR DGETLHTTSV EV PEVVSRF QKLSTMLSAL PASGIMDFDL GMSVVGVVQY ARLLQQGHED STLAKINLAM DIKQLSEATL GSMIQIAGNK FLN TEGIQG FRLESAVAEG MRSVATRTGG TMGKALSASA RVLELPVLET VLGTWNLYNS VIQLQQATSY SETMAARVQI AFDS ISLGL TAASVAFPPL IIATGPIAAI GMGASSIARN VARKEERHTQ WLEYKKFLTD GSKHIVVASP ERGLLDFSGN KVFGK MVLD LRQSPPLLHG ESSFNADRKI GHRPDLGDWQ IREKVGYANS ISPYSSLAHG YANSKWPRTI PKIPSGEYDT IILGYG HQY QANTEIEYLS NWIVWREAVP DSTSRHKRPP LEVLNSQCTV IAGERKTTVL PLRVLSDLTP ECTEQAISLK DYKFILR GG SGGLAVQVGG AGYYDIDANL VAKENTLSFR GLPEEFPLTF DLSKQTQSVM LKTPDDEVPV MTITQKGINT LVGTAAGK D RLIGNDKDNT FHTSSGGGTV ISGGGNNRYI IPRDLKTPLT LTLSSNSVSH EIFLPETTLA ELKPVAFELS LIYWAGNNI NVQPEDEAKL NHFAGNFRVH TRDGMTLEAV SRENGIQLAI SLCDVQRWQA VYPEENNRPD AILDRLHDMG WSLTPEVRFQ GGETQVSYD PLTRQLVYQL QARYSEFQLA GSRHHTTAVT GTPGSRYIIM KPVTTQILPT QIILAGDNDH PETIDLLEAS P VLVEGKKD KNSVILTIAT IQYSLQLTIS GIEESLPETT RVAIQPQDTR LLGDVLRILP DNGNWVGIFR SGHTPTVNRL EN LMALNQV MTFLPRVSGS AEQVLCLENL GGVRKKVEGE LLSGKLKGAW KAEGEPTVPV NISDLSIPPY SRLYLIFEGK NNV LLRSKV HAAPLKITSA GEMQLSERQW QQQEHIIVKP DNEAPSLILS EFRRFTISSD KTFSLKLMCH QGMVRIDRRS LSVR LFYLR EQPGIGSLRL TFRDFFTEVM DTTDREILEK ELRPILIGDT HRFINAAYKN HLNIQLGDGV LNLADIVAEY ARIQK EETS KILYQYQGAM KKKTDGPSVV EDAIMTTTVT TDSGELFPTF HPWYTDDLSG RYKSVPMARK ADTLYHLTPK GDLQII YQV ATKMVNQAMI VSLPNYRHEW EKYNLSILSE IPQNNNTVVH SILRVNGPTM QVRTIDYRGT DENNPIVSFS DTTFING EQ MLSYDSHSSG RVYSREEYMM WELQQRVSEA SSARTQDYWL MDAAVRNGEW KITPELLRHT PGYIRSTVSK WSRGWLKT G TILQTPEDRN TDVYLTTIQN NVFSRQGGGY QVYYRIDGMA GADIADNAPG ETRCTLRPGT CFEVTSVDER HYEWNIIYV TLKTCGWSRN GQSKTPNGDN LFN

UniProtKB: Lymphostatin

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分子 #2: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.25 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHepes
150.0 mMsodium chlorideNaCl
5.0 mMTECEP
1.0 mMmanganese chlorideMnCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 150 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.4 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 5 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 28915 / 平均露光時間: 9.9 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5108934
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6) / ソフトウェア - 詳細: Live session / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用した粒子像数: 298552
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9euw


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9qb8:
Lymphostatin - Conformation II - pH 8 Hepes

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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