+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5297 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural Diversity of Bacterial Flagellar Motors: A. longum | |||||||||
マップデータ | This is a sub-tomogram average of A. longum flagellar motor | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | A. longum flagellar motor | |||||||||
生物種 | Acetonema longum (バクテリア) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 84.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen S / Beeby M / Murphy GE / Leadbetter JR / Hendrixson DR / Briegel A / Li Z / Shi J / Tocheva EI / Muller A ...Chen S / Beeby M / Murphy GE / Leadbetter JR / Hendrixson DR / Briegel A / Li Z / Shi J / Tocheva EI / Muller A / Dobro MJ / Jensen GJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2011 タイトル: Structural diversity of bacterial flagellar motors. 著者: Songye Chen / Morgan Beeby / Gavin E Murphy / Jared R Leadbetter / David R Hendrixson / Ariane Briegel / Zhuo Li / Jian Shi / Elitza I Tocheva / Axel Müller / Megan J Dobro / Grant J Jensen / 要旨: The bacterial flagellum is one of nature's most amazing and well-studied nanomachines. Its cell-wall-anchored motor uses chemical energy to rotate a microns-long filament and propel the bacterium ...The bacterial flagellum is one of nature's most amazing and well-studied nanomachines. Its cell-wall-anchored motor uses chemical energy to rotate a microns-long filament and propel the bacterium towards nutrients and away from toxins. While much is known about flagellar motors from certain model organisms, their diversity across the bacterial kingdom is less well characterized, allowing the occasional misrepresentation of the motor as an invariant, ideal machine. Here, we present an electron cryotomographical survey of flagellar motor architectures throughout the Bacteria. While a conserved structural core was observed in all 11 bacteria imaged, surprisingly novel and divergent structures as well as different symmetries were observed surrounding the core. Correlating the motor structures with the presence and absence of particular motor genes in each organism suggested the locations of five proteins involved in the export apparatus including FliI, whose position below the C-ring was confirmed by imaging a deletion strain. The combination of conserved and specially-adapted structures seen here sheds light on how this complex protein nanomachine has evolved to meet the needs of different species. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5297.map.gz | 665.4 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-5297-v30.xml emd-5297.xml | 9.6 KB 9.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5297_1.png | 82.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5297 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5297 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5297_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_5297_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5297_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5297 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5297 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5297.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | This is a sub-tomogram average of A. longum flagellar motor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 19.343 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : A. longum flagellar motor
全体 | 名称: A. longum flagellar motor |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: A. longum flagellar motor
超分子 | 名称: A. longum flagellar motor / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
---|
-超分子 #1: flagellar motor
超分子 | 名称: flagellar motor / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: flagellar motor / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Acetonema longum (バクテリア) / 株: APO-1 DSM 6540 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
-試料調製
緩衝液 | 詳細: 4YACo medium |
---|---|
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: no staining |
グリッド | 詳細: EM R2/2 copper/rhodium Quantifoil grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
温度 | 平均: 82 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GATAN GIF エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2007年12月7日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k) 平均電子線量: 200 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 12.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダー: FEI Polara / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 120. Average tomographic tilt angle increment: 1. |
---|---|
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 84.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD, Bsoft 詳細: Final map is the C16-symmetrized average calculated from 35 individual sub-tomograms. |