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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52840
タイトルStructure of the Mycobacterium Tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to the activator Bz-Leu-Leu
マップデータ
試料
  • 複合体: ClpC1P1P2
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: activator Bz-Leu-Leu
    • タンパク質・ペプチド: Unknown peptide
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードprotein quality control / peptide activator / protease / ATPase / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity ...endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / : ...UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / : / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / Clp, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / AAA domain (Cdc48 subfamily) / ClpP/crotonase-like domain superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1 / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Weinhaeupl K / Semchonok D / Gragera M / Arranz R / Bueno Carrasco MT / Fraga H
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other governmentInstruct-ERIC 30641, 26164
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Mycobacterium Tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to the activator Bz-Leu-Leu
著者: Weinhaeupl K / Semchonok DA / Gragera M / Arranz R / Bueno Carrasco MT / Fraga H
履歴
登録2025年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52840.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52840.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.53 Å/pix.
x 600 pix.
= 315. Å		0.53 Å/pix.
x 600 pix.
= 315. Å		0.53 Å/pix.
x 600 pix.
= 315. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.525 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.075685635 - 0.33927834
平均 (標準偏差)0.00022770182 (±0.0076937866)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 315.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ClpC1P1P2

全体名称: ClpC1P1P2
要素
  • 複合体: ClpC1P1P2
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: activator Bz-Leu-Leu
    • タンパク質・ペプチド: Unknown peptide
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: ClpC1P1P2

超分子名称: ClpC1P1P2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1

分子名称: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 73.57568 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SLVLDQFGRN LTAAAMEGKL DPVIGREKEI ERVMQVLSRR TKNNPVLIGE PGVGKTAVVE GLAQAIVHGE VPETLKDKQL YTLDLGSLV AGSRYRGDFE ERLKKVLKEI NTRGDIILFI DELHTLVGAG AAEGAIDAAS ILKPKLARGE LQTIGATTLD E YRKYIEKD ...文字列:
SLVLDQFGRN LTAAAMEGKL DPVIGREKEI ERVMQVLSRR TKNNPVLIGE PGVGKTAVVE GLAQAIVHGE VPETLKDKQL YTLDLGSLV AGSRYRGDFE ERLKKVLKEI NTRGDIILFI DELHTLVGAG AAEGAIDAAS ILKPKLARGE LQTIGATTLD E YRKYIEKD AALERRFQPV QVGEPTVEHT IEILKGLRDR YEAHHRVSIT DAAMVAAATL ADRYINDRFL PDKAIDLIDE AG ARMRIRR MTAPPDLREF DEKIAEARRE KESAIDAQDF EKAASLRDRE KTLVAQRAER EKQWRSGDLD VVAEVDDEQI AEV LGNWTG IPVFKLTEAE TTRLLRMEEE LHKRIIGQED AVKAVSKAIR RTRAGLKDPK RPSGSFIFAG PSGVGKTELS KALA NFLFG DDDALIQIDM GEFHDRFTAS RLFGAPPGYV GYEEGGQLTE KVRRKPFSVV LFDEIEKAHQ EIYNSLLQVL EDGRL TDGQ GRTVDFKNTV LIFTSNLGTS DISKPVGLGF SKGGGENDYE RMKQKVNDEL KKHFRPEFLN RIDDIIVFHQ LTREEI IRM VDLMISRVAG QLKSKDMALV LTDAAKALLA KRGFDPVLGA RPLRRTIQRE IEDQLSEKIL FEEVGPGQVV TVDVDNW DG EGPGEDAVFT FTGTRK

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1

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分子 #2: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase Clp
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 21.914957 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ILPSFIEHSS FGVKESNPYN KLFEERIIFL GVQVDDASAN DIMAQLLVLE SLDPDRDITM YINSPGGGFT SLMAIYDTMQ YVRADIQTV CLGQAASAAA VLLAAGTPGK RMALPNARVL IHQPSLSGVI QGQFSDLEIQ AAEIERMRTL METTLARHTG K DAGVIRKD ...文字列:
ILPSFIEHSS FGVKESNPYN KLFEERIIFL GVQVDDASAN DIMAQLLVLE SLDPDRDITM YINSPGGGFT SLMAIYDTMQ YVRADIQTV CLGQAASAAA VLLAAGTPGK RMALPNARVL IHQPSLSGVI QGQFSDLEIQ AAEIERMRTL METTLARHTG K DAGVIRKD TDRDKILTAE EAKDYGIIDT VLEYRKLSAQ TA

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2

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分子 #3: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase Clp
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 19.49627 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
LSLTDSVYER LLSERIIFLG SEVNDEIANR LCAQILLLAA EDASKDISLY INSPGGSISA GMAIYDTMVL APCDIATYAM GMAASMGEF LLAAGTKGKR YALPHARILM HQPLGGVTGS AADIAIQAEQ FAVIKKEMFR LNAEFTGQPI ERIEADSDRD R WFTAAEAL EYGFVDHIIT R

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1

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分子 #4: activator Bz-Leu-Leu

分子名称: activator Bz-Leu-Leu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 348.437 Da
配列文字列:
(S0R)L

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分子 #5: Unknown peptide

分子名称: Unknown peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 2.230741 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 8 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1372648
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: Average of the two focused maps that have been used to build the composite map. For the focused maps the FSC at 0.143 CUT-OFF has been used
使用した粒子像数: 71218
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9if4:
Structure of the Mycobacterium Tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to the activator Bz-Leu-Leu

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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