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万見
- EMDB-52766: Structure of the Mycobacterium tuberculosis ClpC1P1P2 complex bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52766
タイトルStructure of the Mycobacterium tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to the activator Bz-LL - focused map ClpP1P2
マップデータ
試料
  • 複合体: ClpP1P2 bound to Bz-LL
    • タンパク質・ペプチド: ClpP1
    • タンパク質・ペプチド: ClpP2
キーワードprotein quality control / peptide activator / protease / ATPase / CHAPERONE
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Semchonok D / Weinhaeupl K / Gragera M / Arranz R / Bueno Carrasco MT / Fraga H
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other governmentInstruct-ERIC 30641, 26164
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Mycobacterium tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to the activator Bz-LL - focused map ClpP1P2
著者: Semchonok DA / Weinhaeupl K / Gragera M / Arranz R / Bueno Carrasco MT / Fraga H
履歴
登録2025年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52766.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52766.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.53 Å/pix.
x 600 pix.
= 315. Å		0.53 Å/pix.
x 600 pix.
= 315. Å		0.53 Å/pix.
x 600 pix.
= 315. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.525 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0239
最小 - 最大-0.082206585 - 0.19616503
平均 (標準偏差)-0.00024012566 (±0.0063301693)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 315.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52766_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_52766_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_52766_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_52766_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ClpP1P2 bound to Bz-LL

全体名称: ClpP1P2 bound to Bz-LL
要素
  • 複合体: ClpP1P2 bound to Bz-LL
    • タンパク質・ペプチド: ClpP1
    • タンパク質・ペプチド: ClpP2

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超分子 #1: ClpP1P2 bound to Bz-LL

超分子名称: ClpP1P2 bound to Bz-LL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: ClpP1

分子名称: ClpP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSQVTDMRSN SQGLSLTDSV YERLLSERII FLGSEVNDEI ANRLCAQILL LAAEDASKDI SLYINSPGGS ISAGMAIYDT MVLAPCDIAT YAMGMAASMG EFLLAAGTKG KRYALPHARI LMHQPLGGVT GSAADIAIQA EQFAVIKKEM FRLNAEFTGQ PIERIEADSD ...文字列:
MSQVTDMRSN SQGLSLTDSV YERLLSERII FLGSEVNDEI ANRLCAQILL LAAEDASKDI SLYINSPGGS ISAGMAIYDT MVLAPCDIAT YAMGMAASMG EFLLAAGTKG KRYALPHARI LMHQPLGGVT GSAADIAIQA EQFAVIKKEM FRLNAEFTGQ PIERIEADSD RDRWFTAAEA LEYGFVDHII TRAHVNGEAQ

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分子 #2: ClpP2

分子名称: ClpP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNSQNSQIQP QARYILPSFI EHSSFGVKES NPYNKLFEER IIFLGVQVDD ASANDIMAQL LVLESLDPDR DITMYINSPG GGFTSLMAIY DTMQYVRADI QTVCLGQAAS AAAVLLAAGT PGKRMALPNA RVLIHQPSLS GVIQGQFSDL EIQAAEIERM RTLMETTLAR ...文字列:
MNSQNSQIQP QARYILPSFI EHSSFGVKES NPYNKLFEER IIFLGVQVDD ASANDIMAQL LVLESLDPDR DITMYINSPG GGFTSLMAIY DTMQYVRADI QTVCLGQAAS AAAVLLAAGT PGKRMALPNA RVLIHQPSLS GVIQGQFSDL EIQAAEIERM RTLMETTLAR HTGKDAGVIR KDTDRDKILT AEEAKDYGII DTVLEYRKLS AQTA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 10943 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1372648
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 10 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / 使用した粒子像数: 71218
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 15000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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