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基本情報
| 登録情報 | ![]() | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Botulinum neurotoxin type B1 14-subunit Large Progenitor Toxin Complex (L-PTC) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | progenitor-toxin complex / botulinum neurotoxin / hemagglutinin / TOXIN | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | ![]() | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å | |||||||||
データ登録者 | Krc A / Persson Kosenina S / Masuyer G / Stenmark P | |||||||||
| 資金援助 | スウェーデン, デンマーク, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025タイトル: Structure of the complete 14-subunit botulinum neurotoxin B complex reveals a unique anchoring through the narrow central pore of HA70. 著者: Ajda Krč / Sara Persson Košenina / Maria B Nowakowska / Geoffrey Masuyer / Pål Stenmark / ![]() 要旨: Botulinum neurotoxin serotype B1 (BoNT/B) is a highly potent neurotoxin and therapeutic agent. Here, we present the structure of the complete 14-subunit (780 kDa) progenitor toxin complex (L-PTC) and ...Botulinum neurotoxin serotype B1 (BoNT/B) is a highly potent neurotoxin and therapeutic agent. Here, we present the structure of the complete 14-subunit (780 kDa) progenitor toxin complex (L-PTC) and of five subcomplexes. The structures show how the toxin interacts with its associated components in their role to protect and deliver BoNT/B across epithelial barriers. Each subcomplex, including the M-PTC, M-PTC-HA70, NTNH-HA70, and HA70 trimer, provides detailed understanding of the assembly mechanism, in which the NTNH-nLoop adopts a unique fold that locks the M-PTC into a central pore formed by HA70. The HA subcomplex presents a tripod architecture with flexible legs that may adapt to the rugged cell surface. Mass photometry reveals the pH dependence of BoNT/B release from the complex which is unexpectedly influenced by the presence of HA70. This study provides the complete L-PTC structure, offering insights into its assemblage and supporting the development of countermeasures and therapeutic applications. | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_52763.map.gz | 303.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-52763-v30.xml emd-52763.xml | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| 画像 | emd_52763.png | 42.7 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-52763.cif.gz | 7.4 KB | ||
| その他 | emd_52763_half_map_1.map.gz emd_52763_half_map_2.map.gz | 557.5 MB 557.5 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-52763 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-52763 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_52763_validation.pdf.gz | 870.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_52763_full_validation.pdf.gz | 870.3 KB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_52763_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_52763_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-52763 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-52763 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_52763.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2222 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_52763_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_52763_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Botulinum neurotoxin type B1 14-subunit Large Progenitor Toxin Co...
| 全体 | 名称: Botulinum neurotoxin type B1 14-subunit Large Progenitor Toxin Complex (L-PTC) |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: Botulinum neurotoxin type B1 14-subunit Large Progenitor Toxin Co...
| 超分子 | 名称: Botulinum neurotoxin type B1 14-subunit Large Progenitor Toxin Complex (L-PTC) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 210 KDa |
-分子 #1: Botulinum neurotoxin B1
| 分子 | 名称: Botulinum neurotoxin B1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: 10x His tag on C-terminus, mutations E230Q, H233Y / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MGPVTINNFN YNDPIDNNNI IMMEPPFARG TGRYYKAFKI TDRIWIIPER YTFGYKPEDF NKSSGIFNRD VCEYYDPDYL NTNDKKNIFL QTMIKLFNRI KSKPLGEKLL EMIINGIPYL GDRRVPLEEF NTNIASVTVN KLISNPGEVE RKKGIFANLI IFGPGPVLNE ...文字列: MGPVTINNFN YNDPIDNNNI IMMEPPFARG TGRYYKAFKI TDRIWIIPER YTFGYKPEDF NKSSGIFNRD VCEYYDPDYL NTNDKKNIFL QTMIKLFNRI KSKPLGEKLL EMIINGIPYL GDRRVPLEEF NTNIASVTVN KLISNPGEVE RKKGIFANLI IFGPGPVLNE NETIDIGIQN HFASREGFGG IMQMKFCPEY VSVFNNVQEN KGASIFNRRG YFSDPALILM HQLIYVLHGL YGIKVDDLPI VPNEKKFFMQ STDAIQAEEL YTFGGQDPSI ITPSTDKSIY DKVLQNFRGI VDRLNKVLVC ISDPNININI YKNKFKDKYK FVEDSEGKYS IDVESFDKLY KSLMFGFTET NIAENYKIKT RASYFSDSLP PVKIKNLLDN EIYTIEEGFN ISDKDMEKEY RGQNKAINKQ AYEEISKEHL AVYKIQMCKS VKAPGICIDV DNEDLFFIAD KNSFSDDLSK NERIEYNTQS NYIENDFPIN ELILDTDLIS KIELPSENTE SLTDFNVDVP VYEKQPAIKK IFTDENTIFQ YLYSQTFPLD IRDISLTSSF DDALLFSNKV YSFFSMDYIK TANKVVEAGL FAGWVKQIVN DFVIEANKSN TMDKIADISL IVPYIGLALN VGNETAKGNF ENAFEIAGAS ILLEFIPELL IPVVGAFLLE SYIDNKNKII KTIDNALTKR NEKWSDMYGL IVAQWLSTVN TQFYTIKEGM YKALNYQAQA LEEIIKYRYN IYSEKEKSNI NIDFNDINSK LNEGINQAID NINNFINGCS VSYLMKKMIP LAVEKLLDFD NTLKKNLLNY IDENKLYLIG SAEYEKSKVN KYLKTIMPFD LSIYTNDTIL IEMFNKYNSE ILNNIILNLR YKDNNLIDLS GYGAKVEVYD GVELNDKNQF KLTSSANSKI RVTQNQNIIF NSVFLDFSVS FWIRIPKYKN DGIQNYIHNE YTIINCMKNN SGWKISIRGN RIIWTLIDIN GKTKSVFFEY NIREDISEYI NRWFFVTITN NLNNAKIYIN GKLESNTDIK DIREVIANGE IIFKLDGDID RTQFIWMKYF SIFNTELSQS NIEERYKIQS YSEYLKDFWG NPLMYNKEYY MFNAGNKNSY IKLKKDSPVG EILTRSKYNQ NSKYINYRDL YIGEKFIIRR KSNSQSINDD IVRKEDYIYL DFFNLNQEWR VYTYKYFKKE EEKLFLAPIS DSDEFYNTIQ IKEYDEQPTY SCQLLFKKDE ESTDEIGLIG IHRFYESGIV FEEYKDYFCI SKWYLKEVKR KPYNLKLGCN WQFIPKDEGW TEHHHHHHHH HH UniProtKB: Botulinum neurotoxin type B |
-分子 #2: Non-toxic non-hemagglutinin protein B1
| 分子 | 名称: Non-toxic non-hemagglutinin protein B1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MNINDNLSIN SPVDNKNVVV VRARKTDTVF KAFKVAPNIW VAPERYYGES LSIDEEYKVD GGIYDSNFLS QDSEKDKFLQ AIITLLKRIN STNAGEKLLS LISTAIPFPY GYIGGGYYAP NMITFGSAPK SNKKLNSLIS STIPFPYAGY RETNYLSSED NKSFYASNIV ...文字列: MNINDNLSIN SPVDNKNVVV VRARKTDTVF KAFKVAPNIW VAPERYYGES LSIDEEYKVD GGIYDSNFLS QDSEKDKFLQ AIITLLKRIN STNAGEKLLS LISTAIPFPY GYIGGGYYAP NMITFGSAPK SNKKLNSLIS STIPFPYAGY RETNYLSSED NKSFYASNIV IFGPGANIVE NNTVFYKKED AENGMGTMTE IWFQPFLTYK YDEFYIDPAI ELIKCLIKSL YFLYGIKPSD DLVIPYRLRS ELENIEYSQL NIVDLLVSGG IDPKFINTDP YWFTDNYFSN AKKVFEDHRN IYETQIEGNN AIGNDIKLRL KQKFRININD IWELNLNYFS KEFSIMMPDR FNNALKHFYR KQYYKIDYPE NYSINGFVNG QINVQLSLSD RNQDIINKPE EIINLLNGNN VSLMRSNIYG DGLKSTVDDF YSNYKIPYNR AYEYHFNNSN DSSLDNVNIG VIDNIPEIID VNPYKENCDK FSPVQKITST REINTNIPWP INYLQAQNTN NEKFSLSSDF VEVVSSKDKS LVYSFLSNVM FYLDSIKDNS PIDTDKKYYL WLREIFRNYS FDITATQEIN TDCGINKVVT WFGKALNILN TSDSFVEEFQ NLGPISLINK KENLSMPIIE IYGIPNDMLG LPLNDLNEKL FNIYLKNILY FKKVYFNFLD QWWTEYYSQY FDLICMAKQS ILAQEKLIKQ IIQNKLQDLF KADISMDKLN LMNLATEKTF IDLSNESQIA INNINDFLNK SAICVFDTNI YPKFISFMEQ CINSVNSNVT AFIQKCTNIT EDEKLQLIKL NTFMNIDFEF FDIQSIKDLI TSETDLIKEE KESDYNLFLF TLQEDNNKVI EDISGKNTLV KYSDSISLVY GVNGDALYLK EPDESVSFSN KAFENGLTNS FSICFWLRNL GEDIITSKLI ENKADNCGWE IYFENNGLVF SIVDCNGNEE NIYLSDVISK NWYYISISID RLRNQLLIFI NDKLIANQSI EQILNIYSSN TISLVNENNP IYIEGLSILN RSITSEEVVN NYFSYLNNSY IRDISGERLE YNKTYELYNY VFPENSLYEV TENNNIYLSI KDTNNLNIQG AKFKLINIDA NKQYVQKWDE GVVCLLGDEE KYVDISSENN RIQLVNSKDT AKRIIFNNDI FMPNCLTFAY NNKYLSLSLR DRNYNWMICN NNDNIPKAAH LWALKGI UniProtKB: Botulinum neurotoxin type B1, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH |
-分子 #3: Hemagglutinin component HA70
| 分子 | 名称: Hemagglutinin component HA70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MNSSIKKIYN HIQEKVINYS DTIDLADGNY VVSRGDGWIL SRQNQILGGS VISNGSTGIV GDLRVNDNAI PYYYPTPSFN EEYIKNNIQT VFANFTEANQ IPIGFEFSKT APSNKNLYMY LQYTYIRYEI IKVLQHEIIE RAVLYVPSLG YVKSIEFNPG EKINKDFYFL ...文字列: MNSSIKKIYN HIQEKVINYS DTIDLADGNY VVSRGDGWIL SRQNQILGGS VISNGSTGIV GDLRVNDNAI PYYYPTPSFN EEYIKNNIQT VFANFTEANQ IPIGFEFSKT APSNKNLYMY LQYTYIRYEI IKVLQHEIIE RAVLYVPSLG YVKSIEFNPG EKINKDFYFL TNDKCILNEQ FLYKKILETT KNIPTNNIFN SKVSSTQRVL PYSNGLYVIN KGDGYIRTND KDLIGTLLIE AGSSGSIIQP RLRNTTRPLF TTSNDAKFSQ QYTEERLKDA FNVQLFNTST SLFKFVEEAP SNKNICIKAY NTYEKYELID YQNGSIVNKA EYYLPSLGYC EVTNAPSPES EVVKTQVAED GFIQNGPEEE IVVGVIDPSE NIQEINTAIS DNYTYNIPGI VNNNPFYILF TVNTTGIYKI NAQNNLPSLK IYEAIGSGNR NFQSGNLCDD DIKAINYITG FDSPNAKSYL VVLLNKDKNY YIRVPQTSSN IENQIKFKRE EGDLRNLMNS SVNIIDNLNS TGAHYYTRQS PDVHDYISYE FTIPGNFNNK DTSNIRLYTS YNQGIGTLFR VTETIDGYNL INIQQNLNLL NSTKSIRLLN GAIYILKVEV TELNNYNIKL HIDITN UniProtKB: Hemagglutinin component HA70 |
-分子 #4: Hemagglutinin component HA17
| 分子 | 名称: Hemagglutinin component HA17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MSAERTFLPN GNYNIKSIFS GSLYLSPVSG SLTFSNESSA NNQKWNVEYM AENRCFKISN VAEPNKYLSY DNFGFISLDS LSNRCYWFPI KIAVNTYIML SLNKVNELDY AWDIYDTNEN ILSQPLLLLP NFDIYNSNQM FKLEKI UniProtKB: Hemagglutinin component HA17 |
-分子 #5: Hemagglutinin component HA33
| 分子 | 名称: Hemagglutinin component HA33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MEHYSTIQNS LNDKIVTISC KANTDLFFYQ VPGNGNVSLF QQTRNYLERW RIIYDSNKAA YKIKSMNIYN TNLVLTWNAP THNISAQQDS NADNQYWLLL KDIGNNSFII ASYKNPNLVL YADTVARNLK LSTLNNSSYI KFIIEDYVIS DFKNFTCRIS PILAGGKVVQ ...文字列: MEHYSTIQNS LNDKIVTISC KANTDLFFYQ VPGNGNVSLF QQTRNYLERW RIIYDSNKAA YKIKSMNIYN TNLVLTWNAP THNISAQQDS NADNQYWLLL KDIGNNSFII ASYKNPNLVL YADTVARNLK LSTLNNSSYI KFIIEDYVIS DFKNFTCRIS PILAGGKVVQ QVSMTNLAVN LYIWNNDLNQ KWTIIYNEEK AAYQFFNKIL SNGVLTWIFS DGNTVRVSSS AQNNDAQYWL INPVSDNYDR YTITNLRDKT KVLDLYGGQT ADGTTIQVFN SNGGDNQIWT MSNP UniProtKB: Hemagglutinin component HA33 |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
| 緩衝液 | pH: 5.5 |
|---|---|
| グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. |
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | TFS KRIOS |
|---|---|
| 特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 105000 |
| 試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
| 初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
|---|
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万見について




キーワード
データ登録者
スウェーデン,
デンマーク, 2件
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FIELD EMISSION GUN
