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万見
- EMDB-5276: 4.4 Angstrom Cryo-EM Structure of an Enveloped Alphavirus Venezue... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5276
タイトル4.4 Angstrom Cryo-EM Structure of an Enveloped Alphavirus Venezuelan Equine Encephalitis Virus
マップデータThis is a non-icosahedrally averaged map of Venezuelan Equine Encephalitis Virus from the 4 unique sets of E1-E2-E3-CP molecules within one asymmetric unit of the original 3D density map.
試料
  • 試料: Venezuelan Equine Encephalitis Virus TC-83 Strain
  • ウイルス: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
キーワードalphavirus / bioweapon / cryoEM / modeling / VEEV
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Zhang R / Hryc CF / Cong Y / Liu X / Jakana J / Gorchakov R / Baker ML / Weaver SC / Chiu W
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2011
タイトル: 4.4 Å cryo-EM structure of an enveloped alphavirus Venezuelan equine encephalitis virus.
著者: Rui Zhang / Corey F Hryc / Yao Cong / Xiangan Liu / Joanita Jakana / Rodion Gorchakov / Matthew L Baker / Scott C Weaver / Wah Chiu /
要旨: Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV), a member of the membrane-containing Alphavirus genus, is a human and equine pathogen, and has been developed as a biological weapon. Using electron cryo- ...Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV), a member of the membrane-containing Alphavirus genus, is a human and equine pathogen, and has been developed as a biological weapon. Using electron cryo-microscopy (cryo-EM), we determined the structure of an attenuated vaccine strain, TC-83, of VEEV to 4.4 Å resolution. Our density map clearly resolves regions (including E1, E2 transmembrane helices and cytoplasmic tails) that were missing in the crystal structures of domains of alphavirus subunits. These new features are implicated in the fusion, assembly and budding processes of alphaviruses. Furthermore, our map reveals the unexpected E3 protein, which is cleaved and generally thought to be absent in the mature VEEV. Our structural results suggest a mechanism for the initial stage of nucleocapsid core formation, and shed light on the virulence attenuation, host recognition and neutralizing activities of VEEV and other alphavirus pathogens.
履歴
登録2011年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年4月19日-
マップ公開2011年8月16日-
更新2012年9月19日-
現状2012年9月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j0c
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j0c
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5276_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5276.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a non-icosahedrally averaged map of Venezuelan Equine Encephalitis Virus from the 4 unique sets of E1-E2-E3-CP molecules within one asymmetric unit of the original 3D density map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 192 pix.
= 205.44 Å		1.07 Å/pix.
x 192 pix.
= 205.44 Å		1.07 Å/pix.
x 192 pix.
= 205.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 6
最小 - 最大-13.587567330000001 - 32.44748688
平均 (標準偏差)-0.00455169 (±0.93261677)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin32-47-297
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 205.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z205.440205.440205.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-4732-297
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-13.58832.447-0.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Venezuelan Equine Encephalitis Virus TC-83 Strain

全体名称: Venezuelan Equine Encephalitis Virus TC-83 Strain
要素
  • 試料: Venezuelan Equine Encephalitis Virus TC-83 Strain
  • ウイルス: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)

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超分子 #1000: Venezuelan Equine Encephalitis Virus TC-83 Strain

超分子名称: Venezuelan Equine Encephalitis Virus TC-83 Strain / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The viruses were purified from infected Baby hamster kidney (BHK) cells
集合状態: E1-E2-E3-CP complex / Number unique components: 4
分子量理論値: 52 MDa

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超分子 #1: Venezuelan equine encephalitis virus

超分子名称: Venezuelan equine encephalitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: VEEV / NCBI-ID: 11036 / 生物種: Venezuelan equine encephalitis virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: VEEV
宿主生物種: Equus caballus (ウマ) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 52 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッド詳細: 400 mesh Quantifoil R 1.2/1.3 copper grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: 2 blots, each blot 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
温度平均: 96 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega Filter
日付2008年4月9日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
実像数: 4000 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / カメラ長: 200 / 詳細: 4kx4k CCD Image
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER

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画像解析

詳細The virus particles were automatically boxed out using ethan, among which around 10,000 particles contained continuous carbon film.
CTF補正詳細: Each frame
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: This is a non-icosahedrally averaged map of Venezuelan Equine Encephalitis Virus from the 4 unique sets of E1-E2-E3-CP molecules within one asymmetric unit of the original 3D density map
使用した粒子像数: 37000
最終 2次元分類クラス数: 1000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3n40

詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3j0c:
Models of E1, E2 and CP of Venezuelan Equine Encephalitis Virus TC-83 strain restrained by a near atomic resolution cryo-EM map

PDB-3j0g:
Homology model of E3 protein of Venezuelan Equine Encephalitis Virus TC-83 strain fitted with a cryo-EM map

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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