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- EMDB-52739: L-PTC from Clostridium botulinum serotype B1, focused map of HA17... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52739
タイトルL-PTC from Clostridium botulinum serotype B1, focused map of HA17-HA33 subcomplex (leg 1)
マップデータ
試料
  • 複合体: HA17-HA33 subcomplex from Clostridium botulinum serotype B1
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin component HA17
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin component HA33
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin component HA33
キーワードprogenitor-toxin complex / botulinum neurotoxin / hemagglutinin / TOXIN
機能・相同性Hemagglutinin component HA-17 / Clostridium botulinum HA-17 domain / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Hemagglutinin component HA33 / Hemagglutinin component HA17
機能・相同性情報
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Krc A / Persson Kosenina S / Masuyer G / Stenmark P
資金援助 スウェーデン, デンマーク, 2件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2022-03681 スウェーデン
Novo Nordisk FoundationNNF20OC0064789 デンマーク
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structure of the complete 14-subunit botulinum neurotoxin B complex reveals a unique anchoring through the narrow central pore of HA70.
著者: Ajda Krč / Sara Persson Košenina / Maria B Nowakowska / Geoffrey Masuyer / Pål Stenmark /
要旨: Botulinum neurotoxin serotype B1 (BoNT/B) is a highly potent neurotoxin and therapeutic agent. Here, we present the structure of the complete 14-subunit (780 kDa) progenitor toxin complex (L-PTC) and ...Botulinum neurotoxin serotype B1 (BoNT/B) is a highly potent neurotoxin and therapeutic agent. Here, we present the structure of the complete 14-subunit (780 kDa) progenitor toxin complex (L-PTC) and of five subcomplexes. The structures show how the toxin interacts with its associated components in their role to protect and deliver BoNT/B across epithelial barriers. Each subcomplex, including the M-PTC, M-PTC-HA70, NTNH-HA70, and HA70 trimer, provides detailed understanding of the assembly mechanism, in which the NTNH-nLoop adopts a unique fold that locks the M-PTC into a central pore formed by HA70. The HA subcomplex presents a tripod architecture with flexible legs that may adapt to the rugged cell surface. Mass photometry reveals the pH dependence of BoNT/B release from the complex which is unexpectedly influenced by the presence of HA70. This study provides the complete L-PTC structure, offering insights into its assemblage and supporting the development of countermeasures and therapeutic applications.
履歴
登録2025年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52739.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52739.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.22 Å/pix.
x 540 pix.
= 658.8 Å		1.22 Å/pix.
x 540 pix.
= 658.8 Å		1.22 Å/pix.
x 540 pix.
= 658.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.22 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.6361422 - 1.0383811
平均 (標準偏差)-0.0009360279 (±0.008381624)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 658.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52739_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52739_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HA17-HA33 subcomplex from Clostridium botulinum serotype B1

全体名称: HA17-HA33 subcomplex from Clostridium botulinum serotype B1
要素
  • 複合体: HA17-HA33 subcomplex from Clostridium botulinum serotype B1
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin component HA17
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin component HA33
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin component HA33

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超分子 #1: HA17-HA33 subcomplex from Clostridium botulinum serotype B1

超分子名称: HA17-HA33 subcomplex from Clostridium botulinum serotype B1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 210 KDa

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分子 #1: Hemagglutinin component HA17

分子名称: Hemagglutinin component HA17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSAERTFLPN GNYNIKSIFS GSLYLSPVSG SLTFSNESSA NNQKWNVEYM AENRCFKISN VAEPNKYLSY DNFGFISLDS LSNRCYWFPI KIAVNTYIML SLNKVNELDY AWDIYDTNEN ILSQPLLLLP NFDIYNSNQM FKLEKI

UniProtKB: Hemagglutinin component HA17

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分子 #2: Hemagglutinin component HA33

分子名称: Hemagglutinin component HA33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEHYSTIQNS LNDKIVTISC KANTDLFFYQ VPGNGNVSLF QQTRNYLERW RIIYDSNKAA YKIKSMNIYN TNLVLTWNAP THNISAQQDS NADNQYWLLL KDIGNNSFII ASYKNPNLVL YADTVARNLK LSTLNNSSYI KFIIEDYVIS DFKNFTCRIS PILAGGKVVQ ...文字列:
MEHYSTIQNS LNDKIVTISC KANTDLFFYQ VPGNGNVSLF QQTRNYLERW RIIYDSNKAA YKIKSMNIYN TNLVLTWNAP THNISAQQDS NADNQYWLLL KDIGNNSFII ASYKNPNLVL YADTVARNLK LSTLNNSSYI KFIIEDYVIS DFKNFTCRIS PILAGGKVVQ QVSMTNLAVN LYIWNNDLNQ KWTIIYNEEK AAYQFFNKIL SNGVLTWIFS DGNTVRVSSS AQNNDAQYWL INPVSDNYDR YTITNLRDKT KVLDLYGGQT ADGTTIQVFN SNGGDNQIWT MSNP

UniProtKB: Hemagglutinin component HA33

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分子 #3: Hemagglutinin component HA33

分子名称: Hemagglutinin component HA33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEHYSTIQNS LNDKIVTISC KANTDLFFYQ VPGNGNVSLF QQTRNYLERW RIIYDSNKAA YKIKSMNIYN TNLVLTWNAP THNISAQQDS NADNQYWLLL KDIGNNSFII ASYKNPNLVL YADTVARNLK LSTLNNSSYI KFIIEDYVIS DFKNFTCRIS PILAGGKVVQ ...文字列:
MEHYSTIQNS LNDKIVTISC KANTDLFFYQ VPGNGNVSLF QQTRNYLERW RIIYDSNKAA YKIKSMNIYN TNLVLTWNAP THNISAQQDS NADNQYWLLL KDIGNNSFII ASYKNPNLVL YADTVARNLK LSTLNNSSYI KFIIEDYVIS DFKNFTCRIS PILAGGKVVQ QVSMTNLAVN LYIWNNDLNQ KWTIIYNEEK AAYQFFNKIL SNGVLTWIFS DGNTVRVSSS AQNNDAQYWL INPVSDNYDR YTITNLRDKT KVLDLYGGQT ADGTTIQVFN SNGGDNQIWT MSNP

UniProtKB: Hemagglutinin component HA33

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: Graphene oxide coating (0.2 mg/ml)
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 139594
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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