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万見
- EMDB-52727: AB Spike of RHDV mutant N15 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52727
タイトルAB Spike of RHDV mutant N15
マップデータLocalized reconstruction map of the AB spike from RHDV N15 mutant - Sharpened map with LocalDeblur.
試料
  • 複合体: Spike AB formed by domains P of two units of the capsid protein (A and B)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP60
キーワードCalicivirus / Localized reconstruction / CryoEM / Virus Like Particle / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / host cell endoplasmic reticulum / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity ...calicivirin / host cell endoplasmic reticulum / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Viral genome-linked protein / Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Caliciviridae (CV) 3C-like protein profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. ...: / Viral genome-linked protein / Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Caliciviridae (CV) 3C-like protein profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Novoa G / Martinez-Romero JM / Perez-Mata C / Barcena J / Caston JR
資金援助 スペイン, 2件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2023-146132NB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2022-140925OB-I00 スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: AB Spike of RHDV mutant N15
著者: Novoa G / Martinez-Romero JM / Perez-Mata C / Barcena J / Caston JR
履歴
登録2025年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52727.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52727.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Localized reconstruction map of the AB spike from RHDV N15 mutant - Sharpened map with LocalDeblur.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 77 pix.
= 83.54 Å		1.08 Å/pix.
x 70 pix.
= 75.946 Å		1.08 Å/pix.
x 69 pix.
= 74.861 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08494 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.014
最小 - 最大-0.031904828 - 0.6290851
平均 (標準偏差)0.005190612 (±0.02943401)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-34-37-40
サイズ706977
Spacing697077
セルA: 74.860794 Å / B: 75.94573 Å / C: 83.540306 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52727_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52727_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Spike AB formed by domains P of two units of the capsid protein (...

全体名称: Spike AB formed by domains P of two units of the capsid protein (A and B)
要素
  • 複合体: Spike AB formed by domains P of two units of the capsid protein (A and B)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP60

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超分子 #1: Spike AB formed by domains P of two units of the capsid protein (...

超分子名称: Spike AB formed by domains P of two units of the capsid protein (A and B)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)

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分子 #1: Capsid protein VP60

分子名称: Capsid protein VP60 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)
分子量理論値: 35.133914 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: KTVDSISPAG LLTTPVLTGV GNDNRWNGQI VGLQPVPGGF STCNRHWNLN GSTYGWSSPR FADIDHRRGS ASYPGNNATN VLQFWYANA GSAIDNPISQ VAPDGFPDMS FVPFNGPGIP AAGWVGFGAI WNSNSGAPNV TTVQAYELGF ATGAPGNLQP T TNTSGSQT ...文字列:
KTVDSISPAG LLTTPVLTGV GNDNRWNGQI VGLQPVPGGF STCNRHWNLN GSTYGWSSPR FADIDHRRGS ASYPGNNATN VLQFWYANA GSAIDNPISQ VAPDGFPDMS FVPFNGPGIP AAGWVGFGAI WNSNSGAPNV TTVQAYELGF ATGAPGNLQP T TNTSGSQT VAKSIYAVVT GTAQNPAGLF VMASGVISTP SANAITYTPQ PDRIVTTPGT PAAAPVGKNT PIMFASVVRR TG DVNATAG SANGTQYGTG SQPLPVTIGL SLNNYSSALM PGQFFVWQLT FASGFMEIGL SVDGYFYAGT GASTTLIDLT ELI DVRPVG PRPSKSTLVF NLGG

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 169000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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