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万見
- EMDB-52625: Dopamine 1 receptor:GaS complex bound to 24 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52625
タイトルDopamine 1 receptor:GaS complex bound to 24
マップデータ
試料
  • 複合体: D1R complex with Gas and 24
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2 adrenergic receptor,D(1A) dopamine receptor
  • リガンド: 6-(3-fluoranyl-5-furo[3,2-c]pyridin-4-yloxy-pyridin-2-yl)-1,5-dimethyl-pyrimidine-2,4-dione
  • リガンド: water
キーワードD1R / GS / AGONIST / PARKINSON / NEUROSCIENCE / D1R GS / HORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / dopamine neurotransmitter receptor activity / operant conditioning / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / Dopamine receptors / dopamine binding / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / peristalsis / heterotrimeric G-protein binding ...dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / dopamine neurotransmitter receptor activity / operant conditioning / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / Dopamine receptors / dopamine binding / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / peristalsis / heterotrimeric G-protein binding / modification of postsynaptic structure / G protein-coupled receptor complex / positive regulation of neuron migration / grooming behavior / habituation / regulation of dopamine metabolic process / sensitization / dopamine transport / astrocyte development / dentate gyrus development / striatum development / conditioned taste aversion / positive regulation of potassium ion transport / maternal behavior / arrestin family protein binding / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / non-motile cilium / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / norepinephrine binding / long-term synaptic depression / Adrenoceptors / mating behavior / adult walking behavior / positive regulation of lipophagy / negative regulation of multicellular organism growth / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / ciliary membrane / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / temperature homeostasis / endosome to lysosome transport / response to psychosocial stress / adrenergic receptor signaling pathway / diet induced thermogenesis / D-glucose import / dopamine metabolic process / transmission of nerve impulse / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / PKA activation in glucagon signalling / developmental growth / G-protein alpha-subunit binding / hair follicle placode formation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / bone resorption / D1 dopamine receptor binding / potassium channel regulator activity / positive regulation of bone mineralization / intracellular transport / neuronal dense core vesicle / prepulse inhibition / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / brown fat cell differentiation / behavioral fear response / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / neuronal action potential / renal water homeostasis / activation of adenylate cyclase activity / Hedgehog 'off' state / intercellular bridge / synapse assembly / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / regulation of sodium ion transport / behavioral response to cocaine / cellular response to glucagon stimulus / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of insulin secretion / receptor-mediated endocytosis / response to cold / response to amphetamine / adenylate cyclase activator activity / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / trans-Golgi network membrane / synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / bone development / G protein-coupled receptor activity / visual learning / GABA-ergic synapse / platelet aggregation / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / memory / cognition / vasodilation
類似検索 - 分子機能
Dopamine D1 receptor / Dopamine receptor family / Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / G-protein alpha subunit, group S / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. ...Dopamine D1 receptor / Dopamine receptor family / Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / G-protein alpha subunit, group S / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2 adrenergic receptor / D(1A) dopamine receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Clairfeuille T / Rodriguez Sarmiento RM
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: J Med Chem / 年: 2025
タイトル: Orally Bioavailable Dopamine D1/D5 Receptor-Biased Agonists to Study the Role of β-Arrestin in Treatment-Related Dyskinesia in Parkinson's Disease.
著者: Rosa María Rodríguez Sarmiento / Stefan Berchtold / Nenad Manevski / Lothar Lindemann / Fabian Dey / Thomas Clairfeuille / Davide Amendola / Nicolas Vautrelle / Venceslas Duveau / Eoin C O Connor /
要旨: Dopamine replacement therapies for Parkinson's disease often produce dyskinesias with long-term use. Published studies suggest that introducing β-arrestin signaling might be protective for ...Dopamine replacement therapies for Parkinson's disease often produce dyskinesias with long-term use. Published studies suggest that introducing β-arrestin signaling might be protective for dyskinesia. We advanced known noncatecholamine D1/D5 receptor G protein-biased agonists and found that removal of oxygen in the linker from published compounds limited β-arrestin recruitment, whereas introduction of nitrogen on the central -phenyl linker favored β-arrestin recruitment and provided orally bioavailable compounds. Cryogenic electron microscopy suggested key receptor-ligand interactions influencing the different bias behaviors. We discovered compound , a D1/D5 receptor agonist with β-arrestin recruitment and properties for use . We compared with tavapadon, which shows weak efficacy for β-arrestin signaling, in a rat model of Parkinson's disease with L-DOPA-induced dyskinesias. At particular doses, compound produced efficacy comparable to L-DOPA, but with fewer concomitant dyskinesias. This first study suggests that β-arrestin may have a positive influence on reducing dyskinesias following acute administration.
履歴
登録2025年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52625.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52625.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 288 pix.
= 268.992 Å		0.93 Å/pix.
x 288 pix.
= 268.992 Å		0.93 Å/pix.
x 288 pix.
= 268.992 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.934 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.8917366 - 1.456908
平均 (標準偏差)-0.00013875305 (±0.020705044)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 268.992 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52625_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_52625_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52625_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52625_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : D1R complex with Gas and 24

全体名称: D1R complex with Gas and 24
要素
  • 複合体: D1R complex with Gas and 24
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2 adrenergic receptor,D(1A) dopamine receptor
  • リガンド: 6-(3-fluoranyl-5-furo[3,2-c]pyridin-4-yloxy-pyridin-2-yl)-1,5-dimethyl-pyrimidine-2,4-dione
  • リガンド: water

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超分子 #1: D1R complex with Gas and 24

超分子名称: D1R complex with Gas and 24 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.755547 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKSTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE ...文字列:
MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKSTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE YQLIDCAQYF LDKIDVIKQA DYVPSDQDLL RCRVLTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGAQR DERRKWIQCF ND VTAIIFV VASSSYNMVI REDNQTNRLQ EALNLFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK IEDYFPEFAR YTT PEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCS VDTENIRRVF NDCRDIIQRM HLRQYELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.636199 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGHHHHHHHH SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLI IWDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR F LDDNQIVT ...文字列:
MGHHHHHHHH SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLI IWDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR F LDDNQIVT SSGDTTCALW DIETGQQTTT FTGHTGDVMS LSLAPDTRLF VSGACDASAK LWDVREGMCR QTFTGHESDI NA ICFFPNG NAFATGSDDA TCRLFDLRAD QELMTYSHDN IICGITSVSF SKSGRLLLAG YDDFNCNVWD ALKADRAGVL AGH DNRVSC LGVTDDGMAV ATGSWDSFLK IWNG

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Beta-2 adrenergic receptor,D(1A) dopamine receptor

分子名称: Beta-2 adrenergic receptor,D(1A) dopamine receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.074711 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDSKGSSQKG SRLLLLLVVS NLLLCQGVVS DYKDDDDKDM GQPGNGSAFL LAPNGSHAPD HDVTQERDEG GSENLYFQGG GSMRTLNTS AMDGTGLVVE RDFSVRILTA CFLSLLILST LLGNTLVCAA VIRFRHLRSK VTNFFVISLA VSDLLVAVLV M PWKAVAEI ...文字列:
MDSKGSSQKG SRLLLLLVVS NLLLCQGVVS DYKDDDDKDM GQPGNGSAFL LAPNGSHAPD HDVTQERDEG GSENLYFQGG GSMRTLNTS AMDGTGLVVE RDFSVRILTA CFLSLLILST LLGNTLVCAA VIRFRHLRSK VTNFFVISLA VSDLLVAVLV M PWKAVAEI AGFWPFGSFC NIWVAFDIMC STASILNLCV ISVDRYWAIS SPFRYERKMT PKAAFILISV AWTLSVLISF IP VQLSWHK AKPTSPSDGN ATSLAETIDN CDSSLSRTYA ISSSVISFYI PVAIMIVTYT RIYRIAQKQI RRIAALERAA VHA KNCQTT TGNGKPVECS QPESSFKMSF KRETKVLKTL SVIMGVFVCC WLPFFILNCI LPFCGSGETQ PFCIDSNTFD VFVW FGWAN SSLNPIIYAF NADFRKAFST LLGCYRLCPA TNNAIETVSI NNNGAAMFSS HHEPRGSISK ECNLVYLIPH AVGSS EDLK KEEAAGIARP LEKLSPALSV ILDYDTDVSL EKIQPITQNG QHPTHHHHHH HH

UniProtKB: Beta-2 adrenergic receptor, D(1A) dopamine receptor

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分子 #5: 6-(3-fluoranyl-5-furo[3,2-c]pyridin-4-yloxy-pyridin-2-yl)-1,5-dim...

分子名称: 6-(3-fluoranyl-5-furo[3,2-c]pyridin-4-yloxy-pyridin-2-yl)-1,5-dimethyl-pyrimidine-2,4-dione
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1IZV
分子量理論値: 368.319 Da

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 685808
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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