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万見
- EMDB-52589: Cryo-tomogram of FIB-milled wild-type untreated yeast cell -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52589
タイトルCryo-tomogram of FIB-milled wild-type untreated yeast cell
マップデータ
試料
  • 細胞: Plunge-frozen, cryoFIB-milled WT yeast cell
キーワードYeast / cytoplasm / ribosome
生物種S.cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Bonassera M / Peter M
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030-200426 スイス
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: Stm1 regulates Ifh1 activity revealing crosstalk between ribosome biogenesis and ribosome dormancy.
著者: Eliana Bianco / Martina Bonassera / Federico Uliana / Janny Tilma / Martin Winkler / Sevil Zencir / Alvar Gossert / Michaela Oborská-Oplová / Reinhard Dechant / Jannik Hugener / Vikram ...著者: Eliana Bianco / Martina Bonassera / Federico Uliana / Janny Tilma / Martin Winkler / Sevil Zencir / Alvar Gossert / Michaela Oborská-Oplová / Reinhard Dechant / Jannik Hugener / Vikram Govind Panse / Martin Pilhofer / Benjamin Albert / Philipp Kimmig / Matthias Peter /
要旨: Nutrient abundance boosts ribosome biogenesis, whereas ribosome dormancy factors limit ribosome degradation upon starvation. The equilibrium between the two pathways governs cell growth. In this ...Nutrient abundance boosts ribosome biogenesis, whereas ribosome dormancy factors limit ribosome degradation upon starvation. The equilibrium between the two pathways governs cell growth. In this study, we identified suppressor of Tom1 (Stm1) as a molecular link between ribosome protection and biogenesis in Saccharomyces cerevisiae. While Stm1 was previously described as a dormancy factor, we show that it activates Ifh1, a transcriptional activator of ribosomal protein genes. Stm1 transiently localizes to the nucleolus, where it interacts with pre-ribosomes and directly binds RNA and Ifh1 through its C-terminal intrinsically disordered region (IDR). Although the IDR is dispensable for ribosome protection, its loss compromises cell growth. The IDR is phosphorylated upon nutrient starvation, which disrupts its interaction with Ifh1. Our findings reveal a molecular pathway sensing and adjusting ribosome abundance in response to nutrient availability, reinforcing the relevance of regulated ribosome homeostasis in physiology and disease.
履歴
登録2025年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52589.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.68 Å/pix.
x 400 pix.
= 1072. Å		2.68 Å/pix.
x 1440 pix.
= 3859.2 Å		2.68 Å/pix.
x 1024 pix.
= 2744.32 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-155.218610000000012 - 154.102429999999998
平均 (標準偏差)2.0331283 (±24.127393999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-833831-799
サイズ14401024400
Spacing10241440400
セルA: 2744.32 Å / B: 3859.2002 Å / C: 1072.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Plunge-frozen, cryoFIB-milled WT yeast cell

全体名称: Plunge-frozen, cryoFIB-milled WT yeast cell
要素
  • 細胞: Plunge-frozen, cryoFIB-milled WT yeast cell

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超分子 #1: Plunge-frozen, cryoFIB-milled WT yeast cell

超分子名称: Plunge-frozen, cryoFIB-milled WT yeast cell / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: S.cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 1500 / 集束イオンビーム - 温度: 123 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Zeiss Crossbeam 550. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 145.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 41
CTF補正タイプ: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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