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- EMDB-52448: RSV-F postfusion trimer with two 131-2a Fabs bound -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52448
タイトルRSV-F postfusion trimer with two 131-2a Fabs bound
マップデータRSV-F postfusion trimer with two 131-2a Fabs bound
試料
  • 複合体: RSV-F in postfusion conformation in complex with 131-2a Fab
    • 複合体: 131-2a Fab
    • 複合体: RSV-F
キーワードantigenic site I / VIRAL PROTEIN
生物種human respiratory syncytial virus (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Snijder J
資金援助 オランダ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2025
タイトル: Structural Basis for Postfusion-Specific Binding to the Respiratory Syncytial Virus F Protein by the Canonical Antigenic Site I Antibody 131-2a.
著者: Weiwei Peng / Marta Šiborová / Xuesheng Wu / Wenjuan Du / Douwe Schulte / Matti F Pronker / Cornelis A M de Haan / Joost Snijder /
要旨: The respiratory syncytial virus (RSV) fusion (F) protein is a major target of antiviral antibodies following natural infection or vaccination and is responsible for mediating fusion between the viral ...The respiratory syncytial virus (RSV) fusion (F) protein is a major target of antiviral antibodies following natural infection or vaccination and is responsible for mediating fusion between the viral envelope and the host membrane. The fusion process is driven by a large-scale conformational change in F, switching irreversibly from the metastable prefusion state to the stable postfusion conformation. Previous research has identified six distinct antigenic sites in RSV-F, termed sites Ø, I, II, III, IV, and V. Of these, only antigenic site I is fully specific to the postfusion conformation of F. A monoclonal antibody 131-2a that specifically targets postfusion F has been widely used as a research tool to probe for postfusion F and to define antigenic site I in serological studies, yet its sequence and precise epitope have remained unknown. Here, we use mass spectrometry-based sequencing of 131-2a to reverse engineer a recombinant product and study the epitope to define antigenic site I with molecular detail, revealing the structural basis for the antibody's specificity toward postfusion RSV-F.
履歴
登録2025年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52448.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RSV-F postfusion trimer with two 131-2a Fabs bound
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 240 pix.
= 300. Å		1.25 Å/pix.
x 240 pix.
= 300. Å		1.25 Å/pix.
x 240 pix.
= 300. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.24
最小 - 最大-1.289174 - 2.0538208
平均 (標準偏差)0.0006447447 (±0.040928762)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 300.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52448_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52448_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52448_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RSV-F in postfusion conformation in complex with 131-2a Fab

全体名称: RSV-F in postfusion conformation in complex with 131-2a Fab
要素
  • 複合体: RSV-F in postfusion conformation in complex with 131-2a Fab
    • 複合体: 131-2a Fab
    • 複合体: RSV-F

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超分子 #1: RSV-F in postfusion conformation in complex with 131-2a Fab

超分子名称: RSV-F in postfusion conformation in complex with 131-2a Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: human respiratory syncytial virus (ウイルス)
分子量理論値: 213 kDa/nm

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超分子 #2: 131-2a Fab

超分子名称: 131-2a Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: RSV-F

超分子名称: RSV-F / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: human respiratory syncytial virus (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 97000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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