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- EMDB-52438: In-cell Structure of Pyrenoid Rubisco -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52438
タイトルIn-cell Structure of Pyrenoid Rubisco
マップデータSTA Pyrenoid Rubisco in a closed conformation
試料
  • 複合体: Pyrenoid Rubisco
    • タンパク質・ペプチド: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
    • タンパク質・ペプチド: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1
キーワードchloroplast / pyrenoid / cryo-ET / cryo-FIB / subtomogram averaging / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1 / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Nadav E / Zhen H / Maud D / Alireza R / Juan R P / Peijun P
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S003339/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: In-cell Structure and Variability of Pyrenoid Rubisco
著者: Nadav E / Zhen H / Maud D / Alireza R / Juan R P / Peijun P
履歴
登録2024年12月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52438.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈STA Pyrenoid Rubisco in a closed conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.97 Å/pix.
x 256 pix.
= 504.32 Å		1.97 Å/pix.
x 256 pix.
= 504.32 Å		1.97 Å/pix.
x 256 pix.
= 504.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-14.231144 - 29.887
平均 (標準偏差)-0.000000000034731 (±0.9264237)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 504.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52438_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: STA Pyrenoid Rubisco class 12, asymmetric

ファイルemd_52438_additional_1.map
注釈STA Pyrenoid Rubisco class 12, asymmetric
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: STA Pyrenoid Rubisco class 13

ファイルemd_52438_additional_2.map
注釈STA Pyrenoid Rubisco class 13
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: STA Pyrenoid Rubisco class 10

ファイルemd_52438_additional_3.map
注釈STA Pyrenoid Rubisco class 10
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: STA Pyrenoid Rubisco class 7

ファイルemd_52438_additional_4.map
注釈STA Pyrenoid Rubisco class 7
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: STA Pyrenoid Rubisco in a closed conformation, half2 map

ファイルemd_52438_half_map_1.map
注釈STA Pyrenoid Rubisco in a closed conformation, half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: STA Pyrenoid Rubisco in a closed conformation, half1 map

ファイルemd_52438_half_map_2.map
注釈STA Pyrenoid Rubisco in a closed conformation, half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pyrenoid Rubisco

全体名称: Pyrenoid Rubisco
要素
  • 複合体: Pyrenoid Rubisco
    • タンパク質・ペプチド: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
    • タンパク質・ペプチド: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1

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超分子 #1: Pyrenoid Rubisco

超分子名称: Pyrenoid Rubisco / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-1690

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分子 #1: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

分子名称: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribulose-bisphosphate carboxylase
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 51.924039 KDa
配列文字列: TKAGAGFKAG VKDYRLTYYT PDYVVRDTDI LAAFRMTPQL GVPPEECGAA VAAESSTGTW TTVWTDGLTS LDRYKGRCYD IEPVPGEDN QYIAYVAYPI DLFEEGSVTN MFTSIVGNVF GFKALRALRL EDLRIPPAYV KTFVGPPHGI QVERDKLNKY G RGLLGCTI ...文字列:
TKAGAGFKAG VKDYRLTYYT PDYVVRDTDI LAAFRMTPQL GVPPEECGAA VAAESSTGTW TTVWTDGLTS LDRYKGRCYD IEPVPGEDN QYIAYVAYPI DLFEEGSVTN MFTSIVGNVF GFKALRALRL EDLRIPPAYV KTFVGPPHGI QVERDKLNKY G RGLLGCTI KPKLGLSAKN YGRAVYECLR GGLDFTKDDE NVNSQPFMRW RDRFLFVAEA IYKAQAETGE VKGHYLNATA GT CEEMMKR AVCAKELGVP IIMHDYLTGG FTANTSLAIY CRDNGLLLHI HRAMHAVIDR QRNHGIHFRV LAKALRMSGG DHL HSGTVV GKLEGEREVT LGFVDLMRDD YVEKDRSRGI YFTQDWCSMP GVMPVASGGI HVWHMPALVE IFGDDACLQF GGGT LGHPW GNAPGAAANR VALEACTQAR NEGRDLAREG GDVIRSACKW SPELAAACEV WKEIKFEFDT IDKL

UniProtKB: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

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分子 #2: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1

分子名称: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 15.386769 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列:
MMVWTPVNNK MFETFSYLPP LTDEQIAAQV DYIVANGWIP CLEFAEADKA YVSNESAIRF GSVSCLYYDN RYWTMWKLPM FGCRDPMQV LREIVACTKA FPDAYVRLVA FDNQKQVQIM GFLVQRPKTA RDF

UniProtKB: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 2.18 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用したサブトモグラム数: 17713
抽出トモグラム数: 26 / 使用した粒子像数: 515948
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1gk8

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1ej7

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9hvm:
In-cell Structure of Pyrenoid Rubisco

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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