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万見
- EMDB-5242: B. subtilis RNase P RNA Specificity domain folding intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5242
タイトルB. subtilis RNase P RNA Specificity domain folding intermediate
マップデータThis is a map of the folding intermediate of B. subtilis RNase P Specificity domain
試料
  • 試料: B. subtilis RNase P RNA Specificity domain folding intermediate
  • RNA: RNA
キーワードRNA folding intermediate RNase P Specificity domain
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.2 Å
データ登録者Baird NJ / Ludtke SJ / Khant H / Chiu W / Pan T / Sosnick TR
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2010
タイトル: Discrete structure of an RNA folding intermediate revealed by cryo-electron microscopy.
著者: Nathan J Baird / Steven J Ludtke / Htet Khant / Wah Chiu / Tao Pan / Tobin R Sosnick /
要旨: RNA folding occurs via a series of transitions between metastable intermediate states. It is unknown whether folding intermediates are discrete structures folding along defined pathways or ...RNA folding occurs via a series of transitions between metastable intermediate states. It is unknown whether folding intermediates are discrete structures folding along defined pathways or heterogeneous ensembles folding along broad landscapes. We use cryo-electron microscopy and single-particle image reconstruction to determine the structure of the major folding intermediate of the specificity domain of a ribonuclease P ribozyme. Our results support the existence of a discrete conformation for this folding intermediate.
履歴
登録2010年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年12月22日-
マップ公開2010年12月22日-
更新2014年12月3日-
現状2014年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0623
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0623
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5242_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5242.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map of the folding intermediate of B. subtilis RNase P Specificity domain
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.81 Å/pix.
x 160 pix.
= 289.6 Å		1.81 Å/pix.
x 160 pix.
= 289.6 Å		1.81 Å/pix.
x 160 pix.
= 289.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0623 / ムービー #1: 0.0623
最小 - 最大-0.08578543 - 2.46069574
平均 (標準偏差)0.00539513 (±0.07407818)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 289.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.811.811.81
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z289.600289.600289.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0862.4610.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : B. subtilis RNase P RNA Specificity domain folding intermediate

全体名称: B. subtilis RNase P RNA Specificity domain folding intermediate
要素
  • 試料: B. subtilis RNase P RNA Specificity domain folding intermediate
  • RNA: RNA

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超分子 #1000: B. subtilis RNase P RNA Specificity domain folding intermediate

超分子名称: B. subtilis RNase P RNA Specificity domain folding intermediate
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: none / 集合状態: Monomer of Specificity domain / Number unique components: 1
分子量理論値: 50 KDa / 手法: Calculation from nucleotide sequence, 154mer RNA

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分子 #1: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: RNase P RNA Specificity domain / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 別称: Bacteria
分子量理論値: 50 KDa
配列文字列:
GCGAGCCUAG CGAAGUCAUA AGCUAGGGCA GUCUUUAGAG GCUGACGGCA GGAAAAAAGC CUACGUCUUC GGAUAUGGCU GAGUAUCCUU GAAAGUGCCA CAGUGACGAA GUCUCACUAG AAAUGGUGAG AGUGGAACGC GGUAAACCCC UCGC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 1 mM MgCl2, 20 mM TrisHCl pH 8
グリッド詳細: 400 mesh carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot mark III / 手法: 2 blots 1 second each before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 93 K / 最高: 95 K / 平均: 94.1 K
アライメント法Legacy - 非点収差: object astigmatism correction made at 400,000 times magnification
日付2006年3月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 100 / 平均電子線量: 16 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: single tilt cryo-holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program and then inspected manually
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: FSC gives a resolution of 15.2 A, but the model was low-pass filtered to 26 A, corresponding to the first zero-crossing of the data. CTF correction was not performed.
使用した粒子像数: 11600
最終 2次元分類クラス数: 60

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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