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万見
- EMDB-52414: CryoEM structure of human peptidylarginine deiminase type 4 (PAD4... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52414
タイトルCryoEM structure of human peptidylarginine deiminase type 4 (PAD4) in complex with heparin oligomer (20 subunits).
マップデータmain map
試料
  • 複合体: Human peptidylarginine deiminase type 4 (PAD4) in complex with heparin oligomer (20 subunits).
    • タンパク質・ペプチド: Protein-arginine deiminase type-4
キーワードPAD4 / citrullination / calcium / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / stem cell population maintenance / Chromatin modifying enzymes / post-translational protein modification ...histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / stem cell population maintenance / Chromatin modifying enzymes / post-translational protein modification / protein modification process / nucleosome assembly / chromatin organization / chromatin remodeling / innate immune response / calcium ion binding / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-arginine deiminase type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Bereta G / Bielecka E / Biela A / Wilk P / Wator-Wilk E / Grudnik P / Kantyka T
資金援助 ポーランド, 2件
OrganizationGrant number国
Polish National Science Centre2019/34/H/NZ1/00674 ポーランド
Polish National Science Centre2018/30/M/NZ1/00367 ポーランド
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: CryoEM structures of human peptidylarginine deiminase type 4 (PAD4)
著者: Bereta GP / Bielecka E / Biela AP / Wilk P / Wator-Wilk E / Grudnik P / Kantyka T
履歴
登録2024年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52414.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52414.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 338.24 Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 338.24 Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 338.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8456 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0333
最小 - 最大-0.11668926 - 0.24040513
平均 (標準偏差)0.000023671948 (±0.0049984166)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 338.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_52414_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_52414_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human peptidylarginine deiminase type 4 (PAD4) in complex with he...

全体名称: Human peptidylarginine deiminase type 4 (PAD4) in complex with heparin oligomer (20 subunits).
要素
  • 複合体: Human peptidylarginine deiminase type 4 (PAD4) in complex with heparin oligomer (20 subunits).
    • タンパク質・ペプチド: Protein-arginine deiminase type-4

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超分子 #1: Human peptidylarginine deiminase type 4 (PAD4) in complex with he...

超分子名称: Human peptidylarginine deiminase type 4 (PAD4) in complex with heparin oligomer (20 subunits).
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Protein-arginine deiminase type-4

分子名称: Protein-arginine deiminase type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-arginine deiminase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 75.872906 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHHH HHHMAQGTLI RVTPEQPTHA VCVLGTLTQL DICSSAPEDC TSFSINASPG VVVDIAHGPP AKKKSTGSST WPLDPGVEV TLTMKVASGS TGDQKVQISY YGPKTPPVKA LLYLTGVEIS LCADITRTGK VKPTRAVKDQ RTWTWGPCGQ G AILLVNCD ...文字列:
MGHHHHHHHH HHHMAQGTLI RVTPEQPTHA VCVLGTLTQL DICSSAPEDC TSFSINASPG VVVDIAHGPP AKKKSTGSST WPLDPGVEV TLTMKVASGS TGDQKVQISY YGPKTPPVKA LLYLTGVEIS LCADITRTGK VKPTRAVKDQ RTWTWGPCGQ G AILLVNCD RDNLESSAMD CEDDEVLDSE DLQDMSLMTL STKTPKDFFT NHTLVLHVAR SEMDKVRVFQ ATRGKLSSKC SV VLGPKWP SHYLMVPGGK HNMDFYVEAL AFPDTDFPGL ITLTISLLDT SNLELPEAVV FQDSVVFRVA PWIMTPNTQP PQE VYACSI FENEDFLKSV TTLAMKAKCK LTICPEEENM DDQWMQDEME IGYIQAPHKT LPVVFDSPRN RGLKEFPIKR VMGP DFGYV TRGPQTGGIS GLDSFGNLEV SPPVTVRGKE YPLGRILFGD SCYPSNDSRQ MHQALQDFLS AQQVQAPVKL YSDWL SVGH VDEFLSFVPA PDRKGFRLLL ASPRSCYKLF QEQQNEGHGE ALLFEGIKKK KQQKIKNILS NKTLREHNSF VERCID WNR ELLKRELGLA ESDIIDIPQL FKLKEFSKAE AFFPNMVNML VLGKHLGIPK PFGPVINGRC CLEEKVCSLL EPLGLQC TF INDFFTYHIR HGEVHCGTNV RRKPFSFKWW NMVP

UniProtKB: Protein-arginine deiminase type-4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 9.3
構成要素:
濃度名称式
200.0 mMglycine
150.0 mMsodium chlorideNaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 217170
詳細: auto-picked particles using blob picker from 1000 micrographs
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 209466
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 200000
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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