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万見
- EMDB-52406: Gephyrin E-domain dimer with additional density on top of the dim... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52406
タイトルGephyrin E-domain dimer with additional density on top of the dimer interface
マップデータGephyrin with top density
試料
  • 複合体: Gephyrin E-domain dimer with additional density on top of the dimer interface
    • 複合体: Gephyrin dimer
      • タンパク質・ペプチド: Gephyrin
    • タンパク質・ペプチド: Collybistin 2 (-SH3)
キーワードPSD / postsynaptic density / scaffolding protein / inhibitory synapse / LIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin molybdotransferase / Isoform 5 of Gephyrin / Isoform 2 of Rho guanine nucleotide exchange factor 9
機能・相同性情報
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.98 Å
データ登録者Burdina N / Behrmann E / Schwarz G
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)INST 216/949-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 216/512/1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)RTG2550/1 project ID 411422114 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of gephyrin filament formation regulated by collybistin and lipids
著者: Burdina N / Liebsch F / Macha A / Behrmann E / Schwarz G
履歴
登録2024年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月14日-
マップ公開2026年1月14日-
更新2026年1月14日-
現状2026年1月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52406.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Gephyrin with top density
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.862 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.122
最小 - 最大-0.5220563 - 0.69744414
平均 (標準偏差)-0.00015672286 (±0.023892222)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 258.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Gephyrin with top density, deepEMhancer, sharpened version

ファイルemd_52406_additional_1.map
注釈Gephyrin with top density, deepEMhancer, sharpened version
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Gephyrin with top density- even particles

ファイルemd_52406_half_map_1.map
注釈Gephyrin with top density- even particles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Gephyrin with top density, odd particles

ファイルemd_52406_half_map_2.map
注釈Gephyrin with top density, odd particles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Gephyrin E-domain dimer with additional density on top of the dim...

全体名称: Gephyrin E-domain dimer with additional density on top of the dimer interface
要素
  • 複合体: Gephyrin E-domain dimer with additional density on top of the dimer interface
    • 複合体: Gephyrin dimer
      • タンパク質・ペプチド: Gephyrin
    • タンパク質・ペプチド: Collybistin 2 (-SH3)

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超分子 #1: Gephyrin E-domain dimer with additional density on top of the dim...

超分子名称: Gephyrin E-domain dimer with additional density on top of the dimer interface
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 102 KDa

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超分子 #2: Gephyrin dimer

超分子名称: Gephyrin dimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: Gephyrin

分子名称: Gephyrin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: molybdopterin adenylyltransferase
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRGSHHHHHH GSACELGTMA TEGMILTNHD HQIRVGVLTV SDSCFRNLAE DRSGINLKDL VQDPSLLGGT ISAYKIVPDE IEEIKETLID WCDEKELNLI LTTGGTGFAP RDVTPEATKE VIEREAPGMA LAMLMGSLNV TPLGMLSRPV CGIRGKTLII NLPGSKKGSQ ...文字列:
MRGSHHHHHH GSACELGTMA TEGMILTNHD HQIRVGVLTV SDSCFRNLAE DRSGINLKDL VQDPSLLGGT ISAYKIVPDE IEEIKETLID WCDEKELNLI LTTGGTGFAP RDVTPEATKE VIEREAPGMA LAMLMGSLNV TPLGMLSRPV CGIRGKTLII NLPGSKKGSQ ECFQFILPAL PHAIDLLRDA IVKVKEVHDE LEDLPSPPPP LSPPPTTSPH KQTEDKGVQC EEEEEEKKDS GVASTEDSSS SHITAAALAA KIPDSIISRG VQVLPRDTAS LSTTPSESPR AQATSRLSTA SCPTPKVQSR CSSKENILRA SHSAVDITKV ARRHRMSPFP LTSMDKAFIT VLEMTPVLGT EIINYRDGMG RVLAQDVYAK DNLPPFPASV KDGYAVRAAD GPGDRFIIGE SQAGEQPTQT VMPGQVMRVT TGAPIPCGAD AVVQVEDTEL IRESDDGTEE LEVRILVQAR PGQDIRPIGH DIKRGECVLA KGTHMGPSEI GLLATVGVTE VEVNKFPVVA VMSTGNELLN PEDDLLPGKI RDSNRSTLLA TIQEHGYPTI NLGIVGDNPD DLLNALNEGI SRADVIITSG GVSMGEKDYL KQVLDIDLHA QIHFGRVFMK PGLPTTFATL DIDGVRKIIF ALPGNPVSAV VTCNLFVVPA LRKMQGILDP RPTIIKARLS CDVKLDPRPE YHRCILTWHH QEPLPWAQST GNQMSSRLMS MRSANGLLML PPKTEQYVEL HKGEVVDVMV IGRL

UniProtKB: Isoform 5 of Gephyrin

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分子 #2: Collybistin 2 (-SH3)

分子名称: Collybistin 2 (-SH3) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRGSHHHHHH GSACELGTMQ WIRGGSGMLW VNQEDGVEEG PSDVQNGHLD PNSDCLCLGR PLQNRDQMRA NVINEIMSTE RHYIKHLKDI CEGYLKQCRK RRDMFSDEQL KVIFGNIEDI YRFQMGFVRD LEKQYNNDDP HLSEIGPCFL EHQDGFWIYS EYCNNHLDAC ...文字列:
MRGSHHHHHH GSACELGTMQ WIRGGSGMLW VNQEDGVEEG PSDVQNGHLD PNSDCLCLGR PLQNRDQMRA NVINEIMSTE RHYIKHLKDI CEGYLKQCRK RRDMFSDEQL KVIFGNIEDI YRFQMGFVRD LEKQYNNDDP HLSEIGPCFL EHQDGFWIYS EYCNNHLDAC MELSKLMKDS RYQHFFEACR LLQQMIDIAI DGFLLTPVQK ICKYPLQLAE LLKYTAQDHS DYRYVAAALA VMRNVTQQIN ERKRRLENID KIAQWQASVL DWEGDDILDR SSELIYTGEM AWIYQPYGRN QQRVFFLFDH QMVLCKKDLI RRDILYYKGR IDMDKYEVID IEDGRDDDFN VSMKNAFKLH NKETEEVHLF FAKKLEEKIR WLRAFREERK MVQEDEKIGF EISENQKRQA AMTVRKASKQ KVTQRKWHY

UniProtKB: Isoform 2 of Rho guanine nucleotide exchange factor 9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.333 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHepes
250.0 mMNaClsodium chloride
2.0 %C12H22O11Sucrose
50.0 mMC6H14N4O2Arginine
50.0 mMC5H10N2O3Glutamate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 22 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細the sample was mixed on-grid

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 13149 / 平均露光時間: 40.0 sec. / 平均電子線量: 31.0 e/Å2 / 詳細: Calibrated pixel size: 0.862
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 210122 / 詳細: after template picking
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1+patch 240110)
ソフトウェア - 詳細: patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1+patch 240110)
ソフトウェア - 詳細: Non-uniform refinement / 使用した粒子像数: 53373
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1+patch 240110)
ソフトウェア - 詳細: Non-uniform refinement
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1+patch 240110)
ソフトウェア - 詳細: Non-uniform refinement
最終 3次元分類クラス数: 2
ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1+patch 240110)
ソフトウェア - 詳細: Heterogeneous refinement

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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