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万見
- EMDB-52362: Structure of the double bead region of bovine collagen VI microfi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52362
タイトルStructure of the double bead region of bovine collagen VI microfibrils.
マップデータEM map of collagen VI bovine microfibril bead region
試料
  • 組織: Collagen VI microfibrils formed from heterotrimers of col6a1, col6a2 and col6a3
    • タンパク質・ペプチド: Col6a1
    • タンパク質・ペプチド: Col6a2
    • タンパク質・ペプチド: Col6a3
キーワードCollagen VI / Col6A1 / Col6A2 / Col6A3 / triple-helix / bovine / microfibril / ECM / extracellular / matrix / fibril / STRUCTURAL PROTEIN / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


Collagen chain trimerization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Signaling by PDGF / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Integrin cell surface interactions / ECM proteoglycans / Collagen degradation / collagen trimer / response to UV / collagen binding ...Collagen chain trimerization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Signaling by PDGF / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Integrin cell surface interactions / ECM proteoglycans / Collagen degradation / collagen trimer / response to UV / collagen binding / extracellular matrix / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / serine-type endopeptidase inhibitor activity / sarcolemma / : / neuron apoptotic process / cell adhesion / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Collagen alpha-3(VI) chain, vWA domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain ...: / Collagen alpha-3(VI) chain, vWA domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen alpha-2(VI) chain / Collagen alpha-3(VI) chain / Collagen alpha-1(VI) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.3 Å
データ登録者Godwin ARF / Baldock C / Snee MM / Roseman AM
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Collagen VI microfibril structure reveals mechanism for molecular assembly and clustering of inherited pathogenic mutations
著者: Godwin A / Snee M / Becker M / Dajani R / Collins R / Roseman A / Baldock C
履歴
登録2024年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月20日-
マップ公開2025年8月20日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52362.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52362.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map of collagen VI bovine microfibril bead region
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.94 Å/pix.
x 512 pix.
= 994.816 Å		1.94 Å/pix.
x 512 pix.
= 994.816 Å		1.94 Å/pix.
x 512 pix.
= 994.816 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.943 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.491
最小 - 最大-0.34350234 - 1.644745
平均 (標準偏差)-0.00092206127 (±0.038020533)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 994.816 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52362_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of collagen VI bovine microfibril bead region

ファイルemd_52362_half_map_1.map
注釈Half map of collagen VI bovine microfibril bead region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of collagen VI bovine microfibril bead region

ファイルemd_52362_half_map_2.map
注釈Half map of collagen VI bovine microfibril bead region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Collagen VI microfibrils formed from heterotrimers of col6a1, col...

全体名称: Collagen VI microfibrils formed from heterotrimers of col6a1, col6a2 and col6a3
要素
  • 組織: Collagen VI microfibrils formed from heterotrimers of col6a1, col6a2 and col6a3
    • タンパク質・ペプチド: Col6a1
    • タンパク質・ペプチド: Col6a2
    • タンパク質・ペプチド: Col6a3

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超分子 #1: Collagen VI microfibrils formed from heterotrimers of col6a1, col...

超分子名称: Collagen VI microfibrils formed from heterotrimers of col6a1, col6a2 and col6a3
タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Cornea

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分子 #1: Col6a1

分子名称: Col6a1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MRLPRALLPL LLQACWASAQ DDPVASRAIA FQDCPVDLFF VLDTSESVAL RLKPYGALVD KVKSFTKRF IDNLNDRYYR CDRNLVWNAG ALHYSDEVEI IRGLTRMPSG RDELKSSVDA V KYFGKGTY TDCAIKKGLE ELLVGGSHLK ENKYLVVVTD GHPLEGYKEP ...文字列:
MRLPRALLPL LLQACWASAQ DDPVASRAIA FQDCPVDLFF VLDTSESVAL RLKPYGALVD KVKSFTKRF IDNLNDRYYR CDRNLVWNAG ALHYSDEVEI IRGLTRMPSG RDELKSSVDA V KYFGKGTY TDCAIKKGLE ELLVGGSHLK ENKYLVVVTD GHPLEGYKEP CGGLEDAVNE AK HLGIKVF SVAITPDHLE PRLSIIATDH TYRRNFTAAD WGQSRDAEEV ISQTIDTITD MIK NNVEQV CCSFECQPAR GPPGPRGDPG YEGERGKPGL PGEKGEAGDP GRPGDLGPVG YQGM KGEKG SRGEKGSRGP KGYKGEKGKR GMDGVDGMKG ETGFPGLPGC KGSPGFDGIQ GPPGP KGDP GAFGLKGQKG EPGADGEPGR PGSTGPPGDE GEPGEPGPPG EKGEAGDEGN AGPDGA PGE RGGPGERGPR GTPGARGPRG DPGEAGPQGD QGREGPVGVP GDPGEAGPIG PKGYRGD EG PPGTEGPKGA PGPAGPPGDP GLMGERGEDG PPGNGTEGFP GFPGYPGSRG PPGINGTK G YPGLKGDEGE AGDPGEDNND IAARGAKGAK GYRGPEGPQG PPGHVGPPGP DECEILDII MKMCSCCECK CGPIDILFVL DSSESIGLQN FEIAKDFIVK VIDRLSKDEL VKFEPGQSHA GVVQYSHNQ MQEHVDLRDP NIRNAQDLKE AIKKLQWMGG GTFTGEALQY TRSRLLPPTP N NRIALVIT DGRSDTQRDT TPLSVLCGPD IQVVSVGIKD VFGLAAGSDQ LNVISCQGLA PQ GRPGISL VKENYAELLD DGFLKNITAQ ICIDKKCPDY SCPITFSSPA DITILLDGSA SVG SHNFDI TKRFAKRLAE RFLTASRTDP GQDVRVAVVQ YSGTGQQRPE RAALQFLQNY TVLA NTVDS MDFFNDATDV MDALGYVTRF YREASSNAAK KRLLLFSDGN SQGATPAAIE KAVQE AQRA GVEIFAVVVG RQVNEPHVRV LVTGKAAEYD VVFGERHLFR VPSYQALLRG VFYQTV SRK VALD

UniProtKB: Collagen alpha-1(VI) chain

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分子 #2: Col6a2

分子名称: Col6a2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MLRRKGAAKM LRSPCSALLL WGLLGAVHAQ QQEVISPGPS DRNSCPEKAD CPVHVYFVLD TSESITMQS PTDSLLYHMQ QFVLQFISQL QDELYLDQVA LSWRYGGLHF SDLVEVFSPP G SDRASFTK SLQSISSFRR GTFTDCMLAN MTQEVRRHVG KGVVNFAVVI ...文字列:
MLRRKGAAKM LRSPCSALLL WGLLGAVHAQ QQEVISPGPS DRNSCPEKAD CPVHVYFVLD TSESITMQS PTDSLLYHMQ QFVLQFISQL QDELYLDQVA LSWRYGGLHF SDLVEVFSPP G SDRASFTK SLQSISSFRR GTFTDCMLAN MTQEVRRHVG KGVVNFAVVI TDGHVTGSPC GG IKLQAER AREEGIRLFA VPPNLKLNEQ GLRDIANTPH ELYRNNYATM RPDSTEIDQD TIN RIIKVM KHEAYGECYK VSCLEIPGPP GPKGYRGQKG AKGNMGEPGE PGQKGRQGDP GIEG PIGFP GPKGVPGFKG EKGEFGADGR KGAPGLAGKN GTDGQKGKLG RIGPPGCKGD TGDRG PDGY VGEAGSPGER GDQGSKGDPG RPGRRGPPGE NGAKGSKGYQ GNNGAPGSPG LKGAKG GPG PRGPKGEPGR RGDPGTKGGP GSDGPKGEKG DPGPEGPRGL AGEVGNKGAK ANRGLPG PR GPQGTVGEPG KQGSRGDPGD AGPRGDSGQP GPKGDPGRPG FSYPGPRGAP GDKGEPGP P GPEGGRGDFG SKGEPGRKGQ KGEPADPGPP GEPGPRGQRG APGPEGEPGP PGDPGLTEC DVMTYVRETC GCCDCEKRCG ALDVVFVIDS SESIGYTNFT LEKNFVINVV NRLGAIAKDP KSETGTRVG VVQYSHEGTF EAIQLDDERI DSLSSFKEAV KNLEWIAGGT WTPSALKFAY N KLIKESRR QKTRVFAVVI TDGRHDPRDD DLNLRALCNH EVTVTAIGIG DMFHEKHESE NL YSIACDK PQQVRNMTLF SDLVAEKFID DMEDVLCPDP QIVCPDLPCQ TELYVAQCTQ RPV DIVFLL DGSERLGEQN FHKVRRFVEE VSRRLTLARK DDDPLNARVA LLQFGGPREQ QVAF PLTSN LTVIQEALAS ARYLNSFSHV GTGIVQAINQ VVQGARAGAR RHAELSFVFL TDGVT GNDS LDEAVHSMRK QNVVPTVVAV GSDVDTDVLS KISLGDPAAV FREKDYDSLA QPGFFD RFI RWIC

UniProtKB: Collagen alpha-2(VI) chain

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分子 #3: Col6a3

分子名称: Col6a3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MRKHRHLPLV AILCLFFSGF SFTRGQQQPD VKNGAAADII FLVDSSWSIG KEHFQLVREF LYDVIESLA VGDNDFRFAL VQFNGNPHTE FLFNTYRSKQ EVLSHVSNMS YIGGSNQTGK G LAYVMQNH LTEAAGSRAS DGVPQVIVVL THGHSEDGLA LPSAELKSAD ...文字列:
MRKHRHLPLV AILCLFFSGF SFTRGQQQPD VKNGAAADII FLVDSSWSIG KEHFQLVREF LYDVIESLA VGDNDFRFAL VQFNGNPHTE FLFNTYRSKQ EVLSHVSNMS YIGGSNQTGK G LAYVMQNH LTEAAGSRAS DGVPQVIVVL THGHSEDGLA LPSAELKSAD VNVFAIGVED AD EAALKEI ASEPLNMHVF NLENYTSLHD IVGNLVACVR SSMAPERAGG TEIPKDITAQ DSA DIIFLI DGSNNTGSVN FAVILDFLVN LLERLSIGTQ QIRVGVVQYS DEPRTMFSLN SYST KAQVL DAVKALGFIG GELANVGLAL DFVVENHFTR AGGSRAEEGV PQVLVLISAG PSSDE IRDG VVALKQASVF SFGLGAQAAS KAELQHIATN DNLVFTVPEF RSLGDVQEQL LPYIVG VAQ RHIVLQPPTI VTQVIEVNKR DIVFLVDGSS KLGLTNFNAI RDFIAKVIQR LEIRQDL IQ VAVAQYADTV RPEFYFNTYP SKREVINAVR KMKALDGSAL YTGSALDFVR NNLFTEAA G YRAAEGVPKL LVLVTGGKSL DAVSQPAQEL KRSGILAFAV GNKVADQAEL EEIAFDSSL VFTATEFRPA PLQGVLPGLL GPLRTLTGTT EVRVNKRDII FLLDGSSNVG ETNFPYVRDF VMNLVNSLD VGSDHIRVGL VQFSDTPVTE FSLNTYPTKS ELLAHLRQMQ LQGGSVLNTG A ALSYVHAN HFTEAGGSRI QDHVPQLLLL LTAGQSEDSY LQAANALARA GILTFCVGTS QA DRAELEE IAFNPGLVYL MDDFSSLPAL PQQLIQPLTT YVSGGVEEVP LAQPESKRDI LFL FDGSAN LMGQFTAARD FLYKVIDELD VKPEGTRVAV AQFSDDVKVE SRFDQHQNKP EILN LVKRM KLKTGKALNL GYALDYAQRY IFVKSAGSRI EDGVLQFLVL LVAGKSSDRV DTPAL NLKQ SGVVPFILQA KNADPAELEL IVPSPAFILV AESLPKIGDL QPQIVNLLKS VQNGAP APV SVEKDVVFLI DGSEGVRSGF PLLKEFVQRV VESLDVGPDR VRVAVVQYSD RTRPEFY LN SYMDQQSVVG AIRGLTLLGG PAPNTGAALE FVLRNILVGS AGSRIAEGVP QLLIVLTA D RSGDDVRGPS VVLRRGGAVP IGIGIGNADI TEMQTLSFVP DFAVVIPTFR QLGTIQQVI SERVTQLSRE ELSRLQASVT PLTTPVVSSK RDVVFLIDGS QSAGPEFQYI RTLIERLVDY LDVGFDTTR VAVIQFSDDP RVEFLLNVHS SKDEVQNAVR RLRPKGGRQV NVGGALEYVA R NIFKRPLG SRIEEGVPQF LVLISSGKSD DEVEDSAIEL KQFGVAPLTI ARNVDQEELV KI SLSPEYV FSVNTFRELP SLEQKLLTPL TTLTAGQIQQ LLASTRYPPP AVESDAADIV FLI DSSDGV KPDGIAHIRD FVIRIVRRLN VGPNKVRIGV LQFSNDVFPE FQLKTYKSQA SVLD AIRRL RFKGGSPLNT GKALEFVARN YFVKSAGSRI EDGVPQHLVL FLGGKSQDDI SRYSQ VIKS AGIASLGVGD RNIDRTELQT ITSDPRLVFT VREFRDLPSI EERMVNSFGS SGVTPA PPG VDTPSPSRPE KKKADIVFLL DGSINFRRDS FQEVLRFVSE IVDTVYEGGD SIQVGLV QY NSDPTDEFFL KDFPTKQQII DAINKVVYKG GRHANTKVGL EHLRRNHFVP EAGSRLDQ R VPQIAFVITG GKSVEDAQEA SMALTQRGVK VFAVGVRNID SEEVGKIASN SATAFRVGN VQELSELSEQ VLETLHDAMH ETLCPGVTDV SKACNLDVIL GFDGSGDQNV FVAQKGLEPK VDTILRRIS QMQKISCSGS QLPTVRVSVV ALTPSGPVEA FDFAEYQPEL FEKFQNMRAQ H PYVLTADT LKLYQNKFRQ ASMDNVKVVI HFTDGVDGDL ADLQRASEEL RQEGVRALIL VG LERVANL EQLMQLEFGR GFTYNRPLRL NLLDLDYELA EQLDNIAEKA CCGIPCKCSG QRG DRGPIG SIGPKGIPGE DGYRGYPGDE GGPGERGPPG VNGTQGFQGC PGQRGVKGSR GFPG EKGEL GEIGLDGLDG EDGDKGLPGT SGEKGSPGRR GDKGPKGDKG ERGDVGIRGD PGNSG QDSQ QRGAKGETGD IGPVVQCSPF LPVQSNLPLC GSCGGRGGSP PRSTYVGILL LQGPPG PTG PPGLIGEQGI PGPRVSLAWT LSKSGEPGDP GPKGSIGNRG PRGETGDDGR DGVGSEG RI GKKVFICRGG NPGEPGTDGP PGPKGIRGRR GNSGPPGIAG QKGDPGYPGP SGYKGSRG D SMDQCALVQS IKDKCRPLEC PVFPTELAFA LDTSEGVTQD RFSQMREVVL KILDDLTIA ESNCPRGARV AVVTYNNEVT TEIRFADSKK KSVLLDKIKN LQVSLTSKQQ SLETAMSFVA RNTFKRVRS GFLMRKVAVF FSNKPTRATP QLREAVLKLS DAGITPLFLT SQEDRQLINA L QINNTAVG HALVLPAGGD LTDFLKNVLT CHVCLDICNI DPSCGFGSWR PSFRDRRAAG SD VDIDMAF ILDSSESTTP FQFNEMRKYI EYLVRQLDVS PDPKASQHFA RVAVVQHAPY EAV DNASVP PVKVEFSLTD YGSKEKLLAF LGSRMTQLQG TRALGRAIDY TIENIFESAP NPRD LKIVV LMLTGEVQKQ QLEEAQRAIL QAKCKGYFFV ILGIGRKVNV KELYSSASEP NDVFF KLVD KSTELNEEPL MRFGRLLPSF VSSKDAFYLS PDIRKQCDWF QADQPAKNLV QFGYKQ INV PNNVTSSPTS KLVTTTKPVI TTTKPITVVN LPASKPAATR PVDERPAAGR SVATKMD SA RPVATKTEAT KPAAAAKPAA AKPAPARPPT AARSMATRSE APRPQAVKLA ASRPGAAK P VVKAPREIHV SEVTENSAKL HWERPEPPSP YLYNLTVTSA HDQAVVLKQN LTVTDRVIG GLLPGQTYHV TVTCSLRSQV RAIYQGSFST KKIQPPPPQT ERSASSATIN LVVSADRLAG SKADICKLP KDGGTCREFV LKWYYDSVTE NCARFWYGGC GGNENRFNSQ DECEKVCPPV P IKQPGVIA AMGT

UniProtKB: Collagen alpha-3(VI) chain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
400.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTris-HClTrizma base
2.5 mMCaCl2Calcium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 29595 / 平均露光時間: 2.3 sec. / 平均電子線量: 22.165 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 145555
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 47488
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 50 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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