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- EMDB-52347: Salmonella enterica Lamassu LmuACB in nuclease sequestration state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52347
タイトルSalmonella enterica Lamassu LmuACB in nuclease sequestration state
マップデータ
試料
  • 複合体: LmuACB
    • タンパク質・ペプチド: DUF3732 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: ABC-three component systems C-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: LmuC
キーワードLamassu / Rad50 / Cap4 / bacterial immunity / defence system / DNA end binding / ABC ATPase / SMC-like / Cap4 nuclease / phage / plasmid restriction / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF3732 / ABC-three component system, Middle Component 3 / Protein of unknown function (DUF3732) / ABC-three component (ABC-3C) system Middle Component 3 / ABC-three component systems, C-terminal domain 7 / C-terminal domain 7 of the ABC-three component (ABC-3C) systems / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF3732 domain-containing protein / ABC-three component systems C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Tennessee (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Li Y / Gruber S
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation320030-227915 スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structure and activation mechanism of a Lamassu phage and plasmid defense system.
著者: Yan Li / David W Adams / Hon Wing Liu / Steven J Shaw / Emiko Uchikawa / Milena Jaskólska / Sandrine Stutzmann / Laurie Righi / Mark D Szczelkun / Melanie Blokesch / Stephan Gruber /
要旨: Lamassu is a diverse family of defense systems that protect bacteria, including seventh-pandemic strains of Vibrio cholerae, against both plasmids and phage infection. During phage infection, Lamassu ...Lamassu is a diverse family of defense systems that protect bacteria, including seventh-pandemic strains of Vibrio cholerae, against both plasmids and phage infection. During phage infection, Lamassu targets essential cellular processes, thereby halting phage propagation by terminating the infected host. The mechanisms by which Lamassu effectors are activated when needed and otherwise suppressed are unknown. Here we present structures of a Lamassu defense system from Salmonella enterica. We show that an oligomerization domain of the nuclease effector subunit, LmuA, is sequestered by two tightly folded SMC-like LmuB protomers and LmuC. Upon activation, liberated LmuA assembles into homotetramers, in which two of four nuclease domains are brought into proximity to create an active site capable of cleaving DNA. We propose that tetramer formation is likely a one-way switch that establishes a threshold to limit potential spontaneous activation and cell death. Our findings reveal a mechanism of cellular defense, involving liberation and oligomerization of immune effectors, and shed light on how Lamassu systems balance potent immune responses with self-preservation.
履歴
登録2024年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52347.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52347.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 350 pix.
= 290.5 Å		0.83 Å/pix.
x 350 pix.
= 290.5 Å		0.83 Å/pix.
x 350 pix.
= 290.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0691
最小 - 最大-0.6824419 - 0.90953267
平均 (標準偏差)0.00009169819 (±0.01572237)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 290.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52347_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52347_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52347_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LmuACB

全体名称: LmuACB
要素
  • 複合体: LmuACB
    • タンパク質・ペプチド: DUF3732 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: ABC-three component systems C-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: LmuC

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超分子 #1: LmuACB

超分子名称: LmuACB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Tennessee (サルモネラ菌)
株: TXSC_TXSC08-19

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分子 #1: DUF3732 domain-containing protein

分子名称: DUF3732 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Tennessee (サルモネラ菌)
株: TXSC_TXSC08-19
分子量理論値: 75.235875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MYFQIRGIIL WPRNKNFKPH TIRFELGKVN VISGASRTGK SAVIPIIDYC LGANTCSIPV KTIRKYCEWF GIVVATEQGE KLLARKEPG NQRSTTDMFV LEAENITSIP IRLEKNTNVI AVKRMLDDLA NLSNLDFSGG DENSGFDGRP AFRDLAAFTF Q PQNVVANP ...文字列:
MYFQIRGIIL WPRNKNFKPH TIRFELGKVN VISGASRTGK SAVIPIIDYC LGANTCSIPV KTIRKYCEWF GIVVATEQGE KLLARKEPG NQRSTTDMFV LEAENITSIP IRLEKNTNVI AVKRMLDDLA NLSNLDFSGG DENSGFDGRP AFRDLAAFTF Q PQNVVANP DVLFFKTNTY EHREKLRKIF PYVLGAITSE LMAKQFELNR IRLFLRRKER ELKDAQDVSA QWLADLKSKY SE AQELGLV PKPQEQLSRK QMISQLEEVI SRTDLTLKVT VSTISDALSE LNTLESEERL VSRELTTMRH RLEEMNRLRV GMH QYENAL LMQRDRLKIS GWLLSNTNDE SDCPMCGSHT DSAKQKLQAL VQRLSDVEAA VGADAHKEVP AAFDRELQRV TTEV ANATE RLRAIQSRKR TLTSRSKEAR EQQFSTRRAE RFIGNVESAL ELHRKLGSDS ELVEEVRKLK EMVQTLEKEL REKDV ELRK NQALRVINAQ AGNILQGLDV EDPSAPISLE INDLTIKVLG DERDDYLSEI GSGSNWLSYH LAILLSLHQF YLSQKN NPV PSFLILDQPS QVYFPKTTQL PNIANEDEPK LRDEDVEAVR RAFKAMGNVV IKEKGKLQLI VLDHAPREVW GEIDGVV GL PEWRDGIKLV PMEWLTGV

UniProtKB: DUF3732 domain-containing protein

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分子 #2: ABC-three component systems C-terminal domain-containing protein

分子名称: ABC-three component systems C-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Tennessee (サルモネラ菌)
株: TXSC_TXSC08-19
分子量理論値: 45.38141 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAISKTNGQS KPKRKTEVPG QALGYSLQFT LLTHLLLQAP EGSLCSLEVL DDVAQENNSG DIKFIQSKSA LTANPAADRA KSLWKTLSN WIDLATSPDF EVEKAIFELY VSRPVEGSIV KKFNEAKTPE DAQEAITHAR TELWGDSPHF TLKDGISKEI S KYVEKVFT ...文字列:
MAISKTNGQS KPKRKTEVPG QALGYSLQFT LLTHLLLQAP EGSLCSLEVL DDVAQENNSG DIKFIQSKSA LTANPAADRA KSLWKTLSN WIDLATSPDF EVEKAIFELY VSRPVEGSIV KKFNEAKTPE DAQEAITHAR TELWGDSPHF TLKDGISKEI S KYVEKVFT ADQNLLQRLI CNFQLTLGSG SPQADLEACV RSHPVSPSKV SDITNYLCGK VKRHIDMLLE AEKPAVIARD DF YTWYKAY VQKIDRQMVL SSRAQAPVKE KAQEYLPDKF VQQLEIIGLP YEEILGAISD YLMASFDRTD WAARGEVDET SFD DLDTAL QRTWKNKQRI CGLTHSEKSE QDQGKLLYFE CMQFNIPLQA MSPPSHFIPG CYHILADSLA VGWHPNYTTQ LKNK KVA

UniProtKB: ABC-three component systems C-terminal domain-containing protein

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分子 #3: LmuC

分子名称: LmuC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Tennessee (サルモネラ菌)
株: TXSC_TXSC08-19
分子量理論値: 18.377428 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLAREAQNIQ NPALGAALVW RFCCGYVKTN RVSAPPPLPF LFLVLPIILH QETSEFVKRT YKSSGLRAFA AKFGDSSVSK QDLLFQIHE RSIRWRQLSL RSIELAVASD LLKLQDGSDV IPLSKTKARG LSDEVKTLMD LAEKLGSWFG ELSIHEVVTT L KVKL

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 150.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: Sodium Chloride
詳細: 150 mM NaCl, 20mM HEPES, pH7.5, 1mM Tcep, 5mM MgCl2, 1mM ATP, 0.05% b-OG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 242023
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9hqu:
Salmonella enterica Lamassu LmuACB in nuclease sequestration state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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