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- EMDB-52339: Structural insights in the HuHf@gold-monocarbene adduct: aurophil... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52339
タイトルStructural insights in the HuHf@gold-monocarbene adduct: aurophilicity revealed in a biological context
マップデータ
試料
  • 複合体: HuHf@Au(NHC)|
    • タンパク質・ペプチド: Ferritin heavy chain
  • リガンド: 1-butyl-3-methyl-1H-imidazol-3-ium
  • リガンド: GOLD ION
  • リガンド: water
キーワードIron / Gold / Metal transport / Metal storage / Anticancer drugs / Drug nanocarrier / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / autophagosome / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Cosottini L / Giachetti A / Guerri A / Martinez-Castillo A / Geri A / Zineddu S / Abrescia NGA / Messori L / Turano P / Rosato A
資金援助 イタリア, スペイン, 3件
OrganizationGrant number国
Ministero dell Universita e della RicercaECS00000017 イタリア
Ministero dell Universita e della RicercaIR0000009 イタリア
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessPID2021-126130OB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2025
タイトル: Structural Insight Into a Human H Ferritin@Gold-Monocarbene Adduct: Aurophilicity Revealed in a Biological Context.
著者: Lucrezia Cosottini / Andrea Giachetti / Annalisa Guerri / Ane Martinez-Castillo / Andrea Geri / Stefano Zineddu / Nicola G A Abrescia / Luigi Messori / Paola Turano / Antonio Rosato /
要旨: Human H ferritin (HuHf) has excellent potential as a nanocarrier for the selective delivery of anticancer metal-based drugs to tumor cells. Here, we addressed the interaction of the gold monocarbene ...Human H ferritin (HuHf) has excellent potential as a nanocarrier for the selective delivery of anticancer metal-based drugs to tumor cells. Here, we addressed the interaction of the gold monocarbene compound Au(NHC)Cl with HuHf by electrospray ionization-mass spectrometry (ESI-MS) measurements, which provide the metalation state of the protein subunits and demonstrate the involvement of protein cysteines in gold binding. The adduct between Au(NHC)Cl and HuHf was studied by cryo-EM measurements, resulting in a high-resolution 3D density map at 1.51 Å. The cryo-EM structure shows a novel tetranuclear gold(I) cluster, located in a surface pocket of each subunit where it is bound to Cys90 and Cys102. The short inter-metal distances are diagnostic of the occurrence of aurophilic interactions. The present work demonstrates the usefulness of cryo-EM to investigate the interactions between metal-based drugs and their protein targets/carriers, also leveraging the strong signal of transition metal ions.
履歴
登録2024年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52339.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.51 Å/pix.
x 512 pix.
= 260.096 Å		0.51 Å/pix.
x 512 pix.
= 260.096 Å		0.51 Å/pix.
x 512 pix.
= 260.096 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.508 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.062353734 - 0.23002332
平均 (標準偏差)0.00080448895 (±0.008034691)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 260.096 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_52339_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52339_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52339_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HuHf@Au(NHC)

全体名称: HuHf@Au(NHC)|
要素
  • 複合体: HuHf@Au(NHC)|
    • タンパク質・ペプチド: Ferritin heavy chain
  • リガンド: 1-butyl-3-methyl-1H-imidazol-3-ium
  • リガンド: GOLD ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: HuHf@Au(NHC)

超分子名称: HuHf@Au(NHC)| / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 506 KDa

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分子 #1: Ferritin heavy chain

分子名称: Ferritin heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.124459 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
TTASTSQVRQ NYHQDSEAAI NRQINLELYA SYVYLSMSYY FDRDDVALKN FAKYFLHQSH EEREHAEKLM KLQNQRGGRI FLQDIKKPD CDDWESGLNA MECALHLEKN VNQSLLELHK LATDKNDPHL CDFIETHYLN EQVKAIKELG DHVTNLRKMG A PESGLAEY LFDKHTLGDS DNES

UniProtKB: Ferritin heavy chain

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分子 #2: 1-butyl-3-methyl-1H-imidazol-3-ium

分子名称: 1-butyl-3-methyl-1H-imidazol-3-ium / タイプ: ligand / ID: 2
詳細: In this structure, 1-butyl-3-methyl-imidazole-2-ylidene is deprotonated at C2 (molecular formula: C8H14N2).
コピー数: 24 / 式: BM0
分子量理論値: 139.218 Da
Chemical component information

ChemComp-BM0:
1-butyl-3-methyl-1H-imidazol-3-ium / 1-メチル-3-ブチル-2,3-ジヒドロ-1H-イミダゾ-ル-2-イリウム

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分子 #3: GOLD ION

分子名称: GOLD ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 96 / 式: AU
分子量理論値: 196.967 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3384 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
0.137 MNaCl
0.0027 MKCl
0.01 MNa2HPO4
0.0018 MKH2PO4
グリッド材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

13364

最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2736719
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9hq6:
Structural insights in the HuHf@gold-monocarbene adduct: aurophilicity revealed in a biological context

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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