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万見
- EMDB-52316: USP1-UAF1 bound to Lys63-linked diubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52316
タイトルUSP1-UAF1 bound to Lys63-linked diubiquitin
マップデータ
試料
  • 複合体: USP1-UAF1 bound to Lys63-linked diubiquitin
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 48
    • タンパク質・ペプチド: Polyubiquitin-B
  • タンパク質・ペプチド: Polyubiquitin-B
  • リガンド: ZINC ION
キーワードUSP1 / deubiquitinating enzyme / cysteine protease / complex / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein monoubiquitination / positive regulation of error-prone translesion synthesis / Signaling by cytosolic PDGFRA and PDGFRB fusion proteins / monoubiquitinated protein deubiquitination / deubiquitinase activator activity / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / skeletal system morphogenesis ...regulation of protein monoubiquitination / positive regulation of error-prone translesion synthesis / Signaling by cytosolic PDGFRA and PDGFRB fusion proteins / monoubiquitinated protein deubiquitination / deubiquitinase activator activity / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / skeletal system morphogenesis / mitochondrion transport along microtubule / skin development / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / homeostasis of number of cells / protein deubiquitination / embryonic organ development / single fertilization / regulation of DNA repair / response to UV / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / neuron projection morphogenesis / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Negative regulation of FLT3 / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Downregulation of ERBB4 signaling / Regulation of FZD by ubiquitination / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by REV1 / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Translesion synthesis by POLK / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Josephin domain DUBs / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / ubiquitin binding / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of epithelial cell proliferation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / skeletal system development / regulation of mitochondrial membrane potential / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / TCF dependent signaling in response to WNT / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT
類似検索 - 分子機能
WDR48/Bun107 / Ubiquitin specific peptidase 1 / : / Domain of unknown function (DUF3337) / : / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase ...WDR48/Bun107 / Ubiquitin specific peptidase 1 / : / Domain of unknown function (DUF3337) / : / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / WD domain, G-beta repeat / Ubiquitin-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1 / Polyubiquitin-B / WD repeat-containing protein 48
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Keijzer N / Sakoltchik J / Sixma TK
資金援助 オランダ, 2件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)TOP714.016.002 オランダ
Health-HollandLSHM21048-H045 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: USP1/UAF1 targets polyubiquitinated PCNA with an exo-cleavage mechanism that can temporarily enrich for monoubiquitinated PCNA.
著者: Niels Keijzer / Jan Sakoltchik / Kaustav Majumder / Nina van Lil / Farid El Oualid / Alexander Fish / Titia K Sixma /
要旨: DNA damage tolerance (DDT) is an important pathway that allows cells to bypass DNA lesions during replication. DDT is orchestrated by ubiquitination of PCNA, where monoubiquitinated PCNA (PCNA-Ub) ...DNA damage tolerance (DDT) is an important pathway that allows cells to bypass DNA lesions during replication. DDT is orchestrated by ubiquitination of PCNA, where monoubiquitinated PCNA (PCNA-Ub) initiates recruitment of TLS polymerases but also serves as a substrate for further ubiquitination, forming K63-polyubiquitinated PCNA that leads to HR-mediated bypass mechanisms. Recent work on USP1/UAF1 inhibition revealed that formation of K48-linked chains also occurs on PCNA, resulting in its proteasomal degradation. USP1/UAF1 is established as deubiquitinating enzyme (DUB) for PCNA-Ub, but little is known about removal of ubiquitin chains on PCNA. Here we show that USP1/UAF1 cleaves both K48 and K63-linked ubiquitin chains on PCNA efficiently, using an exo-cleavage mechanism. Kinetic analysis reveals that USP1/UAF1 prefers cleaving the ubiquitin-ubiquitin bond over cleavage of the ubiquitin-PCNA bond and therefore treats poly- and monoubiquitinated PCNA as different substrates. A cryo-EM structure of USP1/UAF1 with a K63-diubiquitin and structure-based mutagenesis suggests that this mechanistic preference is maintained in evolution. This unusual mechanism can cause temporal enrichment of monoubiquitinated PCNA during polyubiquitination. It will be interesting to see how this affects DDT pathway balance.
履歴
登録2024年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52316.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52316.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 300.96 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 300.96 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 300.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.836 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0192
最小 - 最大-0.34302434 - 0.5805047
平均 (標準偏差)0.000013237443 (±0.0099755805)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 300.96002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52316_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52316_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : USP1-UAF1 bound to Lys63-linked diubiquitin

全体名称: USP1-UAF1 bound to Lys63-linked diubiquitin
要素
  • 複合体: USP1-UAF1 bound to Lys63-linked diubiquitin
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 48
    • タンパク質・ペプチド: Polyubiquitin-B
  • タンパク質・ペプチド: Polyubiquitin-B
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: USP1-UAF1 bound to Lys63-linked diubiquitin

超分子名称: USP1-UAF1 bound to Lys63-linked diubiquitin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2, #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1

分子名称: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 91.785992 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHDYDI PTTENLYFQG AMGNRLSLKF FQKKETKRAL DFTDSQENEE KASEYRASEI DQVVPAAQSS PINCEKRENL LPFVGLNNL GNTCYLNSIL QVLYFCPGFK SGVKHLFNII SRKKEALKDE ANQKDKGNCK EDSLASYELI CSLQSLIISV E QLQASFLL ...文字列:
HHHHHHDYDI PTTENLYFQG AMGNRLSLKF FQKKETKRAL DFTDSQENEE KASEYRASEI DQVVPAAQSS PINCEKRENL LPFVGLNNL GNTCYLNSIL QVLYFCPGFK SGVKHLFNII SRKKEALKDE ANQKDKGNCK EDSLASYELI CSLQSLIISV E QLQASFLL NPEKYTDELA TQPRRLLNTL RELNPMYEGY LQHDAQEVLQ CILGNIQETC QLLKKEEVKN VAELPTKVEE IP HPKEEMN GINSIEMDSM RHSEDFKEKL PKGNGKRKSD TEFGNMKKKV KLSKEHQSLE ENQRQTRSKR KATSDTLESP PKI IPKYIS ENESPRPSQK KSRVKINWLK SATKQPSILS KFCSLGKITT NQGVKGQSKE NECDPEEDLG KCESDNTTNG CGLE SPGNT VTPVNVNEVK PINKGEEQIG FELVEKLFQG QLVLRTRCLE CESLTERRED FQDISVPVQE DELSKVEESS EISPE PKTE MKTLRWAISQ FASVERIVGE DKYFCENCHH YTEAERSLLF DKMPEVITIH LKCFAASGLE FDCYGGGLSK INTPLL TPL KLSLEEWSTK PTNDSYGLFA VVMHSGITIS SGHYTASVKV TDLNSLELDK GNFVVDQMCE IGKPEPLNEE EARGVVE NY NDEEVSIRVG GNTQPSKVLN KKNVEAIGLL AAQKSKADYE LYNKASNPDK VASTAFAENR NSETSDTTGT HESDRNKE S SDQTGINISG FENKISYVVQ SLKEYEGKWL LFDDSEVKVT EEKDFLNSLS PSTSPTSTPY LLFYKKLERP LSNLEPAVS RHAVPSLSRS TRG

UniProtKB: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1

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分子 #2: WD repeat-containing protein 48

分子名称: WD repeat-containing protein 48 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.130719 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: WSHPQFEKGA LEVLFQGPGM AAHHRQNTAG RRKVQVSYVI RDEVEKYNRN GVNALQLDPA LNRLFTAGRD SIIRIWSVNQ HKQDPYIAS MEHHTDWVND IVLCCNGKTL ISASSDTTVK VWNAHKGFCM STLRTHKDYV KALAYAKDKE LVASAGLDRQ I FLWDVNTL ...文字列:
WSHPQFEKGA LEVLFQGPGM AAHHRQNTAG RRKVQVSYVI RDEVEKYNRN GVNALQLDPA LNRLFTAGRD SIIRIWSVNQ HKQDPYIAS MEHHTDWVND IVLCCNGKTL ISASSDTTVK VWNAHKGFCM STLRTHKDYV KALAYAKDKE LVASAGLDRQ I FLWDVNTL TALTASNNTV TTSSLSGNKD SIYSLAMNQL GTIIVSGSTE KVLRVWDPRT CAKLMKLKGH TDNVKALLLN RD GTQCLSG SSDGTIRLWS LGQQRCIATY RVHDEGVWAL QVNDAFTHVY SGGRDRKIYC TDLRNPDIRV LICEEKAPVL KME LDRSAD PPPAIWVATT KSTVNKWTLK GIHNFRASGD YDNDCTNPIT PLCTQPDQVI KGGASIIQCH ILNDKRHILT KDTN NNVAY WDVLKACKVE DLGKVDFEDE IKKRFKMVYV PNWFSVDLKT GMLTITLDES DCFAAWVSAK DAGFSSPDGS DPKLN LGGL LLQALLEYWP RTHVNPMDEE ENEVNHVNGE QENRVQKGNG YFQVPPHTPV IFGEAGGRTL FRLLCRDSGG ETESML LNE TVPQWVIDIT VDKNMPKFNK IPFYLQPHAS SGAKTLKKDR LSASDMLQVR KVMEHVYEKI INLDNESQTT SSSNNEK PG EQEKEEDIAV LAEEKIELLC QDQVLDPNMD LRTVKHFIWK SGGDLTLHYL RSPRNSRHAV PSLSRSTRGS

UniProtKB: WD repeat-containing protein 48

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分子 #3: Polyubiquitin-B

分子名称: Polyubiquitin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.604884 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRG(ABU)

UniProtKB: Polyubiquitin-B

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分子 #4: Polyubiquitin-B

分子名称: Polyubiquitin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.54777 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQ(DAB)ESTLHLV LRLRGG

UniProtKB: Polyubiquitin-B

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHepesHepes
150.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMTCEPTris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
詳細Collected on Krios 1 at Netherlands Center for Electron Nanoscopy (NeCEN)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5833 / 平均露光時間: 2.71 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 10500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3110350
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 299304
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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