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万見
- EMDB-52308: Mouse QTRT1/2 in complex with mouse tRNA-Tyr -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52308
タイトルMouse QTRT1/2 in complex with mouse tRNA-Tyr
マップデータMap combined from 2 independent halves. Not post-processed.
試料
  • 複合体: Mouse QTRT1/2 in complex with mouse tRNA-Tyr
    • タンパク質・ペプチド: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
    • RNA: mouse tRNA-Tyr
  • リガンド: 9-DEAZAGUANINE
キーワードqueuosine / tRNA / QTRT1/2 / tRNA modification / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / tRNA-guanine transglycosylase complex / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion ...tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / tRNA-guanine transglycosylase complex / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit QTRTD1 / : / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 / Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kaczmarczyk I / Koziej L / Glatt S
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101001394European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Queuosine is incorporated into precursor tRNA before splicing.
著者: Wei Guo / Igor Kaczmarczyk / Kevin Kopietz / Florian Flegler / Stefano Russo / Ege Cigirgan / Andrzej Chramiec-Głąbik / Łukasz Koziej / Cansu Cirzi / Jirka Peschek / Klaus Reuter / Mark ...著者: Wei Guo / Igor Kaczmarczyk / Kevin Kopietz / Florian Flegler / Stefano Russo / Ege Cigirgan / Andrzej Chramiec-Głąbik / Łukasz Koziej / Cansu Cirzi / Jirka Peschek / Klaus Reuter / Mark Helm / Sebastian Glatt / Francesca Tuorto /
要旨: Each newly transcribed tRNA molecule must undergo processing and receive modifications to become functional. Queuosine (Q) is a tRNA modification present at position 34 of four tRNAs with "GUN" ...Each newly transcribed tRNA molecule must undergo processing and receive modifications to become functional. Queuosine (Q) is a tRNA modification present at position 34 of four tRNAs with "GUN" anticodons. Among these, the precursor of tRNA carries an intronic sequence within the anticodon loop that is removed by an essential non-canonical splicing event. The functional and temporal coupling between tRNA-splicing and Q-incorporation remains elusive. Here, we demonstrate in vitro and in vivo that intron-containing precursors of tRNA are modified with Q or with the Q-derivative galactosyl-queuosine (galQ) before being spliced. We show that this order of events is conserved in mouse, human, flies and worms. Using single particle cryo-EM, we confirm that pre-tRNA is a bona fide substrate of the QTRT1/2 complex, which catalyzes the incorporation of Q into the tRNA. Our results elucidate the hierarchical interplay that coordinates Q-incorporation and splicing in eukaryotic tRNAs, providing a relevant but unappreciated aspect of the cellular tRNA maturation process.
履歴
登録2024年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52308.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52308.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map combined from 2 independent halves. Not post-processed.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252. Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252. Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.001
最小 - 最大-0.0029526222 - 0.008842678
平均 (標準偏差)0.0000028198747 (±0.00015808779)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 251.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52308_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Combined half maps post-processed using sharpening B factor 104.

ファイルemd_52308_additional_1.map
注釈Combined half maps post-processed using sharpening B factor 104.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52308_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52308_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mouse QTRT1/2 in complex with mouse tRNA-Tyr

全体名称: Mouse QTRT1/2 in complex with mouse tRNA-Tyr
要素
  • 複合体: Mouse QTRT1/2 in complex with mouse tRNA-Tyr
    • タンパク質・ペプチド: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
    • RNA: mouse tRNA-Tyr
  • リガンド: 9-DEAZAGUANINE

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超分子 #1: Mouse QTRT1/2 in complex with mouse tRNA-Tyr

超分子名称: Mouse QTRT1/2 in complex with mouse tRNA-Tyr / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 120 KDa

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分子 #1: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1

分子名称: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 43.42898 KDa
組換発現生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
配列文字列: GPESAPRIMR LVAECSRSGA RAGELRLPHG TVATPVFMPV GTQATMKGIT TEQLDSLGCR ICLGNTYHLG LRPGPELIRK AQGLHGFMN WPHNLLTDSG GFQMVSLFSL SEVTEEGVHF RSPYDGEETL LSPERSVEIQ NALGSDIIMQ LDHVVSSTVT G PLVEEAMH ...文字列:
GPESAPRIMR LVAECSRSGA RAGELRLPHG TVATPVFMPV GTQATMKGIT TEQLDSLGCR ICLGNTYHLG LRPGPELIRK AQGLHGFMN WPHNLLTDSG GFQMVSLFSL SEVTEEGVHF RSPYDGEETL LSPERSVEIQ NALGSDIIMQ LDHVVSSTVT G PLVEEAMH RSVRWLDRCI AAHKHPDKQN LFAIIQGGLN ADLRTTCLKE MTKRDVPGFA IGGLSGGESK AQFWKMVALS TS MLPKDKP RYLMGVGYAT DLVVCVALGC DMFDCVYPTR TARFGSALVP TGNLQLKKKQ YAKDFSPINP ECPCPTCQTH SRA FLHALL HSDNTTALHH LTVHNIAYQL QLLSAVRSSI LEQRFPDFVR NFMRTMYGDH SLCPAWAVEA LASVGIMLT

UniProtKB: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1

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分子 #2: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2

分子名称: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 46.367172 KDa
組換発現生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
配列文字列: GPKLSLIKVV NGCRLGKIQN LGKAGDCTVD IPGCLLYTRT GSAPHLTHQT LRNIHGVPGI AQLTLSSLAE HHEVLAEYKK GVGSFIGMP ESLFYCSLHD PVTPGPAGYV TSKSVSVWGF GGRVEMTVSK FMAIQEALQP DWFQCLSDGE ASCAETTSIK R ARKSVDRS ...文字列:
GPKLSLIKVV NGCRLGKIQN LGKAGDCTVD IPGCLLYTRT GSAPHLTHQT LRNIHGVPGI AQLTLSSLAE HHEVLAEYKK GVGSFIGMP ESLFYCSLHD PVTPGPAGYV TSKSVSVWGF GGRVEMTVSK FMAIQEALQP DWFQCLSDGE ASCAETTSIK R ARKSVDRS LLFLDSCLRL QEESEVLQKS VIIGVIEGGD VMEERLRSAR ETAKRPVGGF LLDGFQGDPA VTETRLHLLS SV TAELPED KPRLICGVSR PDEVLECIER GVDLFESFFP YQVTERGCAL TFTFDCQLNP EETLLQQNGI QEKIKGLDQA KKI EATGCN QEMTSFEINL KEKKYQEDFD PLVRGCSCYC CKNHTRAYIH HLLMTNELLA GVLLMMHNFE HYFGFFCSIR EALK NDTLA QLKELICRQM F

UniProtKB: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2

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分子 #3: mouse tRNA-Tyr

分子名称: mouse tRNA-Tyr / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.201941 KDa
配列文字列:
GGCCUUCGAU AGCUCAGUUG GUAGAGCGGA GGACUGUAGA UCCUUAGGUC GCUGGUUCGA AUCCGGCUCG AAGGACCA

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分子 #4: 9-DEAZAGUANINE

分子名称: 9-DEAZAGUANINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: 9DG
分子量理論値: 150.138 Da
Chemical component information

ChemComp-9DG:
9-DEAZAGUANINE / 9-デアザグアニン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
100.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
2.0 mMDTTdithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7112 / 平均露光時間: 1.82 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1842615 / 詳細: Template picking
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta) / ソフトウェア - 詳細: 3D auto-refine / 使用した粒子像数: 283575
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: Ab-initio
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta) / ソフトウェア - 詳細: 3D auto-refine
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 164746 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta) / ソフトウェア - 詳細: 3D classification / 詳細: Blush regularisation
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

7ov9

chain_id: A, residue_range: 2-414, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelQTRT2

7ov9

chain_id: C, residue_range: 12-402, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelQTRT1
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelmouse tRNA-Tyr
詳細Isolde
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9hn7:
Mouse QTRT1/2 in complex with mouse tRNA-Tyr

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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