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- EMDB-52286: Structure of cleaved tRNA fragment bound Ba1Cas12a3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52286
タイトルStructure of cleaved tRNA fragment bound Ba1Cas12a3
マップデータ
試料
  • 複合体: Postcleavage tRNA fragment bound Ba1Cas12a3
    • タンパク質・ペプチド: Ba1Cas12a3
    • RNA: crRNA
    • RNA: target RNA
    • RNA: Cleaved 3' tRNA fragment
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードcrispar-cas nuclease / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Bacteroidota bacterium (バクテリア) / synthetic construct (人工物) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yuan B / Heinz DW
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of cleaved tRNA fragment bound Ba1Cas12a3
著者: Yuan B / Heinz DW
履歴
登録2024年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月17日-
マップ公開2025年12月17日-
更新2025年12月17日-
現状2025年12月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52286.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52286.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.91 Å/pix.
x 360 pix.
= 327.6 Å		0.91 Å/pix.
x 360 pix.
= 327.6 Å		0.91 Å/pix.
x 360 pix.
= 327.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.017
最小 - 最大-0.11138095 - 0.19374812
平均 (標準偏差)0.000031774092 (±0.0035208645)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 327.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52286_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_52286_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Postcleavage tRNA fragment bound Ba1Cas12a3

全体名称: Postcleavage tRNA fragment bound Ba1Cas12a3
要素
  • 複合体: Postcleavage tRNA fragment bound Ba1Cas12a3
    • タンパク質・ペプチド: Ba1Cas12a3
    • RNA: crRNA
    • RNA: target RNA
    • RNA: Cleaved 3' tRNA fragment
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Postcleavage tRNA fragment bound Ba1Cas12a3

超分子名称: Postcleavage tRNA fragment bound Ba1Cas12a3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Bacteroidota bacterium (バクテリア)

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分子 #1: Ba1Cas12a3

分子名称: Ba1Cas12a3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroidota bacterium (バクテリア)
分子量理論値: 135.303656 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列: METYKVTKTI RFKLEAQNVP EIQKDIEGLQ SEFNLANFVS DLKNYLDQVR NYLFSEGKEH VFVNNKITIK REWLQNHAKQ EWVDFLEKN KRNNSLNNHT RRIQMSIGDF TGLASKIEGT FDEINSICKG LADAAGAQAN KRTKRERTGL LLKRLQARKA L PSLFSLIE ...文字列:
METYKVTKTI RFKLEAQNVP EIQKDIEGLQ SEFNLANFVS DLKNYLDQVR NYLFSEGKEH VFVNNKITIK REWLQNHAKQ EWVDFLEKN KRNNSLNNHT RRIQMSIGDF TGLASKIEGT FDEINSICKG LADAAGAQAN KRTKRERTGL LLKRLQARKA L PSLFSLIE NSADKNETGN LSLQLKNKSI LIEQQLAAGV QTFLPAQSGG LPVAKASFNY YTINKKPVDF GNEKSELESR LK ISIDTIF KLTRENFSKK IEEAITADIQ KELNNGKTLL LGDVPMLGIE NYVSLRQILK NIKSNQKKAF SDLMQSGKNY NEL KATNLY LLNTIEQRQF DNYKVKTNEL EKLAVKINQA TNDNQKKELI SNKQRVAKQR GIIMRDNFAT WKSFSNFYRT ISQE HGKIL ALLKGIEKER TESQLLKYWA LILENNGQHK LILIPREKAA SCKQWIASLN PSGDKLTKLF WFESLTYRSL QKLCF GFTE NGNNKFNKNI QNLLPKDNSR KIINGEFAFQ GDEQKKIKFY QSVLESKYAQ SVLNIPIQQV QADIINQSFA SLDDFQ IAL EKICYRLFAV VEANIEAELL KNDKAQIFNI TSSDLRKEAK DKIKSHTQIW KAFWTSENKQ NNFETRLNPE ITITYRQ PK QSKIDKYGER SQKNNRYLHA QYTLITTISE HSNSPTKILS FMSDDEFKSS VDTFNKKFKK DEIKFAFGID NGEVELST L GVYFPAFDKT TYKEKVAELE KVNDYGFEVL TIRNLNYKET DYNGKERKII QNPSYFLKKE NYLRTFNKSE TAYQKMFTE QFEKKKLLTL DLTTAKVICG HIVTNGDVPA LFNLWLKHAQ RNIFEMNDHI QKETAKKIVL KNQLDTDNEK LKFAEYISKE KEFGKLNDD EKMKYTKWIF EDRDQNNFTE VENKKFKRCQ KIYGNYSTKA KAPVLFASCF IDEELQSVTD IFDVRHIFKK R EDFYALKT EEEIKQLIDS YNTNRASHDI SNEELDLKIL NTKKALVANA VGVIDFLYKH YERRLGGEGL IIKEGFGTGK VE DGIEKFS GNIYRILERK LYQKFQNYGL VPPIKSLMAV RANGIENNKN AILQLGNVGF IDPAGTSQEC PVCIEGRLEH TTT CPNKCG FNSERIMHSN DGIASFNIAK RGFNNFVKSK TDKQLEHHHH HH

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A2N2ZXC5

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分子 #2: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 20.859344 KDa
配列文字列:
GUCUAAACCG ACCCAAUAAU UUCUACUGUU GUAGAUGAGG GAUCUCGCUC CUGGAAGAUG GUGAU

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分子 #3: target RNA

分子名称: target RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.292981 KDa
配列文字列:
AAUCCCAUCA CCAUCUUCCA GGAGCGAGAU CCCUCCAAAA UC

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分子 #4: Cleaved 3' tRNA fragment

分子名称: Cleaved 3' tRNA fragment / タイプ: rna / ID: 4 / 詳細: Ala tRNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.476531 KDa
配列文字列:
GGGGCUAUAG CUCAGCUGGG AGAGCGCCUG CUUUGCACGC AGGAGGUCUG CGGUUCGAUC CCGCAUAGCU CCACCA

GENBANK: GENBANK: CP053605.1

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM TrisHCl 50mM NaCl 1mM DTT pH7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45337
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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