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- EMDB-52215: Structure of Trypanosoma cruzi Prolyl Oligopeptidase in the close... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52215
タイトルStructure of Trypanosoma cruzi Prolyl Oligopeptidase in the close state
マップデータ
試料
  • 細胞: From bacterial lysate
    • タンパク質・ペプチド: Prolyl endopeptidase
キーワードAntigen / Chagas disease / prolyl oligopeptidase / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Prolyl endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Batra S / Ragan TJ / Hesketh E / Campeotto I
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust204801/Z/16/Z 英国
Royal SocietyIESR2232167 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM led analysis of open and closed conformations of Chagas vaccine candidate TcPOP.
著者: Sagar Batra / Francisco Olmo / Timothy J Ragan / Merve Kaplan / Valeria Calvaresi / Asger Meldgaard Frank / Claudia Lancey / Mahya Assadipapari / Cuifeng Ying / Weston B Struwe / Emma L ...著者: Sagar Batra / Francisco Olmo / Timothy J Ragan / Merve Kaplan / Valeria Calvaresi / Asger Meldgaard Frank / Claudia Lancey / Mahya Assadipapari / Cuifeng Ying / Weston B Struwe / Emma L Hesketh / John M Kelly / Lea Barfod / Ivan Campeotto /
要旨: Chagas disease, caused by the protozoan parasite Trypanosoma cruzi, remains a significant global public health concern. Despite its profound health impact in both endemic and non-endemic areas, no ...Chagas disease, caused by the protozoan parasite Trypanosoma cruzi, remains a significant global public health concern. Despite its profound health impact in both endemic and non-endemic areas, no vaccine is available, and the existing therapies are outdated, producing severe side effects. The 80 kDa prolyl oligopeptidase of Trypanosoma cruzi (TcPOP) has been identified as a leading candidate for Chagas vaccine development. Here we report the three-dimensional structure of TcPOP in open and closed conformation, at a global resolution of 3.8 and 3.6 Å, respectively, determined using single-particle cryo-electron microscopy. Multiple conformations were observed and further characterized using plasmonic optical tweezers and hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry. To assess the immunogenic potential of TcPOP, we immunized female mice and evaluated both polyclonal and monoclonal responses against the TcPOP antigen and its homologues. The anti-TcPOP polyclonal response demonstrates invasion blocking properties via parasite lysis. Polyclonal sera  were cross-reactive with closely-related POPs but not with human homologues. Collectively, our findings provide structural and functional insights necessary to understand the immunogenicity of TcPOP for future Chagas vaccine development.
履歴
登録2024年11月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52215.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52215.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 128 pix.
= 167.936 Å		1.31 Å/pix.
x 128 pix.
= 167.936 Å		1.31 Å/pix.
x 128 pix.
= 167.936 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.312 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0072
最小 - 最大-0.021866392 - 0.03551581
平均 (標準偏差)0.000072804636 (±0.0009212083)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 167.936 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52215_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52215_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : From bacterial lysate

全体名称: From bacterial lysate
要素
  • 細胞: From bacterial lysate
    • タンパク質・ペプチド: Prolyl endopeptidase

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超分子 #1: From bacterial lysate

超分子名称: From bacterial lysate / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

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分子 #1: Prolyl endopeptidase

分子名称: Prolyl endopeptidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: HHHHHHSSGLVPRGSHMMRSVYPLARRSMAAYTMHNMTVPEPYDYLEDPENPETKTFVNEQNAFFEEYFASEAELRK KIFESISNSQDYPRTSNPSYINGHYYYYHNSGLQNQSVLMRAMSLTDTAPSIFLDPNSMS ...詳細: HHHHHHSSGLVPRGSHMMRSVYPLARRSMAAYTMHNMTVPEPYDYLEDPENPETKTFVNEQNAFFEEYFASEAELRK KIFESISNSQDYPRTSNPSYINGHYYYYHNSGLQNQSVLMRAMSLTDTAPSIFLDPNSMS SDGTTALKATAWSEDESMLAYSLSDKGSDWQRIHVRRADTVEDTSDVIEWAKFTAIAWWH NLGFFYTRYPALQGDVDKGAETDAAQDAFICFHRIGRPQDEDVVILSVPEHPQWNMGASV SDCHSYVIVVLFDGCEPHNLVWVAELPSVEKGLGSEPLVFKKLVNEFAGRYTYLGNEGST FYFVTTRDAPRKKIVSIDIHTGQETVIVEQQRSVLSQAALVKKTLLLAYLEDVKDVFYYC RLEDPTLNAIPLPIGTITSFFSDRKKDFVSFKITSFLLPGRSFFLDINDPQSSLRVFKDD TVEGLLVDDFVTEQTFYNSSDGVRIPMFIVYRKGSVSSESPLLLYGYGGFNIPLTPAFSS SRMVFLRDLGGVLAVLNIRGGGEYGEEWHDAGRRACKQNCFTDFIEGAKFLHRQGYGSPQ TTAIMGGSNGGLLVAAVANQAPELFRCVVCRVGVLDMYKFHKFTIGHAWKSDYGDPEKEE DFRVLQQYSPLHNIKSGIKYPAILVVTGDHDDRVVPLHSLKYVATLQHMNPNEGGPFLAR IEVAAGHGAGKPTSKILREAGDIYTFIAKNINASWKE
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 80.362367 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHSSGL VPRGSHMMRS VYPLARRSMA AYTMHNMTVP EPYDYLEDPE NPETKTFVNE QNAFFEEYFA SEAELRKKIF ESISNSQDY PRTSNPSYIN GHYYYYHNSG LQNQSVLMRA MSLTDTAPSI FLDPNSMSSD GTTALKATAW SEDESMLAYS L SDKGSDWQ ...文字列:
HHHHHHSSGL VPRGSHMMRS VYPLARRSMA AYTMHNMTVP EPYDYLEDPE NPETKTFVNE QNAFFEEYFA SEAELRKKIF ESISNSQDY PRTSNPSYIN GHYYYYHNSG LQNQSVLMRA MSLTDTAPSI FLDPNSMSSD GTTALKATAW SEDESMLAYS L SDKGSDWQ RIHVRRADTV EDTSDVIEWA KFTAIAWWHN LGFFYTRYPA LQGDVDKGAE TDAAQDAFIC FHRIGRPQDE DV VILSVPE HPQWNMGASV SDCHSYVIVV LFDGCEPHNL VWVAELPSVE KGLGSEPLVF KKLVNEFAGR YTYLGNEGST FYF VTTRDA PRKKIVSIDI HTGQETVIVE QQRSVLSQAA LVKKTLLLAY LEDVKDVFYY CRLEDPTLNA IPLPIGTITS FFSD RKKDF VSFKITSFLL PGRSFFLDIN DPQSSLRVFK DDTVEGLLVD DFVTEQTFYN SSDGVRIPMF IVYRKGSVSS ESPLL LYGY GGFNIPLTPA FSSSRMVFLR DLGGVLAVLN IRGGGEYGEE WHDAGRRACK QNCFTDFIEG AKFLHRQGYG SPQTTA IMG GSNGGLLVAA VANQAPELFR CVVCRVGVLD MYKFHKFTIG HAWKSDYGDP EKEEDFRVLQ QYSPLHNIKS GIKYPAI LV VTGDHDDRVV PLHSLKYVAT LQHMNPNEGG PFLARIEVAA GHGAGKPTSK ILREAGDIYT FIAKNINASW KE

UniProtKB: Prolyl endopeptidase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Hepes, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 36.94 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Alpha Fold
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: Dynamight / 使用した粒子像数: 163153
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Relion Initial Model
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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