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万見
- EMDB-52212: Cryo-EM structure of thiamine-bound human TPK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52212
タイトルCryo-EM structure of thiamine-bound human TPK1
マップデータ
試料
  • 複合体: Thiamine-bound TPK1 homodimer
    • タンパク質・ペプチド: Thiamine pyrophosphokinase 1
  • リガンド: 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードThiamine / Kinase / Thiamine metabolism dysfunction syndrome 5 / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Diphosphotransferases / UTP thiamine diphosphokinase activity / thiamine diphosphokinase activity / thiamine binding / thiamine metabolic process / Vitamin B1 (thiamin) metabolism / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / thiamine diphosphate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding ...Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Diphosphotransferases / UTP thiamine diphosphokinase activity / thiamine diphosphokinase activity / thiamine binding / thiamine metabolic process / Vitamin B1 (thiamin) metabolism / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / thiamine diphosphate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiamin pyrophosphokinase, eukaryotic / Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain superfamily / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiamine pyrophosphokinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gabriel F / Loew C
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用
ジャーナル: Thesis / 年: 2024
タイトル: Structural Basis of Membrane Transport and Pyrophosphorylation of Thiamine in Humans
著者: Gabriel F
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the human TPK1
著者: Gabriel F / Loew C
履歴
登録2024年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52212.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52212.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.58 Å/pix.
x 384 pix.
= 224.224 Å		0.58 Å/pix.
x 384 pix.
= 224.224 Å		0.58 Å/pix.
x 384 pix.
= 224.224 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.58392 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.4
最小 - 最大-8.474351 - 11.777547999999999
平均 (標準偏差)-0.002538921 (±0.22163823)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 224.224 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52212_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52212_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_52212_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Thiamine-bound TPK1 homodimer

全体名称: Thiamine-bound TPK1 homodimer
要素
  • 複合体: Thiamine-bound TPK1 homodimer
    • タンパク質・ペプチド: Thiamine pyrophosphokinase 1
  • リガンド: 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Thiamine-bound TPK1 homodimer

超分子名称: Thiamine-bound TPK1 homodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32 kDa/nm

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分子 #1: Thiamine pyrophosphokinase 1

分子名称: Thiamine pyrophosphokinase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.091348 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEHAFTPLEP LLSTGNLKYC LVILNQPLDN YFRHLWNKAL LRACADGGAN RLYDITEGER ESFLPEFING DFDSIRPEVR EYYATKGCE LISTPDQDHT DFTKCLKMLQ KKIEEKDLKV DVIVTLGGLA GRFDQIMASV NTLFQATHIT PFPIIIIQEE S LIYLLQPG ...文字列:
MEHAFTPLEP LLSTGNLKYC LVILNQPLDN YFRHLWNKAL LRACADGGAN RLYDITEGER ESFLPEFING DFDSIRPEVR EYYATKGCE LISTPDQDHT DFTKCLKMLQ KKIEEKDLKV DVIVTLGGLA GRFDQIMASV NTLFQATHIT PFPIIIIQEE S LIYLLQPG KHRLHVDTGM EGDWCGLIPV GQPCMQVTTT GLKWNLTNDV LAFGTLVSTS NTYDGSGVVT VETDHPLLWT MA IKSLEVL FQGPAGRAGE QKLISEEDLN SAVDHHHHHH

UniProtKB: Thiamine pyrophosphokinase 1

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分子 #2: 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-M...

分子名称: 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: VIB
分子量理論値: 265.355 Da
Chemical component information

ChemComp-VIB:
3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM / 3-(2-メチル-4-アミノピリミジン-5-イルメチル)-4-メチル-5-(2-ヒドロキシエチル)チアゾ-ル-3-イウム / 薬剤*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris-HCl
150.0 mMNaCl
0.002 %LMNG
0.0002 %CHS
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3711795
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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