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万見
- EMDB-5220: The architecture of the DNA polymerase-PCNA-DNA ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5220
タイトルThe architecture of the DNA polymerase-PCNA-DNA ternary complex
マップデータThis is a map of PolB-PCNA-DNA complex
試料
  • 試料: Pyrococcus furiosus PolB-PCNA-DNA
  • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase
  • タンパク質・ペプチド: proliferating cell nuclear antigen
  • DNA: DNA
キーワードDNA replication / DNA clamp
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Mayanagi K / Nishida H / Kiyonari S / Saito M / Kohda D / Ishino Y / Shirai T / Morikawa K
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011
タイトル: Architecture of the DNA polymerase B-proliferating cell nuclear antigen (PCNA)-DNA ternary complex.
著者: Kouta Mayanagi / Shinichi Kiyonari / Hirokazu Nishida / Mihoko Saito / Daisuke Kohda / Yoshizumi Ishino / Tsuyoshi Shirai / Kosuke Morikawa /
要旨: DNA replication in archaea and eukaryotes is executed by family B DNA polymerases, which exhibit full activity when complexed with the DNA clamp, proliferating cell nuclear antigen (PCNA). This ...DNA replication in archaea and eukaryotes is executed by family B DNA polymerases, which exhibit full activity when complexed with the DNA clamp, proliferating cell nuclear antigen (PCNA). This replication enzyme consists of the polymerase and exonuclease moieties responsible for DNA synthesis and editing (proofreading), respectively. Because of the editing activity, this enzyme ensures the high fidelity of DNA replication. However, it remains unclear how the PCNA-complexed enzyme temporally switches between the polymerizing and editing modes. Here, we present the three-dimensional structure of the Pyrococcus furiosus DNA polymerase B-PCNA-DNA ternary complex, which is the core component of the replisome, determined by single particle electron microscopy of negatively stained samples. This structural view, representing the complex in the editing mode, revealed the whole domain configuration of the trimeric PCNA ring and the DNA polymerase, including protein-protein and protein-DNA contacts. Notably, besides the authentic DNA polymerase-PCNA interaction through a PCNA-interacting protein (PIP) box, a novel contact was found between DNA polymerase and the PCNA subunit adjacent to that with the PIP contact. This contact appears to be responsible for the configuration of the complex specific for the editing mode. The DNA was located almost at the center of PCNA and exhibited a substantial and particular tilt angle against the PCNA ring plane. The obtained molecular architecture of the complex, including the new contact found in this work, provides clearer insights into the switching mechanism between the two distinct modes, thus highlighting the functional significance of PCNA in the replication process.
履歴
登録2010年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年12月8日-
マップ公開2012年8月22日-
更新2012年8月22日-
現状2012年8月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5220_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5220.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 670.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map of PolB-PCNA-DNA complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.25 / ムービー #1: 2.25
最小 - 最大-3.8578527 - 8.5686512
平均 (標準偏差)-0.00000002 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-9-9-9
サイズ565656
Spacing565656
セルA=B=C: 173.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.13.13.1
M x/y/z565656
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z173.600173.600173.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-99-99-99
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-9-9-9
NC/NR/NS565656
D min/max/mean-3.8588.569-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pyrococcus furiosus PolB-PCNA-DNA

全体名称: Pyrococcus furiosus PolB-PCNA-DNA
要素
  • 試料: Pyrococcus furiosus PolB-PCNA-DNA
  • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase
  • タンパク質・ペプチド: proliferating cell nuclear antigen
  • DNA: DNA

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超分子 #1000: Pyrococcus furiosus PolB-PCNA-DNA

超分子名称: Pyrococcus furiosus PolB-PCNA-DNA / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse
集合状態: One PolB binds to one trimer of PCNA and primed DNA
Number unique components: 3
分子量理論値: 210 KDa

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分子 #1: DNA polymerase

分子名称: DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: PolB / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 104 KDa

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分子 #2: proliferating cell nuclear antigen

分子名称: proliferating cell nuclear antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: PCNA / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 104 KDa

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分子 #3: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 3 / Name.synonym: DNA / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 23 KDa

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl,5 mM MgCl2
グリッド詳細: 200 mesh Cu grid with carbon support film
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1010
アライメント法Legacy - 非点収差: objective astigmatism was corrected using a quadrupole stigmator at 400,000 times magnification.
詳細minimum dose
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 400000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry standard / 試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, IMAGIC / 使用した粒子像数: 18897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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