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万見
- EMDB-52153: Cytoplasmic ring of the nuclear pore complex from wild-type mouse... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52153
タイトルCytoplasmic ring of the nuclear pore complex from wild-type mouse embryonic stem cell
マップデータCytoplasmic ring of the nuclear pore complex from wild-type mouse embryonic stem cell
試料
  • 複合体: Cytoplasmic ring of the nuclear pore complex from wild-type mouse embryonic stem cell
キーワードcomplex / nuclear transport / nuclear envelope / TRANSPORT PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 28.7 Å
データ登録者Taniguchi R / Beck M
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)101054823European Union
引用ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2025
タイトル: Nuclear pores safeguard the integrity of the nuclear envelope.
著者: Reiya Taniguchi / Clarisse Orniacki / Jan Philipp Kreysing / Vojtech Zila / Christian E Zimmerli / Stefanie Böhm / Beata Turoňová / Hans-Georg Kräusslich / Valérie Doye / Martin Beck /
要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) mediate nucleocytoplasmic exchange, which is essential for eukaryotes. Mutations in the central scaffolding components of NPCs are associated with genetic diseases, but ...Nuclear pore complexes (NPCs) mediate nucleocytoplasmic exchange, which is essential for eukaryotes. Mutations in the central scaffolding components of NPCs are associated with genetic diseases, but how they manifest only in specific tissues remains unclear. This is exemplified in Nup133-deficient mouse embryonic stem cells, which grow normally during pluripotency, but differentiate poorly into neurons. Here, using an innovative in situ structural biology approach, we show that Nup133 mouse embryonic stem cells have heterogeneous NPCs with non-canonical symmetries and missing subunits. During neuronal differentiation, Nup133-deficient NPCs frequently disintegrate, resulting in abnormally large nuclear envelope openings. We propose that the elasticity of the NPC scaffold has a protective function for the nuclear envelope and that its perturbation becomes critical under conditions that impose an increased mechanical load onto nuclei.
履歴
登録2024年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52153.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52153.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cytoplasmic ring of the nuclear pore complex from wild-type mouse embryonic stem cell
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.73 Å/pix.
x 100 pix.
= 1072.8 Å		10.73 Å/pix.
x 100 pix.
= 1072.8 Å		10.73 Å/pix.
x 100 pix.
= 1072.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.728 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.82489234 - 1.1319985
平均 (標準偏差)-0.00012050168 (±0.09245166)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 1072.7999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52153_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Consensus map of the asymmetric unit of the...

ファイルemd_52153_additional_1.map
注釈Consensus map of the asymmetric unit of the nuclear pore complex from wild-type mouse embryonic stem cell
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Composite map of the asymmetric unit of the...

ファイルemd_52153_additional_2.map
注釈Composite map of the asymmetric unit of the nuclear pore complex from wild-type mouse embryonic stem cell
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: C8-symmetrized composite map of the nuclear pore complex...

ファイルemd_52153_additional_3.map
注釈C8-symmetrized composite map of the nuclear pore complex from wild-type mouse embryonic stem cells
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of the cytoplasmic ring of the...

ファイルemd_52153_half_map_1.map
注釈Half map of the cytoplasmic ring of the nuclear pore complex from wild-type mouse embryonic stem cell
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of the cytoplasmic ring of the...

ファイルemd_52153_half_map_2.map
注釈Half map of the cytoplasmic ring of the nuclear pore complex from wild-type mouse embryonic stem cell
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cytoplasmic ring of the nuclear pore complex from wild-type mouse...

全体名称: Cytoplasmic ring of the nuclear pore complex from wild-type mouse embryonic stem cell
要素
  • 複合体: Cytoplasmic ring of the nuclear pore complex from wild-type mouse embryonic stem cell

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超分子 #1: Cytoplasmic ring of the nuclear pore complex from wild-type mouse...

超分子名称: Cytoplasmic ring of the nuclear pore complex from wild-type mouse embryonic stem cell
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Subtomogram average of the cytoplasmic ring of the wild-type mES NPC, determined from in situ cryo-ET data
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: mES HM1 line

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 300 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: novaSTA / 使用したサブトモグラム数: 1450
抽出トモグラム数: 109 / 使用した粒子像数: 3569
CTF補正ソフトウェア - 名称: NOVACTF / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: novaSTA
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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