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- EMDB-52056: Cryo-EM structure of photosystem II C2S2M2L2 supercomplex from th... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52056
タイトルCryo-EM structure of photosystem II C2S2M2L2 supercomplex from the green alga Chlorella ohadii
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem II supercomplex C2S2M2L2
    • 複合体: Photosystem II core complex (C2)
      • タンパク質・ペプチド: x 22種
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 21種
キーワードsupercomplex / photosynthesis / chlorophyll / algae / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / eukaryotic 48S preinitiation complex / transcription factor TFIIA complex ...chloroplast thylakoid / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / eukaryotic 48S preinitiation complex / transcription factor TFIIA complex / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / translation initiation factor activity / cell redox homeostasis / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribosome binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / calcium ion binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbR / Photosystem II PsbY, plant / Photosystem II 10 kDa polypeptide PsbR / PsbP, C-terminal / : / PsbP / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 ...Photosystem II PsbR / Photosystem II PsbY, plant / Photosystem II 10 kDa polypeptide PsbR / PsbP, C-terminal / : / PsbP / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Transcription factor IIA, beta-barrel / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Chloroplast photosystem II 10 kDa protein / Photosystem II reaction center protein M / Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3 / Photosystem II reaction center protein I / Chloroplast PsbY / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic ...Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Chloroplast photosystem II 10 kDa protein / Photosystem II reaction center protein M / Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3 / Photosystem II reaction center protein I / Chloroplast PsbY / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PWWP domain-containing protein / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein K / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein Z / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II CP47 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorella ohadii (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Kopecny D / Kouril R / Ardhad R / Skalidis I / Kastritis P
資金援助 チェコ, ドイツ, European Union, 6件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCZ.02.01.01/00/22_008/0004624 チェコ
Czech Science Foundation23-07744S チェコ
Other governmentMZE-RO0423
German Research Foundation (DFG)391498659 (RTG 2467); SFB 1664 (TP D1) ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HN23; 03Z22HI2; 03COV04 ドイツ
European Regional Development FundZS/2016/04/78115European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structure of photosystem II supercomplex from a green microalga with extreme phototolerance.
著者: Rameez Arshad / Ioannis Skalidis / David Kopečný / Sylva Brabencová / Monika Opatíková / Petr Ilík / Pavel Pospíšil / Farzad Hamdi / Sanja Ćavar Zeljković / Martina Kopečná / ...著者: Rameez Arshad / Ioannis Skalidis / David Kopečný / Sylva Brabencová / Monika Opatíková / Petr Ilík / Pavel Pospíšil / Farzad Hamdi / Sanja Ćavar Zeljković / Martina Kopečná / Pavel Roudnický / Dušan Lazár / Eduard Elias / Roberta Croce / Panagiotis L Kastritis / Roman Kouřil /
要旨: Photosystem II (PSII) is essential for energy conversion during oxygenic photosynthesis in plants and algae. Chlorella ohadii, one of the fastest multiplying green algae, thrives under the harsh ...Photosystem II (PSII) is essential for energy conversion during oxygenic photosynthesis in plants and algae. Chlorella ohadii, one of the fastest multiplying green algae, thrives under the harsh desert sun but lacks the standard PSII photoprotective mechanisms involving LhcSR/PsbS proteins or protein phosphorylation. Here, we present the cryo-EM structure of the PSII supercomplex from C. ohadii at 2.9 Å resolution, which is used to determine whether the exceptional resistance to desert conditions has a structural basis in PSII. The structure reveals a distinct PsbO isoform and additional subunits, PsbR and PsbY, which enhance core complex stability through extensive interactions. Furthermore, the trimeric light-harvesting complexes (LHCII) are bound to the PSII core by specific light-harvesting proteins whose down-regulation in response to high-light conditions implies a reduction in the number of bound LHCII trimers. These structural modifications, together with the high accumulation of specific polyamines in the thylakoid membrane, play a key role in maintaining PSII stability and photoprotection, allowing C. ohadii to survive in extreme conditions.
履歴
登録2024年11月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52056.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52056.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 480 pix.
= 454.56 Å		0.95 Å/pix.
x 480 pix.
= 454.56 Å		0.95 Å/pix.
x 480 pix.
= 454.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.947 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.73977584 - 1.291522
平均 (標準偏差)0.0009657982 (±0.04197028)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 454.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52056_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52056_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem II supercomplex C2S2M2L2

全体名称: Photosystem II supercomplex C2S2M2L2
要素
  • 複合体: Photosystem II supercomplex C2S2M2L2
    • 複合体: Photosystem II core complex (C2)
      • タンパク質・ペプチド: Chloroplast photosystem II 10 kDa protein
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
      • タンパク質・ペプチド: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1b (PsbO)
      • タンパク質・ペプチド: PWWP domain-containing protein
      • タンパク質・ペプチド: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
      • タンパク質・ペプチド: Chloroplast PsbY
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Psb30
      • タンパク質・ペプチド: PSII 6.1 kDa protein
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein X (PsbX)
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-I
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: ALPHA-LINOLENIC ACID
  • リガンド: STEARIC ACID
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: PALMITOLEIC ACID

+
超分子 #1: Photosystem II supercomplex C2S2M2L2

超分子名称: Photosystem II supercomplex C2S2M2L2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#29
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)

+
超分子 #2: Photosystem II core complex (C2)

超分子名称: Photosystem II core complex (C2) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4, #6-#20, #23-#27, #29
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)

+
分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-I

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GenBank accession XHY80384 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 26.744256 KDa
配列文字列: MQAALAQRLA LVKPTRGARK QVTRAAVEFY GPDRAKWLGP FSEGSVPSYL KGEFPGDYGW DTAGLSADPE TFARYREIEV IHARWAMLG ALGCLTPELL QNNGAADFGE AAVWFKAGAS IFNEDGLNYL GNPSLIHAQS IVAVLLTQLV IMGAAEAYRY S GEGPVETS ...文字列:
MQAALAQRLA LVKPTRGARK QVTRAAVEFY GPDRAKWLGP FSEGSVPSYL KGEFPGDYGW DTAGLSADPE TFARYREIEV IHARWAMLG ALGCLTPELL QNNGAADFGE AAVWFKAGAS IFNEDGLNYL GNPSLIHAQS IVAVLLTQLV IMGAAEAYRY S GEGPVETS GDSLYPGGFF DPLGLADDPD TLAELKVKEI KNGRLAMFSM FGFFVQGLVT GKSPLENLAD HLAEPSVNNG FA SATKFLP LP

+
分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 26.604174 KDa
配列文字列: MQAALSQRLA AIKPSGRATR QVTRASVEWY GPNRPQFLGP FSNPPSYLKG EFPGDYGWDT AGLSADPETF ARYRELEVIH ARWAMLGAL GCVTPELLQR NGVANFGEAV WFKAGAQIFQ EGGLDYLGNP SLIHAQSIVA ILLTQLVLMG LIEGYRVNGG P AGEGLDAL ...文字列:
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UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: UniProt accession A0AAD5DXI2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 27.506311 KDa
配列文字列: MALSLKVTAT FGGKTKAGTK AGTKKGTQKQ ATTKKAAPKK SSSGASQWYG PDRPKFLGPY STNFVPSYLT GEFPGDYGWD TSGLSADPA TFARYREIEV IHARWAMLGA LGCVVPELLD GTNHIAWFKA GAEIFGDDGI QYLGIPGLIN AKSIVATLIV Q VVLMSYVE ...文字列:
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UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #4: Chloroplast photosystem II 10 kDa protein

分子名称: Chloroplast photosystem II 10 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 14.953089 KDa
配列文字列:
MQATFAGSKL QLGARVSRKS VNTTVVASSG KKIDISKQGL NSIQNETVKL NLMGKSKTME SKDWVDPQGR KGKGYGVYRF ANKYGANVD GYSPIYTPDT WSESGDSYKL GTKGLIAWAG LIVVLLGVGI NLVISTSALG Q

UniProtKB: Chloroplast photosystem II 10 kDa protein

+
分子 #5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 26.169717 KDa
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UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #6: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 39.040438 KDa
配列文字列: MTAILERRES TSLWARFCEW VTSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AIIPTSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIVCHF FLGVCSYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVFI I YPLGQGSF ...文字列:
MTAILERRES TSLWARFCEW VTSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AIIPTSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIVCHF FLGVCSYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVFI I YPLGQGSF SDGMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH MLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESANEGYK FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLAA WPVVGIWFTA LGISTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADI INRANL GMEVMHERNA HNFPLDLAVV EAPAVNG

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #7: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 56.199801 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTSLV SGWAGSMAFY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVLPFMTRLG ITQSWGGWTI SGETASNPG IWSYEGVAAA HIILSGLLFA ASIWHWVYWD LELFRDPRTS NPALDLPKIF GIHLFLSGLL CFGFGAFHVT G LFGPGIWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTSLV SGWAGSMAFY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVLPFMTRLG ITQSWGGWTI SGETASNPG IWSYEGVAAA HIILSGLLFA ASIWHWVYWD LELFRDPRTS NPALDLPKIF GIHLFLSGLL CFGFGAFHVT G LFGPGIWV SDPYGITGTV QAVAPSWDAT GFDPYNPGGI SAHHIAAGIL GVLAGLFHLC VRPPQRLYNG LRMGNIETVL SS SIAAVFW AAFVVSGTMW YGSAATPIEL FGPTRYQWDL GFFQQEIERR VQTSLAEGKS ASQAWAEIPE KLAFYDYIGN NPA KGGLFR AGAMNSGDGI AVGWLGHAVF KDKQGNELFV RRMPTFFETF PVVLLDKDGV VRADVPFRRS ESKYSIEQVG VSVT FYGGE LDGVTFSDPA TVKKYARRAQ LGEIFEFDRA TLQSDGVFRT SPRGWFTFAH LCFALLFFFG HIWHGARTIF RDVFA GIDA DLDEQVEFGA FLKLGDTSTR RQSV

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

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分子 #8: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: GenBank accession AII02053 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 52.106496 KDa
配列文字列: MKNLYSLRRF YHVETLFNGS LVVGGRDQES TGFAWWAGNA RLINLSGKLL GAHVAHAGLI VFWAGAMNLF EVAHFVPEKP MYEQGLILL PHLATLGYGV GPGGEVIDTY PYFVSGVLHL ISSAVLGFGG VYHSLVGPET LEESFPFFGY VWKDKNKMTT I LGIHLIVL ...文字列:
MKNLYSLRRF YHVETLFNGS LVVGGRDQES TGFAWWAGNA RLINLSGKLL GAHVAHAGLI VFWAGAMNLF EVAHFVPEKP MYEQGLILL PHLATLGYGV GPGGEVIDTY PYFVSGVLHL ISSAVLGFGG VYHSLVGPET LEESFPFFGY VWKDKNKMTT I LGIHLIVL GLGAWLLVWK AMYFGGIYDT WAPGGGDVRI ITNPTVSPGV IFGYLFRSPF GGDGWIVSVD NMEDVIGGHI WI GTLCIFG GIWHILTKPW AWARRAFVWS GEAYLSYSLG AISIMGFTAC CMAWFNTTAY PSEFYGPTGP EASQSQTFTF LVR DQRLGA NVASAQGPTG LGKYLMRSPT GEIIFGGETM RFWDFRGPWL EPLRGPNGLD LNKLKNDIQP WQERRAAEYM THAP LGSLN SVGGVATEIN AVNYVSPRSW LATSHFCLGF FFFVGHLWHA GRARAAAAGF EKGIDRDNEP VLSMRPLD

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #9: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 39.534211 KDa
配列文字列: MTIAIGKTQE KRGWFDVVDD WLRRDRFVFV GWSGLLLFPT AYLALGGWFT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTAAVST PANSMGHSL LFLWGPEAQG DFTRWCQLGG LWTFVALHGS FSLIGFMLRQ FEIARSVKIR PYNAIAFSAP ISVFVSVFLI Y PLGQSGWF ...文字列:
MTIAIGKTQE KRGWFDVVDD WLRRDRFVFV GWSGLLLFPT AYLALGGWFT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTAAVST PANSMGHSL LFLWGPEAQG DFTRWCQLGG LWTFVALHGS FSLIGFMLRQ FEIARSVKIR PYNAIAFSAP ISVFVSVFLI Y PLGQSGWF FAPSFGVAAI FRFILFFQGF HNWTLNPFHM MGVAGVLGAA LLCAIHGATV ENTLFEDGDG ANTFRAFNPT QA EETYSMV TANRFWSQIF GVAFSNKRWL HFFMLFVPVT GLWMSAIGVV GLALNLRAYD FVSQEIRAAE DPEFETFYTK NIL LNEGIR AWMAAQDQPH EKLVFPEEVL PRGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #10: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 9.449626 KDa
配列文字列:
MSGATGERPF SDILTSIRYW VIHSITIPSL FIAGWLFVST GLAYDVFGSP RPNEYFTEDR QETPLITDRF NALEQVKKLS EVN

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #11: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 4.72264 KDa
配列文字列:
MTARKSYTYP IFTVRWLAVH ALAVPTVFFL GAITAMQFIQ R

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 8.575999 KDa
配列文字列:
MATGTTSKVK SEDTGISTPL GTLLKPLNSE YGKVAPGWGT TVLMGIFMAL FAVFLVIILE IYNSSVLLDD VTMSWESLAK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 詳細: UniProt acession A0A5P4ND48 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 4.386098 KDa
配列文字列:
MLTLKIFVYT VVTFFVSLFI FGFLSNDPGR NPGQRELD

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 詳細: UniProt accession W8TIH6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 4.246948 KDa
配列文字列:
MSNTGTTGRI PLWLVGTVAG VAVIALVGIF FYGSYVGLGS SL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein J

+
分子 #15: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 詳細: UniProt A0A076EAP2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 4.681705 KDa
配列文字列:
MLLLAKLPEA YAPFDPIVDV LPVIPVLFLL LALVWQASVS FR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 詳細: Uniprot W8SKK5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 4.391162 KDa
配列文字列:
MAKPNPNKQS VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSSYIFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #17: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 詳細: UniProt A0A5P4NAV9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 3.751495 KDa
配列文字列:
MEVNILGVIA TALFIIIPTS FLLILYVKTA SQEQ

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #18: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1b (PsbO)

分子名称: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1b (PsbO)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 詳細: GenBank accession XHY80383 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 31.55959 KDa
配列文字列: MLAATAPFKP AAAAAAPSAA RPRGRCAAAV RCAAARPEGP QGAWVERCAR GAAAFAGSLL MAQAALAGNF TFDELQAKSY LEVKGSTLA NQCPILGADA QQGLGDVKPG TFQLDKFCME PSSFKVKMPG SKEFEPSTLL TRNTYSLDQM TGSVTVKGDG S VALKQQDG ...文字列:
MLAATAPFKP AAAAAAPSAA RPRGRCAAAV RCAAARPEGP QGAWVERCAR GAAAFAGSLL MAQAALAGNF TFDELQAKSY LEVKGSTLA NQCPILGADA QQGLGDVKPG TFQLDKFCME PSSFKVKMPG SKEFEPSTLL TRNTYSLDQM TGSVTVKGDG S VALKQQDG IDFAPVTVKI RGGEMVPFMF TVKNLNIEGK ADGLTGDFTV PSYRGATFMD PQGRGAASGW EYVKGLAAAG AQ EELAAEN VKSAAATVGE AAFAIASTDA ATGEIAGVFV TRQLADDDLG SKDPATIEIE GIWYGQLS

+
分子 #19: PWWP domain-containing protein

分子名称: PWWP domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / 詳細: UniProt A0AAD5H4X0 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 94.77907 KDa
配列文字列: METLQAELKP KSAPQTGEAA GLRLVFKGGG LKHLLGHGRK QASGPWRQGG SEQQDGDWPS PGEAAALTDS PGRPFSPSSA EASPAVPPG APSGAAPGPR SVHGQPPGKA PYPDDRTPEA QAARAQSQPA AAAAATAAAA PGAAAAGAAA PGAAPPAAVT A EPNGAPAA ...文字列:
METLQAELKP KSAPQTGEAA GLRLVFKGGG LKHLLGHGRK QASGPWRQGG SEQQDGDWPS PGEAAALTDS PGRPFSPSSA EASPAVPPG APSGAAPGPR SVHGQPPGKA PYPDDRTPEA QAARAQSQPA AAAAATAAAA PGAAAAGAAA PGAAPPAAVT A EPNGAPAA AGPRSVHSQP PGKGVHPDDP AYRGPVPTGP EGPASQQQPH SSAAVQGSGG DGEGGDGSAG ARSVYGQPPG KN AVQIQQI AAASTQLDQA DDDEEPLSPM SAGGPPHAAP WHQPQQPAKP SGSGQRRPSS AQGAAAAGAA VAHQYKPGDI VWA KIGVYP WWPAQLQRPT ADEHFKPKHA TTDLFCVFYG SNDYNWLPPN QIKPFHESHP DYERHAAVKN RKLQQAIDQL ALAP LCKLS EVTAAVTMQA LSSSKLIASG VQAKSQQQRS ARAAVVVRAS AEGVDRRAAL GLLAAAAAVS TAQPSEAAYG DAARV FAGN ITNKSGFIPY AGEGFALLIP SKWNPSKEQD FPGVVLRYED NGDAVNNLVV LVQKVGKNNI DELGSPDKFL QDNAYL FGE SAAFTGETLS EGGFLPNKVA AASVLDVQEA TDKKGKKYYK YEVLTRSADG DEGGRHQLIA ATVSNGNLYL IKVQCGD KR WFKGAKREAI GAWDSFTVVS VLGR(UNK)VRALW EAKLVATGVI GEPSNEGQQV IQQQLRVGLP PGMAAMPYAA ALQQ QQLLA IRQQQLAAAA AAGGARGALP VGVPPHLLAQ GAAGQPVHMA ALHQMMQAQA QAQAAQAQAA QAQVAQAQAQ AAALA AEQK RKLDAGVAEY REAKQQRTIP QQDGPADDAG EEGGGAAEEG GAAAEEEDDD DPLTEDEEGS GDEVDEAAVA NVVLGQ FEK VQRSKSKWKI VLKDCVLTLD NRDYLCRKVT GEMDFS

UniProtKB: PWWP domain-containing protein

+
分子 #20: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3

分子名称: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / 詳細: UniProt A0A5P4NB29 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 21.618646 KDa
配列文字列: MQTVAQKAFA GSAVRSAATT PRAARAAVVV RASAESRRAV LGGLVAGVAA LTASSAQALD LFDDRKARQA GFDIIYEARD LDLPQGVRD GLAQARENLD VAKARIKEAE KRIDADLDAY IAKAYWTEGR NELRRQVGTL RFDLNAVADT LPKAAKKEAQ A AKNEFLAA ...文字列:
MQTVAQKAFA GSAVRSAATT PRAARAAVVV RASAESRRAV LGGLVAGVAA LTASSAQALD LFDDRKARQA GFDIIYEARD LDLPQGVRD GLAQARENLD VAKARIKEAE KRIDADLDAY IAKAYWTEGR NELRRQVGTL RFDLNAVADT LPKAAKKEAQ A AKNEFLAA VEALDLQLRK KNGDKAAAAL ADTKAKLDAV IAKLA

UniProtKB: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3

+
分子 #21: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 詳細: UniProt A0AAD5E2W2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 31.706676 KDa
配列文字列: MQTVALFGSQ GTKASLLDAT NLLKGKGTAS KTAAKPAAKP AAKPAAKPAV KKAAPSRGGT ERSGGAGYRQ YSGDALWLPN TERPAWLDG SLPGDRGFDP LGLSRPAEYL QIDLDELDQN AAVNKAGGVV GAFTPVADQV STDSLAPYSE VFGLQRFREC E LIHGRWAM ...文字列:
MQTVALFGSQ GTKASLLDAT NLLKGKGTAS KTAAKPAAKP AAKPAAKPAV KKAAPSRGGT ERSGGAGYRQ YSGDALWLPN TERPAWLDG SLPGDRGFDP LGLSRPAEYL QIDLDELDQN AAVNKAGGVV GAFTPVADQV STDSLAPYSE VFGLQRFREC E LIHGRWAM LACLGALVQE GVTGDSWVAA QTLVYNQPQY AGIDLPFDIY TLAVLNSVLM G(UNK)VELFRNSE LDPERRCY P GGAFDPLNLA SDDSERTQKL REAEIKHARL AMVSFLGYTV QAWYTGEGAL GSLNKFANGF

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #22: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / 詳細: GenBank accession XJP35395 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 30.85307 KDa
配列文字列: MVAMAALRVQ ALFGKGAKAA PKKAAKSAPA PAKKGGVSRS GGWLGSDSQN INLDKWYGPD RVLYLPGGLL ARDEINPVLN GTLPGDYGY DPLGLAKDAE TLAKYRANEL LHARWAMLAA AGAIIPEGLA ANGADVKGAT WFETGAAMLN GGTLNWFAVP F VNFNNPLP ...文字列:
MVAMAALRVQ ALFGKGAKAA PKKAAKSAPA PAKKGGVSRS GGWLGSDSQN INLDKWYGPD RVLYLPGGLL ARDEINPVLN GTLPGDYGY DPLGLAKDAE TLAKYRANEL LHARWAMLAA AGAIIPEGLA ANGADVKGAT WFETGAAMLN GGTLNWFAVP F VNFNNPLP LFAVVAINVA LMAAAENYRR TEDGPAGYAP GVGKFDESVY SNMDNLYPGG PFDPLGLADD PEVLAELKVK EI KNGRLAM VSFLGFAVQA AVTGEGPYAN WSKHVADPFG YNLLTILSSE DRAAVL

+
分子 #23: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / 詳細: UniProt W8SY98 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 3.605399 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL VGTLGIIFFA IFFREPPRIV K

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #24: Chloroplast PsbY

分子名称: Chloroplast PsbY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / 詳細: Uniprot accession A0A5P4NEE0 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 36.784391 KDa
配列文字列: MQAAACTAAP ALKGCRAALP ARAPRAQRAV VRAQAGKLDV QEAVAKSAAL AGFSAALLSA GSANAAMEVA SIAAGDNRFG TIALLAVPV LGWVGFNILN PLQNQLDAMS TGQYTGVAAG GAKKATKKRG IAAGLGLTAA SLLAAQQADA AQQVADLAAG D NRFGTIAL ...文字列:
MQAAACTAAP ALKGCRAALP ARAPRAQRAV VRAQAGKLDV QEAVAKSAAL AGFSAALLSA GSANAAMEVA SIAAGDNRFG TIALLAVPV LGWVGFNILN PLQNQLDAMS TGQYTGVAAG GAKKATKKRG IAAGLGLTAA SLLAAQQADA AQQVADLAAG D NRFGTIAL LAVPVIGWVL FNILGPLQNQ LNAMSQDAPA PKKATKKRGI AAGLGLTAAS LLATQSAEAA QQVADLAAGD NR FGTIALL AVPVLGWVGF NILNPLQNQL DAMSTGQYTG VAAGGAKKAT KKRGIAAGLG LTAASLMATQ SAEAAQQVAD LAA GDNRFG TIALLAVPVI GWVLFNILGP LQNQLNAMSQ EKPAAKGGKR K

UniProtKB: Chloroplast PsbY

+
分子 #25: Photosystem II reaction center protein Psb30

分子名称: Photosystem II reaction center protein Psb30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / 詳細: UniProt A0A076EAR3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 3.450207 KDa
配列文字列:
MNLEIVLQLT ALLFIVAAGP LVIVLLSSRG GNL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Psb30

+
分子 #26: PSII 6.1 kDa protein

分子名称: PSII 6.1 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / 詳細: UniProt A0AAD5DZE4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 49.141957 KDa
配列文字列: MAHQDCRFYE QQYPEVDEVV MVQVRSIAEM GAYVSLLEYG NIEGMILLSE LSRRRIRSVQ KLIKVGRQEP VMVLRVDKEK GYIDLSKRR VSPEDLAKCE DRFAKSKLVH SIMRHVAETT GCNLEQLYTE VAWPLYHMYG HAYNAFATMV SDAESEAVFK R LADEAHGG ...文字列:
MAHQDCRFYE QQYPEVDEVV MVQVRSIAEM GAYVSLLEYG NIEGMILLSE LSRRRIRSVQ KLIKVGRQEP VMVLRVDKEK GYIDLSKRR VSPEDLAKCE DRFAKSKLVH SIMRHVAETT GCNLEQLYTE VAWPLYHMYG HAYNAFATMV SDAESEAVFK R LADEAHGG NVPPVLSQAV KDGILVNIRR RLTPQPIKIR ADVEMTCFAY DGVEKIKESM RAAQAAGTTA CPVSMKLVAA PR YVLTTQT LDKAQGIEVL TKAVEACKAA IEGSKGRMVV KEEARAVSEK EERALEEELQ AAEAANREVS GDTDEDEEFE EGM DVDVDK AGLQTALCQA LRAPVASKAQ TRSNAGRTVV VCRAQQQNLA AKAAAAGVSV PALLAAHPAL ALVDDRLAGE GTGK ILGIN DPSLFWAITI VFTIVWGVFY VSTREIDAAS DRENDDDFGL TL

UniProtKB: PSII 6.1 kDa protein

+
分子 #27: Photosystem II reaction center protein X (PsbX)

分子名称: Photosystem II reaction center protein X (PsbX) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / 詳細: UniProt A0AAD5H2N2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 9.831387 KDa
配列文字列:
MQAALCSSQT AFVRPTVAAK PQQRAARAAR PVVCSAVKKE QVAAGVTAAA AAVLANPLAA QAAATPSLNN LIGSVVAGGL VLAAIAGAI TAVSNFDSIR R

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #28: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / 詳細: UniProt accession A0AAD5DNU0 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 27.530293 KDa
配列文字列: MQTVAARTGV AASGATRRVT SMRRTVKAKP VKSDSVWYGP DRPKFLGPFS DGLVPAYLTG EFPGDYGWDT SGLSADPETF KKYRTIEVI HARWAMLGAL GCIFPEVLEK YSGVQFGEAV WFKAGAQIFA DGGLNYLGNS GLVHAQSIVA TLVVQVLLMG A VEIYRANG ...文字列:
MQTVAARTGV AASGATRRVT SMRRTVKAKP VKSDSVWYGP DRPKFLGPFS DGLVPAYLTG EFPGDYGWDT SGLSADPETF KKYRTIEVI HARWAMLGAL GCIFPEVLEK YSGVQFGEAV WFKAGAQIFA DGGLNYLGNS GLVHAQSIVA TLVVQVLLMG A VEIYRANG EGPNGFGEGQ DTLYPGGAFD PLGLADDPDT LAELKVKEIK NGRLAMLSML GFFVQAIVTG KGPLDNLLQH LE EPGEFNF YALYANSLA

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #29: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / 詳細: UniProt accession W8SKL0 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 6.727147 KDa
配列文字列:
MLLIFQLALF AFIVVSFLLV VGVPVVLATP EGWAENKGTV FSGIGIWFLL VFLVGILNSF VV

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #30: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 120 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #31: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 264 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #32: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 48 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #33: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 42 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #34: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 22 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #35: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 8 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #36: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 6 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

+
分子 #37: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #38: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A

+
分子 #39: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 20 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #40: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 8 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #41: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 22 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #42: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #43: ALPHA-LINOLENIC ACID

分子名称: ALPHA-LINOLENIC ACID / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 22 / 式: LNL
分子量理論値: 278.43 Da
Chemical component information

ChemComp-LNL:
ALPHA-LINOLENIC ACID

+
分子 #44: STEARIC ACID

分子名称: STEARIC ACID / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 2 / 式: STE
分子量理論値: 284.477 Da
Chemical component information

ChemComp-STE:
STEARIC ACID

+
分子 #45: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #46: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 8 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #47: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #48: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION

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分子 #49: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #50: PALMITOLEIC ACID

分子名称: PALMITOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 2 / 式: PAM
分子量理論値: 254.408 Da
Chemical component information

ChemComp-PAM:
PALMITOLEIC ACID

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度名称
25.0 mMMES
1.0 MBetaine
0.008 %n-Decyl-alpha-D-maltopyranoside
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細C2S2M2L2 PSII-supercomplex purified by the sucrose density gradient.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
ソフトウェア名称: EPU (ver. 3.3)
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 90.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Ab initio reconstruction with the cryoSPARC software
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1.) / 使用した粒子像数: 225372
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1.)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1.)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

7oui

source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelArabidopsis PSII supercomplex C2S2M2

8c29

source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelSpruce PSII supercomplex C2S2
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9hd7:
Cryo-EM structure of photosystem II C2S2M2L2 supercomplex from the green alga Chlorella ohadii

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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