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基本情報
| 登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Hexameric RuvBL1/RuvBL2 bound to SPAG1 C-ter | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | AAA+ ATPase / R2SP Complex / R2TP-Like complex / PAQosome / Molecular Motor / CHAPERONE | ||||||||||||||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報axonemal dynein complex assembly / promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Swr1 complex ...axonemal dynein complex assembly / promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Swr1 complex / Ino80 complex / regulation of double-strand break repair / box C/D snoRNP assembly / protein folding chaperone complex / regulation of chromosome organization / NuA4 histone acetyltransferase complex / TFIID-class transcription factor complex binding / regulation of DNA replication / MLL1 complex / regulation of embryonic development / Telomere Extension By Telomerase / single fertilization / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of DNA repair / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere maintenance / DNA helicase activity / TBP-class protein binding / positive regulation of DNA repair / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / ADP binding / beta-catenin binding / DNA Damage Recognition in GG-NER / chromatin DNA binding / nuclear matrix / cellular response to UV / UCH proteinases / transcription corepressor activity / unfolded protein binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein folding / nucleosome / HATs acetylate histones / ATPase binding / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / DNA recombination / DNA helicase / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / hydrolase activity / protein stabilization / nuclear speck / cilium / ciliary basal body / cadherin binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Santo PE / Plisson-Chastang C | ||||||||||||||||||||||||
| 資金援助 | フランス, ポルトガル, 7件
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引用 | ジャーナル: To Be Publishedタイトル: R2TP-like complexes as quaternary chaperones. A comprehensive overview to understand the dynamic R2SP complex 著者: Santo PE / Chago ME / Ley M / Gizardin-Fredon H / Chenuel T / Desligniere E / Plassart L / Paiva ACF / Sousa PMF / Bertrand E / Charpentier B / Verheggen C / Quinternet M / Meyer P / ...著者: Santo PE / Chago ME / Ley M / Gizardin-Fredon H / Chenuel T / Desligniere E / Plassart L / Paiva ACF / Sousa PMF / Bertrand E / Charpentier B / Verheggen C / Quinternet M / Meyer P / Bandeiras TM / Cianferani S / Plisson-Chastang C / Manival X | ||||||||||||||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_52013.map.gz | 99.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-52013-v30.xml emd-52013.xml | 37 KB 37 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| FSC (解像度算出) | emd_52013_fsc.xml | 10.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
| 画像 | emd_52013.png | 49.6 KB | ||
| マスクデータ | emd_52013_msk_1.map | 107.2 MB | マスクマップ | |
| Filedesc metadata | emd-52013.cif.gz | 8.8 KB | ||
| その他 | emd_52013_additional_1.map.gz emd_52013_additional_2.map.gz emd_52013_additional_3.map.gz emd_52013_additional_4.map.gz emd_52013_half_map_1.map.gz emd_52013_half_map_2.map.gz | 99.9 MB 83.4 MB 99.8 MB 99.9 MB 83.9 MB 83.9 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-52013 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-52013 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_52013_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_52013_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_52013_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_52013_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-52013 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-52013 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 9hb4MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
|---|---|
| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
-
リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_52013.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.645 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
| ファイル | emd_52013_msk_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
| ファイル | emd_52013_additional_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-追加マップ: Phenix Sharpened Half1-Map with Model-based Anisotropic Sharpening
| ファイル | emd_52013_additional_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Phenix Sharpened Half1-Map with Model-based Anisotropic Sharpening | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-追加マップ: Phenix Sharpened Half2-Map with Model-based Anisotropic Sharpening
| ファイル | emd_52013_additional_3.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Phenix Sharpened Half2-Map with Model-based Anisotropic Sharpening | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-追加マップ: Phenix Sharpened PostProcess Map with Model-based Anisotropic Sharpening...
| ファイル | emd_52013_additional_4.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Phenix Sharpened PostProcess Map with Model-based Anisotropic Sharpening | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_52013_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_52013_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Hexameric RuvBL1/RuvBL2 complex bound to C-terminal Reagion of SPAG1
| 全体 | 名称: Hexameric RuvBL1/RuvBL2 complex bound to C-terminal Reagion of SPAG1 |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: Hexameric RuvBL1/RuvBL2 complex bound to C-terminal Reagion of SPAG1
| 超分子 | 名称: Hexameric RuvBL1/RuvBL2 complex bound to C-terminal Reagion of SPAG1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: Co-expressed RuvBL1/2 complex incubated with co-expressed SPAG1/PIH1D2 complex |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 338 KDa |
-超分子 #2: Components that form the hexameric Ring
| 超分子 | 名称: Components that form the hexameric Ring / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: RuvBL1 (Chains A-C), amino acids 125-235, and RuvBL2 (Chain E), amino acids 133-238, are present in this model, although the final PostProcess map lacks sufficient density. These reagions ...詳細: RuvBL1 (Chains A-C), amino acids 125-235, and RuvBL2 (Chain E), amino acids 133-238, are present in this model, although the final PostProcess map lacks sufficient density. These reagions were rigid fitted in the Refine Map (Reference models 2C9O for RuvBL1 and 6H7X for RuvBL2). |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: RuvB-like 1
| 分子 | 名称: RuvB-like 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 50.296914 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MKIEEVKSTT KTQRIASHSH VKGLGLDESG LAKQAASGLV GQENAREACG VIVELIKSKK MAGRAVLLAG PPGTGKTALA LAIAQELGS KVPFCPMVGS EVYSTEIKKT EVLMENFRRA IGLRIKETKE VYEGEVTELT PCETENPMGG YGKTISHVII G LKTAKGTK ...文字列: MKIEEVKSTT KTQRIASHSH VKGLGLDESG LAKQAASGLV GQENAREACG VIVELIKSKK MAGRAVLLAG PPGTGKTALA LAIAQELGS KVPFCPMVGS EVYSTEIKKT EVLMENFRRA IGLRIKETKE VYEGEVTELT PCETENPMGG YGKTISHVII G LKTAKGTK QLKLDPSIFE SLQKERVEAG DVIYIEANSG AVKRQGRCDT YATEFDLEAE EYVPLPKGDV HKKKEIIQDV TL HDLDVAN ARPQGGQDIL SMMGQLMKPK KTEITDKLRG EINKVVNKYI DQGIAELVPG VLFVDEVHML DIECFTYLHR ALE SSIAPI VIFASNRGNC VIRGTEDITS PHGIPLDLLD RVMIIRTMLY TPQEMKQIIK IRAQTEGINI SEEALNHLGE IGTK TTLRY SVQLLTPANL LAKINGKDSI EKEHVEEISE LFYDAKSSAK ILADQQDKYM K UniProtKB: RuvB-like 1 |
-分子 #2: RuvB-like 2
| 分子 | 名称: RuvB-like 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 51.222465 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MATVTATTKV PEIRDVTRIE RIGAHSHIRG LGLDDALEPR QASQGMVGQL AARRAAGVVL EMIREGKIAG RAVLIAGQPG TGKTAIAMG MAQALGPDTP FTAIAGSEIF SLEMSKTEAL TQAFRRSIGV RIKEETEIIE GEVVEIQIDR PATGTGSKVG K LTLKTTEM ...文字列: MATVTATTKV PEIRDVTRIE RIGAHSHIRG LGLDDALEPR QASQGMVGQL AARRAAGVVL EMIREGKIAG RAVLIAGQPG TGKTAIAMG MAQALGPDTP FTAIAGSEIF SLEMSKTEAL TQAFRRSIGV RIKEETEIIE GEVVEIQIDR PATGTGSKVG K LTLKTTEM ETIYDLGTKM IESLTKDKVQ AGDVITIDKA TGKISKLGRS FTRARDYDAM GSQTKFVQCP DGELQKRKEV VH TVSLHEI DVINSRTQGF LALFSGDTGE IKSEVREQIN AKVAEWREEG KAEIIPGVLF IDEVHMLDIE SFSFLNRALE SDM APVLIM ATNRGITRIR GTSYQSPHGI PIDLLDRLLI VSTTPYSEKD TKQILRIRCE EEDVEMSEDA YTVLTRIGLE TSLR YAIQL ITAASLVCRK RKGTEVQVDD IKRVYSLFLD ESRSTQYMKE YQDAFLFNEL KGETMDTS UniProtKB: RuvB-like 2 |
-分子 #3: Sperm-associated antigen 1
| 分子 | 名称: Sperm-associated antigen 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Truncated Construct from 622-926 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 103.797664 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MTTKDYPSLW GFGTTKTFKI PIEHLDFKYI EKCSDVKHLE KILCVLRSGE EGYYPELTEF CEKHLQALAP ESRALRKDKP AATAASFTA EEWEKIDGDI KSWVSEIKKE EDKMHFHETE TFPAMKDNLP PVRGSNSCLH VGKEKYSKRP TKKKTPRDYA E WDKFDVEK ...文字列: MTTKDYPSLW GFGTTKTFKI PIEHLDFKYI EKCSDVKHLE KILCVLRSGE EGYYPELTEF CEKHLQALAP ESRALRKDKP AATAASFTA EEWEKIDGDI KSWVSEIKKE EDKMHFHETE TFPAMKDNLP PVRGSNSCLH VGKEKYSKRP TKKKTPRDYA E WDKFDVEK ECLKIDEDYK EKTVIDKSHL SKIETRIDTA GLTEKEKDFL ATREKEKGNE AFNSGDYEEA VMYYTRSISA LP TVVAYNN RAQAEIKLQN WNSAFQDCEK VLELEPGNVK ALLRRATTYK HQNKLREATE DLSKVLDVEP DNDLAKKTLS EVE RDLKNS EAASETQTKG KRMVIQEIEN SEDEEGKSGR KHEDGGGDKK PAEPAGAARA AQPCVMGNIQ KKLTGKAEGG KRPA RGAPQ RGQTPEAGAD KRSPRRASAA AAAGGGATGH PGGGQGAENP AGLKSQGNEL FRSGQFAEAA GKYSAAIALL EPAGS EIAD DLSILYSNRA ACYLKEGNCS GCIQDCNRAL ELHPFSMKPL LRRAMAYETL EQYGKAYVDY KTVLQIDCGL QLANDS VNR LSRILMELDG PNWREKLSPI PAVPASVPLQ AWHPAKEMIS KQAGDSSSHR QQGITDEKTF KALKEEGNQC VNDKNYK DA LSKYSECLKI NNKECAIYTN RALCYLKLCQ FEEAKQDCDQ ALQLADGNVK AFYRRALAHK GLKNYQKSLI DLNKVILL D PSIIEAKMEL EEVTRLLNLK DKTAPFNKEK ERRKIEIQEV NEGKEEPGRP AGEVSMGCLA SEKGGKSSRS PEDPEKLPI AKPNNAYEFG QIINALSTRK DKEACAHLLA ITAPKDLPMF LSNKLEGDTF LLLIQSLKNN LIEKDPSLVY QHLLYLSKAE RFKMMLTLI SKGQKELIEQ LFEDLSDTPN NHFTLEDIQA LKRQYEL UniProtKB: Sperm-associated antigen 1 |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
| 分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: ADP |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 427.201 Da |
| Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
| 濃度 | 0.45 mg/mL | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 20 mM HEPES, 170 mM NaCL, 2mM MgCl2, 0.5 mM TCEP | |||||||||||||||
| グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 292 K / 装置: LEICA EM GP | |||||||||||||||
| 詳細 | Sample was monodisperse |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | TFS KRIOS |
|---|---|
| 特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16000 / 平均電子線量: 51.92 e/Å2 / 詳細: 40 frames |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 130000 |
| 試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
| 詳細 | Initial Local fitting was done using chimera, and PHENIX was used for flexible fitting |
|---|---|
| 精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 126 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
| 得られたモデル | ![]() PDB-9hb4: |
ムービー
コントローラー
万見について




キーワード
Homo sapiens (ヒト)
データ登録者
フランス,
ポルトガル, 7件
引用





Z (Sec.)
Y (Row.)
X (Col.)














































































FIELD EMISSION GUN

