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万見
- EMDB-51984: Bovine collagen VI local refinement of C-terminal region -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51984
タイトルBovine collagen VI local refinement of C-terminal region
マップデータmain map from cryoSPARC local refinement of the C terminal region of bovine collagen VI sharpened to the GSFSC
試料
  • 複合体: Collagen VI microfibrils isolated from bovine cornea
    • タンパク質・ペプチド: Collagen type VI alpha 1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Collagen type VI alpha 2 chain
  • タンパク質・ペプチド: Collagen type VI alpha 3 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードCollagen / Col6A1 / Col6A2 / Col6A3 / triple-helix / bovine / microfibril / ECM / extracellular / matrix / fibril / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Collagen chain trimerization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Signaling by PDGF / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Integrin cell surface interactions / ECM proteoglycans / Collagen degradation / collagen trimer / response to UV / collagen binding ...Collagen chain trimerization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Signaling by PDGF / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Integrin cell surface interactions / ECM proteoglycans / Collagen degradation / collagen trimer / response to UV / collagen binding / extracellular matrix / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / serine-type endopeptidase inhibitor activity / sarcolemma / : / neuron apoptotic process / cell adhesion / protein-containing complex / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Collagen alpha-3(VI) chain, vWA domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain ...: / Collagen alpha-3(VI) chain, vWA domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen type VI alpha 3 chain / Collagen alpha-2(VI) chain / Collagen alpha-1(VI) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.33 Å
データ登録者Godwin A / Snee M / Roseman A / Baldock C
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Collagen VI microfibril structure reveals mechanism for molecular assembly and clustering of inherited pathogenic mutations
著者: Godwin A / Snee M / Becker M / Dajani R / Collins R / Roseman A / Baldock C
履歴
登録2024年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月20日-
マップ公開2025年8月20日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51984.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51984.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map from cryoSPARC local refinement of the C terminal region of bovine collagen VI sharpened to the GSFSC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.66 Å/pix.
x 256 pix.
= 424.448 Å		1.66 Å/pix.
x 256 pix.
= 424.448 Å		1.66 Å/pix.
x 256 pix.
= 424.448 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.658 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.686
最小 - 最大-3.157608 - 4.063454
平均 (標準偏差)0.0017126048 (±0.08189459)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 424.448 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51984_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B from cryoSPARC local refinement of...

ファイルemd_51984_half_map_1.map
注釈Half map B from cryoSPARC local refinement of the C terminal region of bovine collagen VI
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A from cryoSPARC local refinement of...

ファイルemd_51984_half_map_2.map
注釈Half map A from cryoSPARC local refinement of the C terminal region of bovine collagen VI
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Collagen VI microfibrils isolated from bovine cornea

全体名称: Collagen VI microfibrils isolated from bovine cornea
要素
  • 複合体: Collagen VI microfibrils isolated from bovine cornea
    • タンパク質・ペプチド: Collagen type VI alpha 1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Collagen type VI alpha 2 chain
  • タンパク質・ペプチド: Collagen type VI alpha 3 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Collagen VI microfibrils isolated from bovine cornea

超分子名称: Collagen VI microfibrils isolated from bovine cornea
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3
詳細: This structure is a local refinement of the C terminal region of the bead structure from bovine collagen VI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Collagen type VI alpha 3 chain

分子名称: Collagen type VI alpha 3 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 330.562562 KDa
配列文字列: MRKHRHLPLV AILCLFFSGF SFTRGQQQPE NYTSLHDIVG NLVACVRSSM APERAGGTEI PKDITAQDSA DIIFLIDGSN NTGSVNFAV ILDFLVNLLE RLSIGTQQIR VGVVQYSDEP RTMFSLNSYS TKAQVLDAVK ALGFIGGELA NVGLALDFVV E NHFTRAGG ...文字列:
MRKHRHLPLV AILCLFFSGF SFTRGQQQPE NYTSLHDIVG NLVACVRSSM APERAGGTEI PKDITAQDSA DIIFLIDGSN NTGSVNFAV ILDFLVNLLE RLSIGTQQIR VGVVQYSDEP RTMFSLNSYS TKAQVLDAVK ALGFIGGELA NVGLALDFVV E NHFTRAGG SRAEEGVPQV LVLISAGPSS DEIRDGVVAL KQASVFSFGL GAQAASKAEL QHIATNDNLV FTVPEFRSLG DV QEQLLPY IVGVAQRHIV LQPPTIVTQV IEVNKRDIVF LVDGSSKLGL TNFNAIRDFI AKVIQRLEIR QDLIQVAVAQ YAD TVRPEF YFNTYPSKRE VINAVRKMKA LDGSALYTGS ALDFVRNNLF TEAAGYRAAE GVPKLLVLVT GGKSLDAVSQ PAQE LKRSG ILAFAVGNKV ADQAELEEIA FDSSLVFTAT EFRPAPLQGV LPGLLGPLRT LTGTTEVRVN KRDIIFLLDG SSNVG ETNF PYVRDFVMNL VNSLDVGSDH IRVGLVQFSD TPVTEFSLNT YPTKSELLAH LRQMQLQGGS VLNTGAALSY VHANHF TEA GGSRIQDHVP QLLLLLTAGQ SEDSYLQAAN ALARAGILTF CVGTSQADRA ELEEIAFNPG LVYLMDDFSS LPALPQQ LI QPLTTYVSGG VEEVPLAQPE SKRDILFLFD GSANLMGQFT AARDFLYKVI DELDVKPEGT RVAVAQFSDD VKVESRFD Q HQNKPEILNL VKRMKLKTGK ALNLGYALDY AQRYIFVKSA GSRIEDGVLQ FLVLLVAGKS SDRVDTPALN LKQSGVVPF ILQAKNADPA ELELIVPSPA FILVAESLPK IGDLQPQIVN LLKSVQNGAP APVSVEKDVV FLIDGSEGVR SGFPLLKEFV QRVVESLDV GPDRVRVAVV QYSDRTRPEF YLNSYMDQQS VVGAIRGLTL LGGPAPNTGA ALEFVLRNIL VGSAGSRIAE G VPQLLIVL TADRSGDDVR GPSVVLRRGG AVPIGIGIGN ADITEMQTLS FVPDFAVVIP TFRQLGTIQQ VISERVTQLS RE ELSRLQA SVTPLTTPVV SSKRDVVFLI DGSQSAGPEF QYIRTLIERL VDYLDVGFDT TRVAVIQFSD DPRVEFLLNV HSS KDEVQN AVRRLRPKGG RQVNVGGALE YVARNIFKRP LGSRIEEGVP QFLVLISSGK SDDEVEDSAI ELKQFGVAPL TIAR NVDQE ELVKISLSPE YVFSVNTFRE LPSLEQKLLT PLTTLTAGQI QQLLASTRYP PPAVESDAAD IVFLIDSSDG VKPDG IAHI RDFVIRIVRR LNVGPNKVRI GVLQFSNDVF PEFQLKTYKS QASVLDAIRR LRFKGGSPLN TGKALEFVAR NYFVKS AGS RIEDGVPQHL VLFLGGKSQD DISRYSQVIK SAGIASLGVG DRNIDRTELQ TITSDPRLVF TVREFRDLPS IEERMVN SF GSSGVTPAPP GVDTPSPSRP EKKKADIVFL LDGSINFRRD SFQEVLRFVS EIVDTVYEGG DSIQVGLVQY NSDPTDEF F LKDFPTKQQI IDAINKVVYK GGRHANTKVG LEHLRRNHFV PEAGSRLDQR VPQIAFVITG GKSVEDAQEA SMALTQRGV KVFAVGVRNI DSEEVGKIAS NSATAFRVGN VQELSELSEQ VLETLHDAMH ETLCPGVTDV SKACNLDVIL GFDGSGDQNV FVAQKGLEP KVDTILRRIS QMQKISCSGS QLPTVRVSVV ALTPSGPVEA FDFAEYQPEL FEKFQNMRAQ HPYVLTADTL K LYQNKFRQ ASMDNVKVVI HFTDGVDGDL ADLQRASEEL RQEGVRALIL VGLERVANLE QLMQLEFGRG FTYNRPLRLN LL DLDYELA EQLDNIAEKA CCGIPCKCSG QRGDRGPIGS IGPKGIPGED GYRGYPGDEG GPGERGPPGV NGTQGFQGCP GQR GVKGSR GFPGEKGELG EIGLDGLDGE DGDKGLPGTS GEKGSPGRRG DKGPKGDKGE RGDVGIRGDP GNSGQDSQQR GAKG ETGDI GPVGLPGRDG VSGGPGEPGK SGGFGRRGPA GAKGNQGGPG QQGPVGEQGT RGAQGPPGPT GPPGLIGEQG IPGPR GGGG TAGAPGERGR TGPLGRKGEP GDPGPKGSIG NRGPRGETGD DGRDGVGSEG RIGKKGERGF PGYPGPKGNP GEPGTD GPP GPKGIRGRRG NSGPPGIAGQ KGDPGYPGPS GYKGSRGDSM DQCALVQSIK DKCPCCYGPL ECPVFPTELA FALDTSE GV TQDRFSQMRE VVLKILDDLT IAESNCPRGA RVAVVTYNNE VTTEIRFADS KKKSVLLDKI KNLQVSLTSK QQSLETAM S FVARNTFKRV RSGFLMRKVA VFFSNKPTRA TPQLREAVLK LSDAGITPLF LTSQEDRQLI NALQINNTAV GHALVLPAG GDLTDFLKNV LTCHVCLDIC NIDPSCGFGS WRPSFRDRRA AGSDVDIDMA FILDSSESTT PFQFNEMRKY IEYLVRQLDV SPDPKASQH FARVAVVQHA PYEAVDNASV PPVKVEFSLT DYGSKEKLLA FLGSRMTQLQ GTRALGRAID YTIENIFESA P NPRDLKIV VLMLTGEVQK QQLEEAQRAI LQAKCKGYFF VILGIGRKVN VKELYSSASE PNDVFFKLVD KSTELNEEPL MR FGRLLPS FVSSKDAFYL SPDIRKQCDW FQADQPAKNL VQFGYKQINV PNNVTSSPTS KLVTTTKPVI TTTKPITVVN LPA SKPAAT RPVDERPAAG RSVATKMDSA RPVATKTEAT KPVATKTEAT KTEAAKPVVT KAEAAKPTAT KTEATKTEAA KLMA TKTEA TKPVAARPEA AKTATARPAA AAKPAAAKPA PARPPTAARS MATRSEAPRP QAVKLAASRP GAAKPVVKAP REIHV SEVT ENSAKLHWER PEPPSPYLYN LTVTSAHDQA VVLKQNLTVT DRVIGGLLPG QTYHVTVTCS LRSQVRAIYQ GSFSTK KIQ PPPPQTERSA SSATINLVVS ADRLAGSKAD ICKLPKDGGT CREFVLKWYY DSVTENCARF WYGGCGGNEN RFNSQDE CE KVCPPVPIKQ PGVIAAMGT

UniProtKB: Collagen type VI alpha 3 chain

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分子 #2: Collagen type VI alpha 1 chain

分子名称: Collagen type VI alpha 1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 108.800656 KDa
配列文字列: MRLPRALLPL LLQACWASAQ DDPVASRAIA FQDCPVDLFF VLDTSESVAL RLKPYGALVD KVKSFTKRFI DNLNDRYYRC DRNLVWNAG ALHYSDEVEI IRGLTRMPSG RDELKSSVDA VKYFGKGTYT DCAIKKGLEE LLVGGSHLKE NKYLVVVTDG H PLEGYKEP ...文字列:
MRLPRALLPL LLQACWASAQ DDPVASRAIA FQDCPVDLFF VLDTSESVAL RLKPYGALVD KVKSFTKRFI DNLNDRYYRC DRNLVWNAG ALHYSDEVEI IRGLTRMPSG RDELKSSVDA VKYFGKGTYT DCAIKKGLEE LLVGGSHLKE NKYLVVVTDG H PLEGYKEP CGGLEDAVNE AKHLGIKVFS VAITPDHLEP RLSIIATDHT YRRNFTAADW GQSRDAEEVI SQTIDTITDM IK NNVEQVC CSFECQPARG PPGPRGDPGY EGERGKPGLP GEKGEAGDPG RPGDLGPVGY QGMKGEKGSR GEKGSRGPKG YKG EKGKRG MDGVDGMKGE TGFPGLPGCK GSPGFDGIQG PPGPKGDPGA FGLKGQKGEP GADGEPGRPG STGPPGDEGE PGEP GPPGE KGEAGDEGNA GPDGAPGERG GPGERGPRGT PGARGPRGDP GEAGPQGDQG REGPVGVPGD PGEAGPIGPK GYRGD EGPP GTEGPKGAPG PAGPPGDPGL MGERGEDGPP GNGTEGFPGF PGYPGSRGPP GINGTKGYPG LKGDEGEAGD PGEDNN DIA ARGAKGAKGY RGPEGPQGPP GHVGPPGPDE CEILDIIMKM CSCCECKCGP IDILFVLDSS ESIGLQNFEI AKDFIVK VI DRLSKDELVK FEPGQSHAGV VQYSHNQMQE HVDLRDPNIR NAQDLKEAIK KLQWMGGGTF TGEALQYTRS RLLPPTPN N RIALVITDGR SDTQRDTTPL SVLCGPDIQV VSVGIKDVFG LAAGSDQLNV ISCQGLAPQG RPGISLVKEN YAELLDDGF LKNITAQICI DKKCPDYSCP ITFSSPADIT ILLDGSASVG SHNFDITKRF AKRLAERFLT ASRTDPGQDV RVAVVQYSGT GQQRPERAA LQFLQNYTVL ANTVDSMDFF NDATDVMDAL GYVTRFYREA SSNAAKKRLL LFSDGNSQGA TPAAIEKAVQ E AQRAGVEI FAVVVGRQVN EPHVRVLVTG KAAEYDVVFG ERHLFRVPSY QALLRGVFYQ TVSRKVALD

UniProtKB: Collagen alpha-1(VI) chain

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分子 #3: Collagen type VI alpha 2 chain

分子名称: Collagen type VI alpha 2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 109.477688 KDa
配列文字列: MLRRKGAAKM LRSPCSALLL WGLLGAVHAQ QQEVISPGPS DRNSCPEKAD CPVHVYFVLD TSESITMQSP TDSLLYHMQQ FVLQFISQL QDELYLDQVA LSWRYGGLHF SDLVEVFSPP GSDRASFTKS LQSISSFRRG TFTDCMLANM TQEVRRHVGK G VVNFAVVI ...文字列:
MLRRKGAAKM LRSPCSALLL WGLLGAVHAQ QQEVISPGPS DRNSCPEKAD CPVHVYFVLD TSESITMQSP TDSLLYHMQQ FVLQFISQL QDELYLDQVA LSWRYGGLHF SDLVEVFSPP GSDRASFTKS LQSISSFRRG TFTDCMLANM TQEVRRHVGK G VVNFAVVI TDGHVTGSPC GGIKLQAERA REEGIRLFAV PPNLKLNEQG LRDIANTPHE LYRNNYATMR PDSTEIDQDT IN RIIKVMK HEAYGECYKV SCLEIPGPPG PKGYRGQKGA KGNMGEPGEP GQKGRQGDPG IEGPIGFPGP KGVPGFKGEK GEF GADGRK GAPGLAGKNG TDGQKGKLGR IGPPGCKGDT GDRGPDGYVG EAGSPGERGD QGSKGDPGRP GRRGPPGENG AKGS KGYQG NNGAPGSPGL KGAKGGPGPR GPKGEPGRRG DPGTKGGPGS DGPKGEKGDP GPEGPRGLAG EVGNKGAKAN RGLPG PRGP QGTVGEPGKQ GSRGDPGDAG PRGDSGQPGP KGDPGRPGFS YPGPRGAPGD KGEPGPPGPE GGRGDFGSKG EPGRKG QKG EPADPGPPGE PGPRGQRGAP GPEGEPGPPG DPGLTECDVM TYVRETCGCC DCEKRCGALD VVFVIDSSES IGYTNFT LE KNFVINVVNR LGAIAKDPKS ETGTRVGVVQ YSHEGTFEAI QLDDERIDSL SSFKEAVKNL EWIAGGTWTP SALKFAYN K LIKESRRQKT RVFAVVITDG RHDPRDDDLN LRALCNHEVT VTAIGIGDMF HEKHESENLY SIACDKPQQV RNMTLFSDL VAEKFIDDME DVLCPDPQIV CPDLPCQTEL YVAQCTQRPV DIVFLLDGSE RLGEQNFHKV RRFVEEVSRR LTLARKDDDP LNARVALLQ FGGPREQQVA FPLTSNLTVI QEALASARYL NSFSHVGTGI VQAINQVVQG ARAGARRHAE LSFVFLTDGV T GNDSLDEA VHSMRKQNVV PTVVAVGSDV DTDVLSKISL GDPAAVFREK DYDSLAQPGF FDRFIRWIC

UniProtKB: Collagen alpha-2(VI) chain

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris-HCL, 400 mM NaCl, 2.5 mM CaCl2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 29595 / 平均露光時間: 2.3 sec. / 平均電子線量: 22.165 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1011458
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: cryoSPARC ab initio model
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: Symmetry expanded particles / 使用した粒子像数: 175682
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: cryoSPARC refinement
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: cryoSPARC local refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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