EMDB-51957: Lipid droplet coated with clathrin found in the thin edge of an U...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-51957

タイトル

Lipid droplet coated with clathrin found in the thin edge of an U2OS cell.

マップデータ

Tomogram of a lipid droplet coated with clathrin found in the thin edge of an U2OS cell.

試料

細胞: U2OS cell grown on a Quantifoil grid.

キーワード

lipid droplet / clathrin / cytoplasm / CYTOSOLIC PROTEIN

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法

データ登録者

Szwedziak P

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: In situ structural analysis of mammalian cells using a 200 kV electron cryomicroscope: implications for research infrastructure.
著者: Szwedziak P

履歴

登録	2024年10月30日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年12月18日	-
マップ公開	2024年12月18日	-
更新	2024年12月18日	-
現状	2024年12月18日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_51957.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_51957.map.gz	23.2 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-51957-v30.xml emd-51957.xml	8.6 KB 8.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_51957.png	163.4 KB
Filedesc metadata	emd-51957.cif.gz	3.7 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-51957 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-51957	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_51957_validation.pdf.gz	502.9 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_51957_full_validation.pdf.gz	502.5 KB	表示
XML形式データ	emd_51957_validation.xml.gz	4.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_51957_validation.cif.gz	5.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-51957 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-51957	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	51959C 51960C 51961C 51962C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_51957.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Tomogram of a lipid droplet coated with clathrin found in the thin edge of an U2OS cell.

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	20.54 Å/pix. x 90 pix. = 1848.6 Å	20.54 Å/pix. x 285 pix. = 5853.9 Å	20.54 Å/pix. x 283 pix. = 5812.82 Å
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 20.54 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

最小 - 最大	1.2806971 - 6.699858
平均 (標準偏差)	4.034795 (±0.47408137)

対称性

空間群: 1

詳細

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全体 : U2OS cell grown on a Quantifoil grid.

全体	名称: U2OS cell grown on a Quantifoil grid.
要素	細胞: U2OS cell grown on a Quantifoil grid.

-
超分子 #1: U2OS cell grown on a Quantifoil grid.

超分子	名称: U2OS cell grown on a Quantifoil grid. / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
グリッド	モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成	その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカー	Manufacturer: Cytodiagnostics / 直径: 10 nm

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS GLACIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 3.78 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
試料ステージ	ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終再構成	使用した粒子像数: 37

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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