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- EMDB-51950: Focused map #2 of the cryo-EM structure of Vibrio cholerae RNA po... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51950
タイトルFocused map #2 of the cryo-EM structure of Vibrio cholerae RNA polymerase Transcription Activation Complex with TcpP transcription factor and bound to a toxT promoter DNA fragment
マップデータMap G sharpened. Multibody refinement body 2.
試料
  • 複合体: Virulent transcription complex #4
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase
    • 複合体: Double stranded DNA
キーワードRNA polymerase / Transcription Activation Complex / toxT / TcpP / Vibrio cholerae / TRANSCRIPTION
生物種Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Alcaide-Jimenez A / Baudin F / Canals A / Machon C / Murciano B / Fabrega-Ferrer M / Bantysh O / Perez-Luque R / Krukonis ES / Muller CW / Coll M
資金援助 スペイン, 2件
OrganizationGrant number国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2020-12141GB-100 スペイン
Generalitat de Catalunya2021SGR00423 スペイン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2026
タイトル: Structures of transcription complexes reveal how ToxR and TcpP recruit the RNA polymerase and activate virulence genes.
著者: Adrià Alcaide-Jiménez / Albert Canals / Florence Baudin / Cristina Machón / Montserrat Fàbrega-Ferrer / Olga Bantysh / Rosa Pérez-Luque / Brice Murciano / Ali A Mohammad / Michael J ...著者: Adrià Alcaide-Jiménez / Albert Canals / Florence Baudin / Cristina Machón / Montserrat Fàbrega-Ferrer / Olga Bantysh / Rosa Pérez-Luque / Brice Murciano / Ali A Mohammad / Michael J Rowse / Joseph M Ferracciolo / Eric S Krukonis / Christoph W Müller / Miquel Coll /
要旨: Activation of virulence in , the etiological agent of cholera disease, is mediated by two transmembrane one-component signal-transduction proteins, ToxR and TcpP, which are also transcription factors. ...Activation of virulence in , the etiological agent of cholera disease, is mediated by two transmembrane one-component signal-transduction proteins, ToxR and TcpP, which are also transcription factors. Using cryo-electron microscopy, we have solved five structures of the and transcription activation complexes, including the RNA polymerase (RNAP) holoenzyme, promoter DNAs, transcribed RNA, and their corresponding transcription factors, ToxR or TcpP and ToxR-TcpP, respectively. Activation is achieved through the interaction of ToxR or TcpP with the α-C-terminal repeat domain of RNAP where a single residue of the activator, a phenylalanine, appears to be the most critical contact, as confirmed by mutagenesis. No interactions of the transcription factors were observed with other subunits of the RNAP, i.e., the σ subunit as it occurs in the structurally related PhoB family of two-component transcription factors. The structures, and their comparison with our previously solved DNA promoter-ToxR x-ray structures, unveil the molecular mechanism of cholera virulence gene activation.
履歴
登録2024年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月17日-
マップ公開2025年12月17日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51950.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51950.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map G sharpened. Multibody refinement body 2.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.272 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.272 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.272 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.731 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0818
最小 - 最大-0.038047392 - 1.6886238
平均 (標準偏差)0.00026124326 (±0.008188278)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 374.272 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Map G unsharpened. Multibody refinement body 2.

ファイルemd_51950_additional_1.map
注釈Map G unsharpened. Multibody refinement body 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Map G. Multibody refinement body 2 unfiltered half map 1.

ファイルemd_51950_half_map_1.map
注釈Map G. Multibody refinement body 2 unfiltered half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Map G. Multibody refinement body 2 unfiltered half map 2.

ファイルemd_51950_half_map_2.map
注釈Map G. Multibody refinement body 2 unfiltered half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Virulent transcription complex #4

全体名称: Virulent transcription complex #4
要素
  • 複合体: Virulent transcription complex #4
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase
    • 複合体: Double stranded DNA

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超分子 #1: Virulent transcription complex #4

超分子名称: Virulent transcription complex #4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8

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超分子 #2: DNA-directed RNA polymerase

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4-#8
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)

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超分子 #3: Double stranded DNA

超分子名称: Double stranded DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 10 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM DTT and 0.1 mM EDTA
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 51.26 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 159379
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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