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万見
- EMDB-51913: [FeS] cluster-loaded SMS complex from M. jannaschii -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51913
タイトル[FeS] cluster-loaded SMS complex from M. jannaschii
マップデータ
試料
  • 複合体: [FeS] cluster-loaded SMS complex
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0035
    • タンパク質・ペプチド: Iron-sulfur cluster assembly SufBD family protein MJ0034
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワードIron-sulfur cluster / biogenesis / SMS / Archaea / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster assembly / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
SUF system FeS cluster assembly, SufBD / SUF system FeS cluster assembly, SufBD superfamily / : / SUF system FeS cluster assembly, SufBD core domain / FeS cluster assembly SUF system, ATPase SufC / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...SUF system FeS cluster assembly, SufBD / SUF system FeS cluster assembly, SufBD superfamily / : / SUF system FeS cluster assembly, SufBD core domain / FeS cluster assembly SUF system, ATPase SufC / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-sulfur cluster assembly SufBD family protein MJ0034 / Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0035
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Martinez-Carranza M / Sauguet L
資金援助 フランス, 3件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-22-CE44-0043-First-FeS フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-11-LABX-0003-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-LABX-62-IBEID フランス
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2025
タイトル: Ancestral [Fe-S] biogenesis system SMS has a unique mechanism of cluster assembly and sulfur utilization
著者: Dussouchaud M / Martinez-Carranza M / Garcia PS / Clemancey M / Blondin G / Betton JM / Haouz A / Gribaldo S / Ollagnier de Choudens S / Sauguet L / Mechaly A / Barras F
履歴
登録2024年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51913.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51913.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.6 Å/pix.
x 400 pix.
= 240. Å		0.6 Å/pix.
x 400 pix.
= 240. Å		0.6 Å/pix.
x 400 pix.
= 240. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.002
最小 - 最大-0.006985298 - 0.012075916
平均 (標準偏差)0.0000070410547 (±0.0002063051)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 240.00002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51913_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51913_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51913_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : [FeS] cluster-loaded SMS complex

全体名称: [FeS] cluster-loaded SMS complex
要素
  • 複合体: [FeS] cluster-loaded SMS complex
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0035
    • タンパク質・ペプチド: Iron-sulfur cluster assembly SufBD family protein MJ0034
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: [FeS] cluster-loaded SMS complex

超分子名称: [FeS] cluster-loaded SMS complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

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分子 #1: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0035

分子名称: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0035
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
分子量理論値: 28.636264 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GEFMVSIMLL KVEDLHVYRG NREILKGVNL TVEENEIHAI IGPNGAGKST LAYTIMGISG YKPTKGRIIF KGVDIIDKNI TERARMGMT LAWQEPARFE GIKVKNYLML GMNEKYKKDK EIAEEKIREA LKLVNLDPDK YLDRYVDETL SGGERKRIEL A SIICMEPD ...文字列:
GEFMVSIMLL KVEDLHVYRG NREILKGVNL TVEENEIHAI IGPNGAGKST LAYTIMGISG YKPTKGRIIF KGVDIIDKNI TERARMGMT LAWQEPARFE GIKVKNYLML GMNEKYKKDK EIAEEKIREA LKLVNLDPDK YLDRYVDETL SGGERKRIEL A SIICMEPD LAILDEPDSG IDIVSFDEIK RVFDYLKDKG CSLLVITHRE ELAEHADRVS LICAGEVIKS GDPKEVGEFY KK ECGKCYK KVPDGK

UniProtKB: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0035

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分子 #2: Iron-sulfur cluster assembly SufBD family protein MJ0034

分子名称: Iron-sulfur cluster assembly SufBD family protein MJ0034
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
分子量理論値: 35.651328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GEFELMSIKE ELMEIIEAIK YTSEKPEEIV HGKGPRIIVK ESRIIDVQGD EGIILEGKEE DGKIKAKIIV KKGYKFKYPI HMCFGITEE NISQIIDVEI ILEEDSSISL MSHCSFPKGK GIKHIMNGII KIGKNAKFSY NEFHYHGMDG DILVKPTVKV E IDEGGIYI ...文字列:
GEFELMSIKE ELMEIIEAIK YTSEKPEEIV HGKGPRIIVK ESRIIDVQGD EGIILEGKEE DGKIKAKIIV KKGYKFKYPI HMCFGITEE NISQIIDVEI ILEEDSSISL MSHCSFPKGK GIKHIMNGII KIGKNAKFSY NEFHYHGMDG DILVKPTVKV E IDEGGIYI SNFTLTKGRI GTLDIEQEII AKKDAIIDIT TRTYAIKEDV VKVNEVVKLN GENAKCIIKS RGAAMDNSKI SL KLKIEGN APYSKGHIDC AEIVKGNAEV ESIPIVVVRD DKARITHEAA IGSVDKKQLE TLMAKGLDED EATEIIVKGM IGD L

UniProtKB: Iron-sulfur cluster assembly SufBD family protein MJ0034

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分子 #3: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 277904
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9h78:
[FeS] cluster-loaded SMS complex from M. jannaschii

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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