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- EMDB-51867: Cryo-EM structure of the SEAC wing - EGOC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51867
タイトルCryo-EM structure of the SEAC wing - EGOC
マップデータDeepEMhancer sharpened map
試料
  • 複合体: SEAC-EGOC supercomplex
    • 複合体: SEA complex wing
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • 複合体: EGO complex
      • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 3種
キーワードGTPase activating protein / GTPase / nutrient-sensing / amino acid signaling / cell growth / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


MTOR signalling / GATOR1 complex / pseudohyphal growth / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / urea transport / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / Ragulator complex / microautophagy / protein localization to vacuolar membrane / protein localization to vacuole ...MTOR signalling / GATOR1 complex / pseudohyphal growth / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / urea transport / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / Ragulator complex / microautophagy / protein localization to vacuolar membrane / protein localization to vacuole / Seh1-associated complex / Amino acids regulate mTORC1 / proline transport / regulation of TORC1 signaling / phosphate ion transport / regulation of autophagosome assembly / TORC1 signaling / endocytic recycling / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / negative regulation of TOR signaling / cellular response to nitrogen starvation / vacuolar membrane / transcription by RNA polymerase III / regulation of receptor recycling / positive regulation of TOR signaling / subtelomeric heterochromatin formation / transcription by RNA polymerase I / negative regulation of TORC1 signaling / signaling adaptor activity / positive regulation of autophagy / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of autophagy / GTPase activator activity / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / meiotic cell cycle / cellular response to amino acid stimulus / late endosome membrane / late endosome / protein transport / cellular response to oxidative stress / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / chromosome, telomeric region / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / GTPase activity / chromatin / GTP binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YNR034W-A/EGO2 / YNR034W-A/EGO2 superfamily / YNR034W-A-like / GSE/EGO complex subunit Slm4 / Protein SLM4 / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / Nitrogen permease regulator 3 / Nitrogen permease regulator 2 ...YNR034W-A/EGO2 / YNR034W-A/EGO2 superfamily / YNR034W-A-like / GSE/EGO complex subunit Slm4 / Protein SLM4 / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / Nitrogen permease regulator 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1 / DEPDC5 protein, C-terminal / : / : / Nitrogen Permease regulator of amino acid transport activity 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1, N-terminal domain / DEPDC5 protein C-terminal region / GATOR1 complex protein NPRL3, C-terminal HTH / LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / RagA/B / RWD domain / RagC/D / Gtr1/RagA G protein / Gtr1/RagA G protein conserved region / RWD domain profile. / RWD / RWD domain / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / WD domain, G-beta repeat / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein SLM4 / Nitrogen permease regulator 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein IML1 / GTP-binding protein GTR2 / GTP-binding protein GTR1 / Protein MEH1 / Maintenance of telomere capping protein 5 / Protein EGO2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Tafur L / Loewith R
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)AdG TENDOEuropean Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and function of the yeast amino acid-sensing SEAC-EGOC supercomplex
著者: Tafur L / Bonadei L / Zheng Y / Loewith R
履歴
登録2024年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月5日-
マップ公開2025年11月5日-
更新2025年11月5日-
現状2025年11月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_51867.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51867.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 512 pix.
= 522.701 Å		1.02 Å/pix.
x 512 pix.
= 522.701 Å		1.02 Å/pix.
x 512 pix.
= 522.701 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0209 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0544
最小 - 最大-0.0017881716 - 2.2575703
平均 (標準偏差)0.0004429116 (±0.01604491)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 522.7008 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_51867_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer sharpened map with a wide mask

ファイルemd_51867_additional_2.map
注釈DeepEMhancer sharpened map with a wide mask
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Npr2 Latch Class 2 (unsharpened map)

ファイルemd_51867_additional_3.map
注釈Npr2 Latch Class 2 (unsharpened map)
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Npr2 Latch Class 3 (unsharpened map)

ファイルemd_51867_additional_4.map
注釈Npr2 Latch Class 3 (unsharpened map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Npr2 Latch Class 1 (unsharpened map)

ファイルemd_51867_additional_5.map
注釈Npr2 Latch Class 1 (unsharpened map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51867_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51867_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SEAC-EGOC supercomplex

全体名称: SEAC-EGOC supercomplex
要素
  • 複合体: SEAC-EGOC supercomplex
    • 複合体: SEA complex wing
      • タンパク質・ペプチド: Maintenance of telomere capping protein 5
      • タンパク質・ペプチド: Nitrogen permease regulator 2
      • タンパク質・ペプチド: Nitrogen permease regulator 3
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar membrane-associated protein IML1
    • 複合体: EGO complex
      • タンパク質・ペプチド: GTP-binding protein GTR1
      • タンパク質・ペプチド: GTP-binding protein GTR2
      • タンパク質・ペプチド: Protein MEH1
      • タンパク質・ペプチド: Protein EGO2
      • タンパク質・ペプチド: Protein SLM4
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: SEAC-EGOC supercomplex

超分子名称: SEAC-EGOC supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #2: SEA complex wing

超分子名称: SEA complex wing / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: EGO complex

超分子名称: EGO complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3, #7-#9
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Maintenance of telomere capping protein 5

分子名称: Maintenance of telomere capping protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 131.104062 KDa
配列文字列: MCSSINEGPY NSPTFGKSLS LKVDGGFNAV SINPSGRDIV LASRQGLYII DLDDPFTPPR WLHHITPWQV ADVQWSPHPA KPYWIVSTS NQKAIIWNLA KSSSNAIEFV LHGHSRAITD INFNPQHPDV LATCSVDTYV HAWDMRSPHR PFYSTSSWRS A ASQVKWNY ...文字列:
MCSSINEGPY NSPTFGKSLS LKVDGGFNAV SINPSGRDIV LASRQGLYII DLDDPFTPPR WLHHITPWQV ADVQWSPHPA KPYWIVSTS NQKAIIWNLA KSSSNAIEFV LHGHSRAITD INFNPQHPDV LATCSVDTYV HAWDMRSPHR PFYSTSSWRS A ASQVKWNY KDPNVLASSH GNDIFVWDLR KGSTPLCSLK GHVSSVNSID FNRFKYSEIM SSSNDGTVKF WDYSKSTTES KR TVTTNFP IWRGRYLPFG EGYCIMPMVG GNNAVYLINL CDDDDSEQNK KTKLQPIYAF KGHSDRVIDF LWRSRHTCDG DYD DREFQL VTWSKDCDLK LWPISDSIYG KVNFDRGKRL EEKLPDYDYC SYNKEPENRE NVQKNEFRRL RENFVTTSGL KKNK TNHIT WLSGIRMNSA TSQEDLFNET KIQNLGEEVS AIGHKFPKVV FEKISVSTRE LCLTLNGPWS EENPDDYIFL RISIN FPLN YPNKGDPPKF TIEENSNLTM SKRQEILSNL ATIGQKYTDS NLYCLEPCIR FVLGEKVSLE DIEEGQEPLL NFDIAD HID FEELSSLDSS YSDSQNPENL SSQSDIESYK EALVFPDTSN QGLDFGRNLA LDTTPVPNGC GSCWTATGEL FCFFANE KK PEKKQNAIIK LSQKEAGVEK HPFKIEPQVL YDKEVDSSVI TAADELKARP KRYVDTLGLG GGTNGDSRTY FDDETSSD D SFDSVADDWD DILRNDIIVR TKIPILRGNF KAFSSVHSES GKTVESTKKN KNLVISKNFS SLLSDRKELA LEYLFMDAT PEGFARNNAL VAEKFDLDEI SHCWQILSDM LIDQSDYDPY TTIWNNHPMG IKWFIKEAIV YFERQQNLQM LAMLCCVILS ARRKKIPAR YYGQELENME GTIVFNDNES QNTSFWKGSD AFSTRSRSST VTPNFYGNHL RGKNIHGGDN SSIRSDDHHA R LRTHNTLN GSSKFTEPAQ KQGSRAISSS PFHSRMPDIK VELLHDDIIE AYEQEDLLHL EVSDIPKFQT YIYQYSKLLF RW GLPLERV KILKVSTDFR SSYSSQGIPP NNNKKSPYNG VLTHWIENNE FGEEKFLARN CNYCDLRVTR SSFICGNCQH VLH SSCARI WWEIGDECPS GCGCNCPEMF DA

UniProtKB: Maintenance of telomere capping protein 5

+
分子 #2: GTP-binding protein GTR1

分子名称: GTP-binding protein GTR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 35.892465 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSSNNRKKLL LMGRSGSGKS SMRSIIFSNY SAFDTRRLGA TIDVEHSHLR FLGNMTLNLW DCGGQDVFME NYFTKQKDHI FQMVQVLIH VFDVESTEVL KDIEIFAKAL KQLRKYSPDA KIFVLLHKMD LVQLDKREEL FQIMMKNLSE TSSEFGFPNL I GFPTSIWD ...文字列:
MSSNNRKKLL LMGRSGSGKS SMRSIIFSNY SAFDTRRLGA TIDVEHSHLR FLGNMTLNLW DCGGQDVFME NYFTKQKDHI FQMVQVLIH VFDVESTEVL KDIEIFAKAL KQLRKYSPDA KIFVLLHKMD LVQLDKREEL FQIMMKNLSE TSSEFGFPNL I GFPTSIWD ESLYKAWSQI VCSLIPNMSN HQSNLKKFKE IMNALEIILF ERTTFLVICS SNGENSNENH DSSDNNNVLL DP KRFEKIS NIMKNFKQSC TKLKSGFKTL ILNNNIYVSE LSSNMVCFIV LKDMNIPQEL VLENIKKAKE FFQ

UniProtKB: GTP-binding protein GTR1

+
分子 #3: GTP-binding protein GTR2

分子名称: GTP-binding protein GTR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 38.633961 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSLEATDSKA MVLLMGVRRC GKSSICKVVF HNMQPLDTLY LESTSNPSLE HFSTLIDLAV MELPGQLNYF EPSYDSERLF KSVGALVYV IDSQDEYINA ITNLAMIIEY AYKVNPSINI EVLIHKVDGL SEDFKVDAQR DIMQRTGEEL LELGLDGVQV S FYLTSIFD ...文字列:
MSLEATDSKA MVLLMGVRRC GKSSICKVVF HNMQPLDTLY LESTSNPSLE HFSTLIDLAV MELPGQLNYF EPSYDSERLF KSVGALVYV IDSQDEYINA ITNLAMIIEY AYKVNPSINI EVLIHKVDGL SEDFKVDAQR DIMQRTGEEL LELGLDGVQV S FYLTSIFD HSIYEAFSRI VQKLIPELSF LENMLDNLIQ HSKIEKAFLF DVNSKIYVST DSNPVDIQMY EVCSEFIDVT ID LFDLYKA PVLRNSQKSS DKDNVINPRN ELQNVSQLAN GVIIYLRQMI RGLALVAIIR PNGTDMESCL TVADYNIDIF KKG LEDIWA NARASQAKNS IEDDV

UniProtKB: GTP-binding protein GTR2

+
分子 #4: Nitrogen permease regulator 2

分子名称: Nitrogen permease regulator 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 69.937547 KDa
配列文字列: MLSYFQGFVP IHTIFYSVFH PTEGSKIKYE FPPNNLKNHG INFNTFKNYI IPKPILCHKL ITFKYGTYRI VCYPVTINSP IYARNFFSF NFVFVFPYDC ETSPYEPAIT RLGKMFKVLE EQNQLLSKSE RDPVFFDLKV LENSTTTPST AGPSSTPNPS S NTTPTHPT ...文字列:
MLSYFQGFVP IHTIFYSVFH PTEGSKIKYE FPPNNLKNHG INFNTFKNYI IPKPILCHKL ITFKYGTYRI VCYPVTINSP IYARNFFSF NFVFVFPYDC ETSPYEPAIT RLGKMFKVLE EQNQLLSKSE RDPVFFDLKV LENSTTTPST AGPSSTPNPS S NTTPTHPT SEKDTKDMRS SRYSDLIKDL GLPQSAFSIQ DLLMRIFQDL NNYSECLIPI DEGNAVDIKI FPLLRPPTTC VS LEDVPLS SVNLKKIIDV NWDPTMMSIV PYIDGLNSIA KISKLSNSDP GLVIECIRHL IYYKCVTLSD IFQFSNIYAP SSL IRNFLT DPLMASDCQS YVTFPEVSKI SNLPLNKSLG SGDQDSPSFS VRRKSKSSSI PSNPDSRTTS FSSTSRVSQN SSLN SSFSS IYKDWRQSQT SCSSSNIHVI NNRNRFLPTR SCLFDLYRSL SQGQTLKTWY ESKYMILKEN NIDIRRFITF GLEKR IIYR CYSFPVMINA GSREPKEMTP IITKDLVNND KLLEKRNHNH LLSATGSRNT AQSGNLKPER PSKVSFEMQR VSSLAT GKS TMPKLSDEEE GILEESIRNA ETFDKICVLL SKPKLEVESY LNELGEFKVI NS

UniProtKB: Nitrogen permease regulator 2

+
分子 #5: Nitrogen permease regulator 3

分子名称: Nitrogen permease regulator 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 130.141094 KDa
配列文字列: MDECLPNSCL LGVHLVISTH SGPQIVYHYP PSNTAFLTNN PTKHQHLYGN HANLNKNTST NKEEKLFNSG STKTASQIAL NESAKSYNT AITPSMTNTN TNNVTLPPTR SHANTVGSQS SIPAATNGVG YRKTDIEDTS RTFQYQETES ETSSSGLSDS E LSTDYLDI ...文字列:
MDECLPNSCL LGVHLVISTH SGPQIVYHYP PSNTAFLTNN PTKHQHLYGN HANLNKNTST NKEEKLFNSG STKTASQIAL NESAKSYNT AITPSMTNTN TNNVTLPPTR SHANTVGSQS SIPAATNGVG YRKTDIEDTS RTFQYQETES ETSSSGLSDS E LSTDYLDI SSDSFSISSS LSSSSLSSSP SSSSSSSPPQ DGLSRTNSSF QSTDSMSPTS PQMIMENDSI SVAESYLDSG TN NKSRAAS KRSQNFFHKL STKKSTDSKT HSPVRKLKSK PSQSTKKGNK LLKNTSNETD GNAFTGSCSI SSKKSLSSTG EHN QELRNS SLNDTPGQSP HHYHHRYHHY HKNAATSQRN SHTQYDVEEE DMEVSAMLQD GKISMNEIFF EEENFQDINK ILEF DNDFV AEFCSPEREM CNTRFEFTVD NFCFLGLPIH VDSQGRWRKS KHKNKTRSKR SSSTTTNISR KKSIASKISS LSENT LKKV NSGEADTVYD SNIGHEASTD TPNLRINTDV SGNEFEREKE DLGKNMNMFH VCFVMNPHLI EYNKRIDDMY QFVVTR LSL LLRYVQSKTS YISSECHIIL KEKERVLKHS KTYQSIRGAG NKGKYLYQRI LAKSSLARAL TECVDKIQRN EIACLEI ND DKVISLQIPI QNEFEKMPNF KLQPVLRGSY LTSILNMKFL EKSSLRIESQ NRQNDQAQFS DTNNNIYRFG NNINSTGH C GAANVDDGDD NESNYYCDDN DDLLNYALLL LDEPNNIISS LETFSYQDDI GTIILKHLVR NIQPNIPLRS YRYLITDLL DNPSSLDDLT TETNSLESSI LRSCALHLMY WRHARIVIPL SSKYTYIVSP LAPIQGYTID DYKSTSQNDG NVKKMDDREN NKSGSDRVP LIYQNSMLFR SKFPSLPSLP IFLSLLSTDK PQAYSNIIPS REHKPVYLNA LAWLIQYGYV TQLLTFINIR V DKHIKMAV DEDLEKEGFR KTNTARRPSM DYKKTDKKLD DEDGQSRDAN ASEACSGKNE GMQSNDNNKD VDEKDNENDS RV DDRDDNE IAIADEEEIL HFEYDDPEMQ HDYTIILEPE RATAIEKRWL YRCIYGQPSD IQILFNKLLK YFNGKVPMEL VII KEEISR HDLKKLLNAL DKYLIEIHHW

UniProtKB: Nitrogen permease regulator 3

+
分子 #6: Vacuolar membrane-associated protein IML1

分子名称: Vacuolar membrane-associated protein IML1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 182.203359 KDa
配列文字列: MFAKLHGKKQ RPISSINSQT PRTSNTTHAN SISLSSGNLI VGSNRNLRQK KEQFGSQQRA SGRKLISNKE NDDNVNNGGD NNYDNGERV HRHHIPGLKI KAYQAELGYH ESRFSENLVM LNLVEFPDIK PGDLVELKTY HKNPSASNGD KKIYFIAKDF D GETKRRAK ...文字列:
MFAKLHGKKQ RPISSINSQT PRTSNTTHAN SISLSSGNLI VGSNRNLRQK KEQFGSQQRA SGRKLISNKE NDDNVNNGGD NNYDNGERV HRHHIPGLKI KAYQAELGYH ESRFSENLVM LNLVEFPDIK PGDLVELKTY HKNPSASNGD KKIYFIAKDF D GETKRRAK TSNVSILSGQ LQTLLDLPSR SRIWIKLKPN KFDLQADVVE FNIKDCLLNR GDMWVLSSKL VDTCVFMDQR LA FLDSIRG TIKGIYRNGK KIVSGYIGEQ TRIIFRSESA RLIFLIQITD EMWNFEETGE QLFQKMVNSF FPKIFKKWKD VDT HHTITI AFAISMDLSD TSFKDLTPGE SLKNSQDYFR IVVDQVSIIH WVDIMETLRE EFMEIRKDLL NKQTDKGYSV ANGR FSPVI KSNFLELVNF ATTILTDPFK QLDLRHTTTH VMIISPGSGL FDVDYSLLRL TGKKLLSLEM TMDLICLSKA PLHIV PLFR YRDFENKLHH CVPLWLSVFF WNDHDKKSNS EWTPRCKIYD LQMMGITENE LIREVDVEYL QLNKKVKSLS EFMNDY DKN AFEVKILCAG SNTKQSKKLN SKFDTVFEND VVVKARKIPA TATTTHGNTK FIWRGPKVAL PAIKDIQKPN VIPDLSI KT IEASFYDDCN TTNDKISTPT TSNNDNLEMN DSLVSVRSAD NQNTSLALDS LKGLSKRNSL KDFTQRVITK FISNIDTS K NKKIKSTLLR DDVDNSPLGS NTPLPSSESK ISGLKLQQKG LADENVISKR GNLIIKKNLS IFGLPSNEIM SGSPSSYLG SSHTRTSSKL SNMSDKAAFI TEGQKSKHDD SNTYSLTQQL KHRISETWVD IKSPSIPVSS EFANELLPIR WKDVWPKYVA RKYSKWRSF TTPAELPITI SDFPSKDDFD RNFIFRNHSV TLNTDQEQYN QTYKDLLRDM IYMRLLTGFQ ICVGRQVEKI E LSRESGES ETVVNKYLDF NQNDAFKLYL MIDSEIHRIT CSSSGIIDVE RYLRKDEANL FDQVPSYIPL VKTRYESSFR DA MIDPLHV KRESLNWNQI DQVLAGYGDN LIDRKWHGFR AKYVVLPTDI PPNTYSMVIN GKSETLNPEE IRVEGLRRLI GSI TRSRLR TEKEKKGRKT KREEIQPEVM FYTGPLYNFI NEQQTSLESS AINFKDSIFV NDNNLLNRNV ELSKLAYQIQ RGED RITLV NRKWHWKKHE KCFVGSEMVN WLIRNFSDID TREDAIKYGQ KVMKEGLFVH VLNKHNFLDG HYFYQFSPEY VMDTN KLEK TNSHRSTLSD PKQMLRKAST GSSNDPSAMT PFSSVVPAIS ASNASVADAK EPSRPILMLS NSLVIDVDPA GKSSKQ ESC TVHYDRVHNP DHCFHIRLEW LTTTPKLIDD LVGNWSRLCE RYGLKMIEIP WEELCTIPSV NPFHSFVEIK LAINPWE DP EFKDRELFAK SKFYYHVYLL KASGFLLDNR ASKFLQNQDI EFDIMYSWGK PQFKYVQYIH HTGAYVAELR ENGCLFLA P NNIYISRVNP GNIIGKIHSA SSSSLDAQKV ILNFKSTCLD YQKLRSIFLD AKEMWITGKI VED

UniProtKB: Vacuolar membrane-associated protein IML1

+
分子 #7: Protein MEH1

分子名称: Protein MEH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 20.266086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGAVLSCCRN HSGEENEALL REQQAGYGSQ GNANDEYDAE QMRLKEHEHE QKLLAREQEL RDIVANTNDK LIDISMINNS GIVIQGTDL QEALDKRQQE EGGDSREDER SAGDDNLSGH SVPSSGSAQA TTHQTAPRTN TFTLLTSPDS AKISKEQLKK L HSNILNEI FSQSQVNKPG PLTVPF

UniProtKB: Protein MEH1

+
分子 #8: Protein EGO2

分子名称: Protein EGO2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.104935 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MEAEKQSDIK GTIAFDTHGN VIESTGVGSQ RIEDIGDLSK VTLDAEGFAQ VQGDSLLVHL YKRNDITLAV YTSAQ

UniProtKB: Protein EGO2

+
分子 #9: Protein SLM4

分子名称: Protein SLM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 18.371877 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MVMLHSKNVK GFLENTLKPY DLHSVDFKTS SLQSSMIITA TNGGILSYAT SNNDVPKNSI NEINSVNNLK MMSLLIKDKW SEDENDTEE QHSNSCYPVE IDSFKTKIYT YEMEDLHTCV AQIPNSDLLL LFIAEGSFPY GLLVIKIERA MRELTDLFGY K LG

UniProtKB: Protein SLM4

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #11: ALUMINUM FLUORIDE

分子名称: ALUMINUM FLUORIDE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: AF3
分子量理論値: 83.977 Da
Chemical component information

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE

+
分子 #12: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab-initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 133077
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

8ae6

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

6jwp

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-9h4q:
Cryo-EM structure of the SEAC wing - EGOC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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