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- EMDB-51785: Structure of the borna disease virus 1 replication full-length co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51785
タイトルStructure of the borna disease virus 1 replication full-length complex - reaction complex
マップデータUnsharpened map..
試料
  • 複合体: BoDV-1 Replication complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
  • リガンド: ZINC ION
キーワードpolymerase / phosphoprotein / bornavirus / RdRp / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


exit of virus from host cell nucleus through nuclear pore / virion component / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / host cell nucleus / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Borna disease virus P24 / Borna disease virus P24 protein / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirales mRNA-capping domain V / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Borna disease virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Keown JR / Carrique L / Grimes JM
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the borna disease virus 1 replication full-length complex - reaction complex
著者: Keown JR / Carrique L / Grimes JM
履歴
登録2024年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月20日-
マップ公開2025年8月20日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51785.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51785.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map..
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.592 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.592 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.592 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0653
最小 - 最大-0.26832408 - 0.578379
平均 (標準偏差)0.0010641393 (±0.019585377)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 238.592 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51785_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_51785_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BoDV-1 Replication complex

全体名称: BoDV-1 Replication complex
要素
  • 複合体: BoDV-1 Replication complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: BoDV-1 Replication complex

超分子名称: BoDV-1 Replication complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Borna disease virus 1 (ウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Borna disease virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 196.999156 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS SAWSHPQFEK HHHHHHHHEN LYFQGMSFHA SLLREEETPR PVAGINRTDQ SLKNPLLGTE VSFCLKSSS LPHHVRALGQ IKARNLASCD YYLLFRQVVL PPEVYPIGVL IRAAEAILTV IVSAWKLDHM TKTLYSSVRY A LTNPRVRA ...文字列:
MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS SAWSHPQFEK HHHHHHHHEN LYFQGMSFHA SLLREEETPR PVAGINRTDQ SLKNPLLGTE VSFCLKSSS LPHHVRALGQ IKARNLASCD YYLLFRQVVL PPEVYPIGVL IRAAEAILTV IVSAWKLDHM TKTLYSSVRY A LTNPRVRA QLELHIAYQR IVGQVSYSRE ADIGPKRLGN MSLQFIQSLV IATIDTTSCL MTYNHFLAAA DTAKSRCHLL IA SVVQGAL WEQGSFLDHI INMIDIIDSI NLPHDDYFTI IKSIFPYSQG LVMGRHNVSV SSDFASVFAI PELCPQLDSL LKK LLQLDP VLLLMVSSVQ KSWYFPEIRM VDGSREQLHK MRVELETPQA LLSYGHTLLS IFRAEFIKGY VSKNAKWPPV HLLP GCDKS IKNARELGRW SPAFDRRWQL FEKVVILRIA DLDMDPDFND IVSDKAIISS RRDWVFEYNA AAFWKKYGER LERPP ARSG PSRLVNALID GRLDNIPALL EPFYRGAVEF EDRLTVLVPK EKELKVKGRF FSKQTLAIRI YQVVAEAALK NEVMPY LKT HSMTMSSTAL THLLNRLSHT ITKGDSFVIN LDYSSWCNGF RPELQAPICR QLDQMFNCGY FFRTGCTLPC FTTFIIQ DR FNPPYSLSGE PVEDGVTCAV GTKTMGEGMR QKLWTILTSC WEIIALREIN VTFNILGQGD NQTIIIHKSA SQNNQLLA E RALGALYKHA RLAGHNLKVE ECWVSDCLYE YGKKLFFRGV PVPGCLKQLS RVTDSTGELF PNLYSKLACL TSSCLSAAM ADTSPWVALA TGVCLYLIEL YVELPPAIIQ DESLLTTLCL VGPSIGGLPT PATLPSVFFR GMSDPLPFQL ALLQTLIKTT GVTCSLVNR VVKLRIAPYP DWLSLVTDPT SLNIAQVYRP ERQIRRWIEE AIATSSHSSR IATFFQQPLT EMAQLLARDL S TMMPLRPR DMSALFALSN VAYGLSIIDL FQKSSTVVSA SQAVHIEDVA LESVRYKESI IQGLLDTTEG YNMQPYLEGC TY LAAKQLR RLTWGRDLVG VTMPFVAEQF HPHSSVGAKA ELYLDAIIYC PQETLRSHHL TTRGDQPLYL GSNTAVKVQR GEI TGLAKS RAANLVKDTL VLHQWYKVRK VTDPHLNTLM ARFLLEKGYT SDARPSIQGG TLTHRLPSRG DSRQGLTGYV NILS TWLRF SSDYLHSFSK SSDDYTIHFQ HVFTYGCLYA DSVIRSGGVI STPYLLSASC KTCFEKIDSE EFVLACEPQY RGAEW LISK PVTVPEQITD AEVEFDPCVS ASYCLGILIG KSFLVDIRAS GHDIMEQRTW ANLERFSVSD MQKLPWSIVI RSLWRF LIG ARLLQFEKAG LIRMLYAATG PTFSFLMKVF QDSALLMDCA PLDRLSPRIN FHSRGDLVAK LVLLPFINPG IVEIEVS GI NSKYHAVSEA NMDLYIAAAK SVGVKPTQFV EETNDFTARG HHHGCYSLSW SKSRNQSQVL KMVVRKLKLC VLYIYPTV D PAVALDLCHL PALTIILVLG GDPAYYERLL EMDLCGAVSS RVDIPHSLAA RTHRGFAVGP DAGPGVIRLD RLESVCYAH PCLEELEFNA YLDSELVDIS DMCCLPLATP CKALFRPIYR SLQSFRLALM DNYSFVMDLI MIRGLDIRPH LEEFDELLVV GQHILGQPV LVEVVYYVGV VRKRPVLARH PWSADLKRIT VGGRAPCPSA ARLRDEDCQG SLLVGLPAGL TQLLIID

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Phosphoprotein

分子名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borna disease virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 24.603912 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHHHE NLYFQGMATR PSSLVDSLED EEDPQTLRRE RPGSPRPRKV PRNALTQPVD QLLKDLRKNP SMISDPDQRT GREQLSNDE LIKKLVTELA ENSMIEAEEV RGTLGDISAR IEAGFESLSA LQVETIQTAQ RCDHSDSIRI LGENIKILDR S MKTMMETM ...文字列:
MHHHHHHHHE NLYFQGMATR PSSLVDSLED EEDPQTLRRE RPGSPRPRKV PRNALTQPVD QLLKDLRKNP SMISDPDQRT GREQLSNDE LIKKLVTELA ENSMIEAEEV RGTLGDISAR IEAGFESLSA LQVETIQTAQ RCDHSDSIRI LGENIKILDR S MKTMMETM KLMMEKVDLL YASTAVGTSA PMLPSHPAPP RIYPQLPSAP TTDEWDIIP

UniProtKB: Phosphoprotein

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.33 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPEShepes
250.0 mMNaClsodium chloride
0.5 mMDTTdithiothreitol
5.0 % w/vGlycerolglycerol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold 2
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 106976
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-9h1y:
Structure of the borna disease virus 1 replication full-length complex - reaction complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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