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- EMDB-51768: Cryo-EM structure of taxol-microtubules in complex with the C1 do... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51768
タイトルCryo-EM structure of taxol-microtubules in complex with the C1 domain of GEFH1
マップデータCryo-EM reconstruction of the C1 domain of GEFH1 in complex with taxol-stabilized 13 protofilament microtubule
試料
  • 複合体: The C1 domain of GEFH1 in complex with microtubule
    • 細胞器官・細胞要素: C1 domain of GEFH1
      • タンパク質・ペプチド: Rho guanine nucleotide exchange factor 2
    • 細胞器官・細胞要素: Tubulin alpha 1B
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
    • 細胞器官・細胞要素: Tubulin beta 2B
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL
キーワードRhoGEF / C1 / Cytoskeleton / Complex / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


asymmetric neuroblast division / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of neuron migration / negative regulation of microtubule depolymerization / regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of necroptotic process / cellular hyperosmotic response / positive regulation of axon guidance / regulation of small GTPase mediated signal transduction ...asymmetric neuroblast division / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of neuron migration / negative regulation of microtubule depolymerization / regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of necroptotic process / cellular hyperosmotic response / positive regulation of axon guidance / regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / RHOA GTPase cycle / bicellular tight junction / microtubule-based process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cytoplasmic microtubule / positive regulation of neuron differentiation / cellular response to interleukin-4 / guanyl-nucleotide exchange factor activity / actin filament organization / intracellular protein transport / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of interleukin-6 production / small GTPase binding / microtubule cytoskeleton organization / ruffle membrane / spindle / neuron migration / cell morphogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to tumor necrosis factor / G alpha (12/13) signalling events / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / regulation of cell population proliferation / microtubule cytoskeleton / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / vesicle / microtubule / cytoskeleton / cilium / protein heterodimerization activity / innate immune response / focal adhesion / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ARHGEF2, PH domain / : / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. ...ARHGEF2, PH domain / : / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain / Rho guanine nucleotide exchange factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Choi SR / Blum T / Steinmetz MO
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31003A_166608 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis of Microtubule-Controlled Signaling
著者: Choi SR / Blum T / Steinmetz MO
履歴
登録2024年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51768.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51768.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of the C1 domain of GEFH1 in complex with taxol-stabilized 13 protofilament microtubule
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 160 pix.
= 169.28 Å		1.06 Å/pix.
x 160 pix.
= 169.28 Å		1.06 Å/pix.
x 160 pix.
= 169.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.058 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.256
最小 - 最大-0.0003189909 - 1.6447606
平均 (標準偏差)0.025862684 (±0.103441164)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 169.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1: Cryo-EM reconstruction of the C1...

ファイルemd_51768_half_map_1.map
注釈Half map 1: Cryo-EM reconstruction of the C1 domain of GEFH1 in complex with taxol-stabilized 13 protofilament microtubule
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2: Cryo-EM reconstruction of the C1...

ファイルemd_51768_half_map_2.map
注釈Half map 2: Cryo-EM reconstruction of the C1 domain of GEFH1 in complex with taxol-stabilized 13 protofilament microtubule
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The C1 domain of GEFH1 in complex with microtubule

全体名称: The C1 domain of GEFH1 in complex with microtubule
要素
  • 複合体: The C1 domain of GEFH1 in complex with microtubule
    • 細胞器官・細胞要素: C1 domain of GEFH1
      • タンパク質・ペプチド: Rho guanine nucleotide exchange factor 2
    • 細胞器官・細胞要素: Tubulin alpha 1B
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
    • 細胞器官・細胞要素: Tubulin beta 2B
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL

+
超分子 #1: The C1 domain of GEFH1 in complex with microtubule

超分子名称: The C1 domain of GEFH1 in complex with microtubule / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

+
超分子 #2: C1 domain of GEFH1

超分子名称: C1 domain of GEFH1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Tubulin alpha 1B

超分子名称: Tubulin alpha 1B / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
超分子 #4: Tubulin beta 2B

超分子名称: Tubulin beta 2B / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
分子 #1: Rho guanine nucleotide exchange factor 2

分子名称: Rho guanine nucleotide exchange factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: C1 domain of GEFH1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.250749 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GPMKEAKDAR YTNGHLFTTI SVSGMTMCYA CNKSITAKEA LICPTCNVTI HNRCKDTLAN CTKVKQKQQK AALLK

UniProtKB: Rho guanine nucleotide exchange factor 2

+
分子 #2: Tubulin alpha-1B chain

分子名称: Tubulin alpha-1B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 50.204445 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLISQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRSIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain

+
分子 #3: Tubulin beta-2B chain

分子名称: Tubulin beta-2B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 49.983824 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEATGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEATGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VMPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYSIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDSK NMMAACDPRH GRYLTVAAIF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEEGEDEA

UniProtKB: Tubulin beta-2B chain

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #7: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #8: TAXOL

分子名称: TAXOL / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: TA1
分子量理論値: 853.906 Da
Chemical component information

ChemComp-TA1:
TAXOL / 薬剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 6.9
構成要素:
濃度式名称
80.0 mMC8H18N2O6S2PIPES
1.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
1.0 mMC14H24N2O10EGTA

詳細: BRB80 buffer 80mM PIPES, 1mM MgCl2, 1mM EGTA, pH 6.9
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細C1 domain of GEFH1 was in complex with microtubules

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / ソフトウェア - 詳細: GCTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: In-house model of 13pf-microtubule
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 326559
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9h1o:
Cryo-EM structure of taxol-microtubules in complex with the C1 domain of GEFH1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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