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- EMDB-5173: Cryo-EM structure of virion-sized hepatitis E virus-like particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5173
タイトルCryo-EM structure of virion-sized hepatitis E virus-like particle
マップデータThis is a map for the virion-sized hepatitis E virus-like particle
試料
  • 試料: Hepatitis E virus like particle
  • ウイルス: Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
キーワードassembly pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / host cell surface / structural molecule activity / cell surface / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / : / Structural protein 2 second domain / : / Structural protein 2 C-terminal domain / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-secreted protein ORF2
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.5 Å
データ登録者Xing L / Mayazaki N / Li TC / Simons MN / Wall JS / Moore M / Wang CY / Takeda N / Wakita T / Miyamura T / Cheng RH
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2010
タイトル: Structure of hepatitis E virion-sized particle reveals an RNA-dependent viral assembly pathway.
著者: Li Xing / Tian-Cheng Li / Naoyuki Mayazaki / Martha N Simon / Joseph S Wall / Mary Moore / Che-Yen Wang / Naokazu Takeda / Takaji Wakita / Tatsuo Miyamura / R Holland Cheng /
要旨: Hepatitis E virus (HEV) induces acute hepatitis in humans with a high fatality rate in pregnant women. There is a need for anti-HEV research to understand the assembly process of HEV native capsid. ...Hepatitis E virus (HEV) induces acute hepatitis in humans with a high fatality rate in pregnant women. There is a need for anti-HEV research to understand the assembly process of HEV native capsid. Here, we produced a large virion-sized and a small T=1 capsid by expressing the HEV capsid protein in insect cells with and without the N-terminal 111 residues, respectively, for comparative structural analysis. The virion-sized capsid demonstrates a T=3 icosahedral lattice and contains RNA fragment in contrast to the RNA-free T=1 capsid. However, both capsids shared common decameric organization. The in vitro assembly further demonstrated that HEV capsid protein had the intrinsic ability to form decameric intermediate. Our data suggest that RNA binding is the extrinsic factor essential for the assembly of HEV native capsids.
履歴
登録2010年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年8月9日-
マップ公開2010年8月9日-
更新2011年10月11日-
現状2011年10月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3iyo
  • 表面レベル: 6.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3iyo
  • 表面レベル: 6.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3iyo
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5173_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5173.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 118.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map for the virion-sized hepatitis E virus-like particle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2 Å/pix.
x 317 pix.
= 634. Å		2 Å/pix.
x 317 pix.
= 634. Å		2 Å/pix.
x 317 pix.
= 634. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.2 / ムービー #1: 6.5
最小 - 最大-22.952999999999999 - 30.429300000000001
平均 (標準偏差)-0.0644812 (±3.54616)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-159-159-159
サイズ317317317
Spacing317317317
セルA=B=C: 634 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z222
M x/y/z317317317
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z634.000634.000634.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-159-159-159
NC/NR/NS317317317
D min/max/mean-22.95330.429-0.064

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hepatitis E virus like particle

全体名称: Hepatitis E virus like particle
要素
  • 試料: Hepatitis E virus like particle
  • ウイルス: Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)

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超分子 #1000: Hepatitis E virus like particle

超分子名称: Hepatitis E virus like particle / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 1 / Number unique components: 2
分子量実験値: 11.8 MDa / 理論値: 12.2 MDa / 手法: STEM

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超分子 #1: Hepatitis E virus

超分子名称: Hepatitis E virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: recombinant virus-like particle / NCBI-ID: 12461 / 生物種: Hepatitis E virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: recombinant virus-like particle
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 11.8 MDa / 理論値: 12.2 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: ORF2 protein / 直径: 410 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 6.2 / 詳細: 20mM MES-K
グリッド詳細: 300 mesh holey carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: manual plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: single-tilt / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: P3DR / 使用した粒子像数: 4348

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2zzq


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Situs
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid Body. Monomer C were divided into Shell and Spike domains and separately fitted by manual docking using program O and followed by Situs
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation
得られたモデル

PDB-3iyo:
Cryo-EM model of virion-sized HEV virion-sized capsid

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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