[日本語] English
万見
- EMDB-51692: The Cryo-EM structure of bacterial beta-1,3-glucan phosphorylase ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51692
タイトルThe Cryo-EM structure of bacterial beta-1,3-glucan phosphorylase from family GH161
マップデータ
試料
  • 複合体: GH161_MS (metanode satellite) Homodimeric enzyme
    • タンパク質・ペプチド: beta-1,3-glucan phosphorylase
キーワードGlycoside phosphorylase / GH161 / beta-1 / 3-glucan phosphorylase / SUGAR BINDING PROTEIN
生物種Bacteria (unknown) / unclassified Bacteria (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Cioci G / Cooper N / Ladeveze S / Shayan R
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Cryo-EM structure of bacterial beta-1,3-glucan phosphorylase from family GH161
著者: Cioci G / Cooper N / Ladeveze S / Shayan R
履歴
登録2024年10月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_51692.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51692.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246.6 Å		0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246.6 Å		0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.012009951 - 0.042863343
平均 (標準偏差)-0.00009760431 (±0.0018899748)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 246.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_51692_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_51692_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : GH161_MS (metanode satellite) Homodimeric enzyme

全体名称: GH161_MS (metanode satellite) Homodimeric enzyme
要素
  • 複合体: GH161_MS (metanode satellite) Homodimeric enzyme
    • タンパク質・ペプチド: beta-1,3-glucan phosphorylase

-
超分子 #1: GH161_MS (metanode satellite) Homodimeric enzyme

超分子名称: GH161_MS (metanode satellite) Homodimeric enzyme / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacteria (unknown)

-
分子 #1: beta-1,3-glucan phosphorylase

分子名称: beta-1,3-glucan phosphorylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unclassified Bacteria (バクテリア)
分子量理論値: 118.987039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: ETFVMDDYGK KSTFASFLPG IAGIRGIPIW CYYVNRGQCV VSFGVDNKDH AIMEFYPAHQ AYQNVKTTGF RTFLKKNGTV FEPFSDENI THRMQIHMNG LAIEEQNRSS GMDTKVVYYT LPGENVGALV RVVSVTNQSG EPIELELIDG MPAVIPYGVS M DSMKNMGQ ...文字列:
ETFVMDDYGK KSTFASFLPG IAGIRGIPIW CYYVNRGQCV VSFGVDNKDH AIMEFYPAHQ AYQNVKTTGF RTFLKKNGTV FEPFSDENI THRMQIHMNG LAIEEQNRSS GMDTKVVYYT LPGENVGALV RVVSVTNQSG EPIELELIDG MPAVIPYGVS M DSMKNMGQ TAKAWMQVED LSEGLPYYRV RASMDDTAAV RRIDGGNFSA CCEADGRRLQ PIVDPSLIFS YDLSLKRPVG FE ERPLKEL LLEEQMTQNL LPCSFYGITR TLAPGGSVTL YELIGQVENK QLLKEYFAEK KDAAYFEAKK READELAEAL TDG IRTRTA SAAFDAYCRY TYMDNVLRGG YPMQLGNNKI FYVYSRKHGD LERDYNYFSM LPEFYSQGNG NFRDVNQNRR CDTF FAPFV GRKNIQEFYS LIQLDGYNPL GVEKLTYRLS KERAKKLLTD VKEEQRSALI DFATKPFTPG ALCRKFGEVF GDTWD ETLF IRVIDFAEEM VNGSFGEGYW SDHWTYNLDL ILDYLSVFPE QEKEMLYEEV YTTFLSRINV NRRFRRYVET ENGLRQ YRA LNEASRRAAA AEKLVRTEYG SGDVLTMTLM EKLILLGAVK FATLDAYGMG IEMEGGKPGW YDALNGMPGL FGSSMAE TY ELARMLSYTI EALKQYPGEV ALIEELGCFL DELNLITRLE HDNIMRDEEL LSFWNRINDA KEIYRDKTYQ GVSGKKMV Y HTEQLAAILE GFLEIVTCGI KKARRISGEI CPTYFTYEVP EYEKLKDGGI RPLKFVPQNM PYFLEGPVRY LKLPVEQGE KRALYEAVKE SDLYDGELSM YKVNASLADS SFELGRARAF TPGWLENESI WLHMEYKYLL ELLRSGLYEE FFADFKKAAI PFQNPEIYG RSIYENSSFI ASSRNPNPSC RGRGFVARLS GSTIEFISMW KEMMFGAHPF RTEQEELVFS LAPAIPAYLI P EDGRLSAA FMSKTTVCYE FGGHRDYVPG TYRIRHMVFF YENGSQATVE GEKVSGKLAE DIRAGRVRKM EVAVDLEHHH H

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
150.0 mMNaClSodium chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 詳細: 12 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 38.38 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細1482 micrographs after discarding images with low FOM values (<10%)
粒子像選択選択した数: 1031402 / 詳細: Trained topaz autopicking picking threshold 0.05
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 309909
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coeficient
得られたモデル

PDB-9gy9:
The Cryo-EM structure of bacterial beta-1,3-glucan phosphorylase from family GH161

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る