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- EMDB-51646: H3/H4 di-tetrasome assembled on alpha-satellite DNA (closed confo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51646
タイトルH3/H4 di-tetrasome assembled on alpha-satellite DNA (closed conformation).
マップデータ2x(H3/H4)2 di-tetrasome assembled on alpha-satellite DNA.
試料
  • 複合体: 2x(H3/H4)2 di-tetrasome assembled on alpha-satellite DNA.
    • タンパク質・ペプチド: Human H3 histone
    • タンパク質・ペプチド: Human H3 histone
    • タンパク質・ペプチド: Human H3 histone
    • タンパク質・ペプチド: Human H3 histone
    • タンパク質・ペプチド: Human H4 histone
    • タンパク質・ペプチド: Human H4 histone
    • タンパク質・ペプチド: Human H4 histone
    • タンパク質・ペプチド: Human H4 histone
    • DNA: Human alpha-satellite DNA
    • DNA: Human alpha-satellite DNA
キーワードH3/H4 / di-tetrasome / nucleosome / centromere / CENP-A / Human / Cell division. / DNA BINDING PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.82 Å
データ登録者Ali-Ahmad A / Sekulic N
資金援助 ノルウェー, 2件
OrganizationGrant number国
Research Council of Norway87615 ノルウェー
Research Council of Norway325528 ノルウェー
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Non-nucleosomal (CENP-A/H4) - DNA complexes as a possible platform for centromere organization.
著者: Ahmad Ali-Ahmad / Mira Mors / Manuel Carrer / Xinmeng Li / Silvija Bilokapić / Mario Halić / Michele Cascella / Nikolina Sekulić /
要旨: The centromere is a part of the chromosome that is essential for the even segregation of duplicated chromosomes during cell division. It is epigenetically defined by the presence of the histone H3 ...The centromere is a part of the chromosome that is essential for the even segregation of duplicated chromosomes during cell division. It is epigenetically defined by the presence of the histone H3 variant CENP-A. CENP-A associates specifically with a group of 16 proteins that form the centromere-associated network of proteins (CCAN). In mitosis, the kinetochore forms on the CCAN to connect the duplicated chromosomes to the microtubules protruding from the cell poles. Previous studies have shown that CENP-A replaces H3 in nucleosomes, and recently the structures of CENP-A-containing nucleosomes in complex with CCANs have been revealed, but they show only a limited interaction between CCANs and CENP-A. Here, we report the cryoEM structure of 2x(CENP-A/H4)-di-tetramers assembled on DNA in the absence of H2A/H2B histone dimer and speculate how (CENP-A/H4)-tetramers and -di-tetramers might serve as a platform for CCAN organization.
履歴
登録2024年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51646.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51646.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈2x(H3/H4)2 di-tetrasome assembled on alpha-satellite DNA.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.13837183 - 0.30812168
平均 (標準偏差)0.00025218463 (±0.00988244)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 295.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51646_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_51646_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_51646_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 2x(H3/H4)2 di-tetrasome assembled on alpha-satellite DNA.

全体名称: 2x(H3/H4)2 di-tetrasome assembled on alpha-satellite DNA.
要素
  • 複合体: 2x(H3/H4)2 di-tetrasome assembled on alpha-satellite DNA.
    • タンパク質・ペプチド: Human H3 histone
    • タンパク質・ペプチド: Human H3 histone
    • タンパク質・ペプチド: Human H3 histone
    • タンパク質・ペプチド: Human H3 histone
    • タンパク質・ペプチド: Human H4 histone
    • タンパク質・ペプチド: Human H4 histone
    • タンパク質・ペプチド: Human H4 histone
    • タンパク質・ペプチド: Human H4 histone
    • DNA: Human alpha-satellite DNA
    • DNA: Human alpha-satellite DNA

+
超分子 #1: 2x(H3/H4)2 di-tetrasome assembled on alpha-satellite DNA.

超分子名称: 2x(H3/H4)2 di-tetrasome assembled on alpha-satellite DNA.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Human H3 histone

分子名称: Human H3 histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PSTGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSAAI GALQEASEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

+
分子 #2: Human H3 histone

分子名称: Human H3 histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PSTGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSAAI GALQEASEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

+
分子 #3: Human H3 histone

分子名称: Human H3 histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PSTGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSAAI GALQEASEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

+
分子 #4: Human H3 histone

分子名称: Human H3 histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PSTGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSAAI GALQEASEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

+
分子 #5: Human H4 histone

分子名称: Human H4 histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

+
分子 #6: Human H4 histone

分子名称: Human H4 histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

+
分子 #7: Human H4 histone

分子名称: Human H4 histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

+
分子 #8: Human H4 histone

分子名称: Human H4 histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

+
分子 #9: Human alpha-satellite DNA

分子名称: Human alpha-satellite DNA / タイプ: dna / ID: 9 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ATCAAATATC CACCTGCAGA TTCTACCAAA AGTGTATTTG GAAACTGCTC CATCAAAAGG CATGTTCAGC TCTGTGAGTG AAACTCCATC ATCA CAAAG AATATTCTGA GAATGCTTCC GTTTGCCTTT TATATGAACT TCCTCGA

+
分子 #10: Human alpha-satellite DNA

分子名称: Human alpha-satellite DNA / タイプ: dna / ID: 10 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ATCGAGGAAG TTCATATAAA AGGCAAACGG AAGCATTCTC AGAATATTCT TTGTGATGAT GGAGTTTCAC TCACAGAGCT GAACATGCCT TTTG ATGGA GCAGTTTCCA AATACACTTT TGGTAGAATC TGCAGGTGGA TATTTGAT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度名称
10.0 mMTris
100.0 mMNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 57.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 158300
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57500
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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