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- EMDB-51634: PfMSP3 in complex with mAb MP3.01 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51634
タイトルPfMSP3 in complex with mAb MP3.01
マップデータPfMSP3 in complex with mAb MP3.01
試料
  • 複合体: PfMSP3 in complex with neutralizing mAb MP3.01
    • タンパク質・ペプチド: PfMSP3
キーワードMalaria / complement regulation / C1-INH / Plasmodium falciparum / MSP3 / neutralizing antibody / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性Merozoite surface protein-type / Merozoite surface protein (SPAM) / Merozoite surface protein 3
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Bjoernsson KH / Barfod L / Ward AB
資金援助 デンマーク, 1件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk FoundationNNF170C0026778 デンマーク
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2025
タイトル: Deposition of complement regulators on the surface of Plasmodium falciparum merozoites depends on the immune status of the host.
著者: Maria Rosaria Bassi / Bogdan Cristinoi / Frank Buitenwerf / Mark Bergholt Cuadrado / Kasper Haldrup Björnsson / Melanie Rose Walker / Frederica Dedo Partey / Andrew B Ward / Michael Fokuo Ofori / Lea Barfod /
要旨: Plasmodium falciparum is responsible for the majority of malaria cases and deaths worldwide. In malaria endemic areas, natural immunity to blood stage infection is acquired over several exposures to ...Plasmodium falciparum is responsible for the majority of malaria cases and deaths worldwide. In malaria endemic areas, natural immunity to blood stage infection is acquired over several exposures to the parasite and is thought to rely on antibodies. Antibodies can protect from severe disease through different effector functions, with complement activation lately emerging as an important feature of protective humoral responses to malaria. Plasmodium parasites have however evolved several mechanisms to evade complement attack, including the recruitment of complement down-regulatory proteins like Factor H (FH) and C1 esterase inhibitor (C1-INH). In this study, we report that merozoite-specific antibodies acquired naturally after infection activate the complement cascade in an exposure-dependent manner. Using plasma samples from convalescent children and exposed adults collected respectively in Hohoe and Accra (Ghana), we show that the ability to fix C1q and activate the classical pathway is similar for antibodies deriving from the two donors groups. However, downstream complement activation shown as deposition of the membrane attack complex (MAC) is strikingly higher with antibodies from children compared to antibodies from adults. Moreover, we demonstrate that antibodies from naturally exposed children can interfere with the merozoite recruitment of FH, but not of C1-INH. With the aim of neutralizing parasite evasion of the complement classical pathway, we develop a murine monoclonal antibody targeting PfMSP3, the binding partner of C1-INH on the merozoite surface. We demonstrate that this antibody can effectively block the binding of C1-INH to the parasite surface, unlike the naturally acquired ones. Using cryogenic electron microscopy, we obtain a low-resolution structure of the monoclonal antibody in complex with PfMSP3, which is the first reported structural data for this antigen. We propose targeting parasite antigens binding to complement down-regulators, together with leading vaccine candidate antigens, as a novel strategy to enhance the efficacy of future malaria vaccines.
履歴
登録2024年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月23日-
マップ公開2024年10月23日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51634.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51634.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PfMSP3 in complex with mAb MP3.01
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 320 pix.
= 229.76 Å		0.72 Å/pix.
x 320 pix.
= 229.76 Å		0.72 Å/pix.
x 320 pix.
= 229.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.718 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.50348294 - 0.84338784
平均 (標準偏差)-0.00011162911 (±0.013238527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 229.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: PfMSP3 in complex with mAb MP3.0 - half map A

ファイルemd_51634_half_map_1.map
注釈PfMSP3 in complex with mAb MP3.0 - half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: PfMSP3 in complex with mAb MP3.0 - half map B

ファイルemd_51634_half_map_2.map
注釈PfMSP3 in complex with mAb MP3.0 - half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PfMSP3 in complex with neutralizing mAb MP3.01

全体名称: PfMSP3 in complex with neutralizing mAb MP3.01
要素
  • 複合体: PfMSP3 in complex with neutralizing mAb MP3.01
    • タンパク質・ペプチド: PfMSP3

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超分子 #1: PfMSP3 in complex with neutralizing mAb MP3.01

超分子名称: PfMSP3 in complex with neutralizing mAb MP3.01 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: 3D7

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分子 #1: PfMSP3

分子名称: PfMSP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: PfMSP3, rat CD4 tag, biotinylation site / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: 3D7
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KEIVKKYNLN LRNAILNNNA QIENEENVNT AITGNDFSGG EFLWPGYTEE LKAKKASEDA EKAANDAENA AKEAEEAAKE AVNLKESDKS YTKAKEACTA ASKAKKAVET ALKAKDDAEK SSKADSISTK TKEYAEKAKN AYEKAKNAYQ KANQAVLKAK EASSYDYILG ...文字列:
KEIVKKYNLN LRNAILNNNA QIENEENVNT AITGNDFSGG EFLWPGYTEE LKAKKASEDA EKAANDAENA AKEAEEAAKE AVNLKESDKS YTKAKEACTA ASKAKKAVET ALKAKDDAEK SSKADSISTK TKEYAEKAKN AYEKAKNAYQ KANQAVLKAK EASSYDYILG WEFGGGVPEH KKEENMLSHL YVSSKDKENI AKENDDVLDE KEEEAEETEE EELEEKNEEE TESEISEDEE EEEEEEEKEE ENDKKKEQEK EQSNENNDQK KDMEAQNLIS KNQNNNEKNV KEAAESIMKT LAGLIKGNNQ IDSTLKDLVE ELSKYFKNHG APSTSITAYK SEGESAEFSF PLNLGEESLQ GELRWKAEKA PSSQSWITFS LKNQKVSVQK STSNPKFQLS ETLPLTLQIP QVSLQFAGSG NLTLTLDRGI LYQEVNLVVM KVTQPDSNTL TCEVMGPTSP KMRLILKQEN QEARVSRQEK VIQVQAPEAG VWQCLLSEGE EVKMDSKIQV LSKGLNSGSL HHILDAQKMV WNHR

UniProtKB: Merozoite surface protein 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細PfMSP3 complexed with Fab of mAb MP3.01

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 195000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 62230673
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 66277
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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