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- EMDB-51553: Structure of uncleaved Influenza A/Victoria/2570/2019 Haemaggluti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51553
タイトルStructure of uncleaved Influenza A/Victoria/2570/2019 Haemagglutinin- The 2021 Influenza A(H1N1)pdm09 egg-derived vaccine candidate.
マップデータsharpened map used for model building
試料
  • ウイルス: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードglycoprotein / viral receptor / fusion protein / HA / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種H1N1 subtype (ウイルス) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Waraich K / Meir A / Petrov F / Akbar S / Smith T / Anne Scott K / Dibben O / Bhella D
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of uncleaved Influenza A/Victoria/2570/2019 Haemagglutinin. The 2021 Influenza A(H1N1)pdm09 egg-derived vaccine candidate.
著者: Waraich K / Meir A / Petrov F / Akbar S / Smith T / Anne Scott K / Dibben O / Bhella D
履歴
登録2024年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51553.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51553.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map used for model building
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 250 pix.
= 253.75 Å		1.02 Å/pix.
x 250 pix.
= 253.75 Å		1.02 Å/pix.
x 250 pix.
= 253.75 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.015 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00859
最小 - 最大-0.042636182 - 0.07655323
平均 (標準偏差)0.000029126264 (±0.002172468)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 253.75 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 2 flipped and scaled after calibration of pixel size

ファイルemd_51553_half_map_1.map
注釈half map 2 flipped and scaled after calibration of pixel size
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1 flipped and scaled after calibration of pixel size

ファイルemd_51553_half_map_2.map
注釈half map 1 flipped and scaled after calibration of pixel size
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza A virus

全体名称: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
要素
  • ウイルス: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Influenza A virus

超分子名称: Influenza A virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 11320 / 生物種: Influenza A virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
分子量理論値: 420 kDa/nm

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: H1N1 subtype (ウイルス)
分子量理論値: 63.550672 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKAILVVMLY TFTTANADTL CIGYHANNST DTVDTVLEKN VTVTHSVNLL EDKHNGKLCK LRGVAPLHLG KCNIAGWILG NPECESLST ARSWSYIVET SNSDNGTCYP GDFINYEELR EQLSSVSSFE RFEIFPKTSS WPNHDSDNGV TAACPHAGAK S FYKNLIWL ...文字列:
MKAILVVMLY TFTTANADTL CIGYHANNST DTVDTVLEKN VTVTHSVNLL EDKHNGKLCK LRGVAPLHLG KCNIAGWILG NPECESLST ARSWSYIVET SNSDNGTCYP GDFINYEELR EQLSSVSSFE RFEIFPKTSS WPNHDSDNGV TAACPHAGAK S FYKNLIWL VKKGKSYPKI NQTYINDKGK EVLVLWGIHH PPTIADQQSL YQNADAYVFV GTSRYSKKFK PEIATRPKVR DR EGRMNYY WTLVEPGDKI TFEATGNLVA PRYAFTMERD AGSGIIISDT PVHDCNTTCQ TPEGAINTSL PFQNVHPITI GKC PKYVKS TKLRLATGLR NVPSIQSRGL FGAIAGFIEG GWTGMVDGWY GYHHQNEQGS GYAADLKSTQ NAIDKITNKV NSVI EKMNT QFTAVGKEFN HLEKRIENLN KKVDDGFLDI WTYNAELLVL LENERTLDYH DSNVKNLYEK VRNQLKNNAK EIGNG CFEF YHKCDNTCME SVKNGTYDYP KYSEEAKLNR EKIDGVKLDS TRIYQILAIY STVASSLVLV VSLGAISFWM CSNGSL QCR ICI

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 0.15 M NaCl, 25 mM Tris-HCl pH 8, and 0.1% beta-octylglucoside (BOG)
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 10 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k)
実像数: 3741 / 平均電子線量: 68.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1) / 使用した粒子像数: 163054
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: SwissModel / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9gsp:
Structure of uncleaved Influenza A/Victoria/2570/2019 Haemagglutinin. The 2021 Influenza A(H1N1)pdm09 egg-derived vaccine candidate.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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