[日本語] English
万見
- EMDB-5151: Negative-stain 3D EM structure of the budding yeast Nup84 complex... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5151
タイトルNegative-stain 3D EM structure of the budding yeast Nup84 complex, straight-stem conformation.
マップデータMap of yeast Nup84 complex, "straight-stem" conformation
試料
  • 試料: Nup84 complex isolated from budding yeast. This heptameric complex contains one copy each of Nup133, Nup84, Nup145C, Sec13, Nup85, Seh1 and Nup120.
  • タンパク質・ペプチド: Nup84 complex
キーワードNuclear Pore complex / Nup84 complex / Nup107 complex
生物種unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 35.0 Å
データ登録者Kampmann M / Blobel G
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2009
タイトル: Three-dimensional structure and flexibility of a membrane-coating module of the nuclear pore complex.
著者: Martin Kampmann / Günter Blobel /
要旨: The nuclear pore complex mediates nucleocytoplasmic transport in all eukaryotes and is among the largest cellular assemblies of proteins, collectively known as nucleoporins. Nucleoporins are ...The nuclear pore complex mediates nucleocytoplasmic transport in all eukaryotes and is among the largest cellular assemblies of proteins, collectively known as nucleoporins. Nucleoporins are organized into distinct subcomplexes. We optimized the isolation of a putative membrane-coating subcomplex of the nuclear pore complex, the heptameric Nup84 complex, and analyzed its structure by EM. Our data confirmed the previously reported 'Y' shape. We discerned additional structural details, including specific hinge regions at which the particle shows great flexibility. We determined the three-dimensional structures of two conformers, mapped the localization of two nucleoporins within the subcomplex and docked known crystal structures into the EM maps. The free ends of the Y-shaped particle are formed by beta-propellers; the connecting segments consist of alpha-solenoids. Notably, the same organizational principle is found in the clathrin triskelion, which may share a common evolutionary origin with the heptameric complex.
履歴
登録2009年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年1月6日-
マップ公開2010年1月6日-
更新2011年7月8日-
現状2011年7月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.004
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.004
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5151.tiff

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5151.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of yeast Nup84 complex, "straight-stem" conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.91 Å/pix.
x 112 pix.
= 661.92 Å		5.91 Å/pix.
x 112 pix.
= 661.92 Å		5.91 Å/pix.
x 112 pix.
= 661.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004 / ムービー #1: 0.004
最小 - 最大-0.009273 - 0.012926
平均 (標準偏差)-0.000033525 (±0.000615969)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ112112112
Spacing112112112
セルA=B=C: 661.92 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.915.915.91
M x/y/z112112112
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z661.920661.920661.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS112112112
D min/max/mean-0.0090.013-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Nup84 complex isolated from budding yeast. This heptameric comple...

全体名称: Nup84 complex isolated from budding yeast. This heptameric complex contains one copy each of Nup133, Nup84, Nup145C, Sec13, Nup85, Seh1 and Nup120.
要素
  • 試料: Nup84 complex isolated from budding yeast. This heptameric complex contains one copy each of Nup133, Nup84, Nup145C, Sec13, Nup85, Seh1 and Nup120.
  • タンパク質・ペプチド: Nup84 complex

-
超分子 #1000: Nup84 complex isolated from budding yeast. This heptameric comple...

超分子名称: Nup84 complex isolated from budding yeast. This heptameric complex contains one copy each of Nup133, Nup84, Nup145C, Sec13, Nup85, Seh1 and Nup120.
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: heptamer / Number unique components: 1
分子量理論値: 580 KDa

-
分子 #1: Nup84 complex

分子名称: Nup84 complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Nup84 complex / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 580 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 200 mM NaCl, 110 mM potassium acetate, 2 mM MgCl2, 20 mM HEPES (pH 7.5), 0.05% (w/v) CHAPS and 1 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed complex were stained with three drops of 2% uranyl formate
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
日付2008年8月1日
撮影平均電子線量: 10 e/Å2
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 40641 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL / Tilt angle max: 50

-
画像解析

CTF補正詳細: none
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, EMAN / 使用した粒子像数: 4430

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る